19世紀初，埃及與蘇丹侵入南蘇丹地區。1899年英國與埃及共管蘇丹（包括蘇丹和南蘇丹），並於1902年將南北作為兩個實體分而治之。
1955年蘇丹宣佈獨立前夕，因反對與蘇丹北方組成獨立國家，約瑟夫·阿古領導黑人部隊發動兵變，第一次蘇丹內戰爆發。1972年，約瑟夫·阿古與蘇丹共和國政府簽署《亞的斯亞貝巴協定》，給予南部有限度的自治權，第一次內戰結束。
1983年，蘇丹總統尼邁裡（Jaafar Nimeiry）宣佈在全國實施伊斯蘭律法（Sharia）。因對尼邁裡政府在全國推行伊斯蘭法不滿，南方黑人軍官約翰·加朗成立蘇丹人民解放運動/解放軍（蘇人解）（SPLM/A），對抗中央政府，第二次內戰爆發。
1989年蘇丹巴希爾政府上臺後，重視解決南方問題。但是，以加朗為代表的南方勢力堅持要在南部實行民族自決，建立一個政教分離的國家。
1994年蘇丹政府和蘇人解開始和談。1994年，在東非政府間發展組織的倡導下，蘇丹政府同蘇人解展開政治談判，並在美國直接介入下取得突破。
2005年1月，蘇丹政府同蘇人解在內羅畢簽署《全面和平協議》（CPA），結束了長達22年的第二次內戰。根據協議，蘇丹將組建由北南方共同參與的民族團結政府；此後，蘇丹將進入為期6年的過渡期；過渡期結束後，南方居民通過公決決定自己的未來。同年9月，北南雙方根據協議組建了民族團結政府。
非洲歷來有“黑非洲”和“白非洲”一說，“黑非洲”指的是尼格羅黑人，他們生產力低下，崇拜原始神靈，是奴隸貿易期間的主要販賣對象；主要分佈在南部非洲，“白非洲”則是指阿拉伯人，他們主要分佈在北非一帶，膚色較淺，在與歐洲和中東的交流中建立過較高程度的文明。
2005年，南北雙方簽署《全面和平協定》，併成立蘇丹南方自治政府。2011年，南部黑人通過公投正式獨立，宣佈建立南蘇丹共和國，並立即獲得各國承認。就這樣，蘇丹國內一白一黑正式分家，原來的蘇丹也就不復存在。
2007年10月11日，因阿卜耶伊地區的歸屬、重新部署雙方軍隊等問題遲遲未得到解決，蘇人解宣佈停止參與中央政府的工作，北南和平進程遭遇危機。為化解這場危機，雙方通過協商最終就南部油田非軍事化以及雙方軍隊重新部署等問題達成一致，蘇人解也於當年底恢復了在民族團結政府中任職。
2011年1月9日，南部蘇丹就其未來的地位問題舉行公投。公投結果顯示，98.83%的選民支持南部地區從蘇丹分離，公投結果已為蘇丹政府和國際社會所接受和承認。
南蘇丹國徽
南蘇丹國旗
獨立以來
2011年7月9日0點（南蘇丹當地時間，即北京時間凌晨5點），南蘇丹正式宣佈獨立，成立南蘇丹共和國。
潘基文在獨立慶典上致辭
2011年7月9日國旗升起後，原蘇丹第一副總統兼南方政府主席薩爾瓦·基爾簽署過渡憲法，宣誓就任南蘇丹總統。
2013年12月，總統基爾突然將副總統馬沙爾撤職，導致雙方支持者——南蘇丹兩個最大部族丁卡人和努爾人爆發大規模衝突，南蘇丹內戰爆發。2015年8月，南蘇丹衝突各方簽署了《解決南蘇丹衝突協議》。2016年4月，南蘇丹組建民族團結過渡政府。
2016年4月15日，南蘇丹正式加入東非共同體，成為該組織第六個成員國。
蘇丹獨立時，全國共劃分為北加扎勒河、西加扎勒河、瓦拉卜、湖泊、聯合、上尼羅河、瓊萊、東赤道、中赤道和西赤道等10個州。2015年10月，基爾總統頒佈行政令，撤銷原有10州建制，設立28州。南蘇丹反對派指責此舉違反憲法及和平協議精神。東非政府間發展組織、聯合國安理會等均呼籲南蘇丹暫停實施有爭議的28州方案。
南蘇丹區劃地圖
南蘇丹位於非洲東北部，面積619745平方公里，位於東經24°45′-35°50′，北緯4°-10°之間。國土東鄰埃塞俄比亞，南接肯尼亞、烏干達和剛果民主共和國，西鄰中非共和國，北接蘇丹。
區域位置
地形地貌
南蘇丹地形呈槽型，東部、南部、西部邊境地區為丘陵與山地。地形平坦開闊，多為粘土質平原，中部有大片草原、溼地。全境最高峰為南部邊境的基涅提山（KINYETI），海拔3187米。南蘇丹為內陸國，無海岸線。
自然資源
水資源
南蘇丹最大的水源是白尼羅河，自南向北縱貫南蘇丹中部。
礦藏資源
南蘇丹擁有石油、鐵、銅、鉻、鉛、鋅、鎢、雲母和金銀等礦藏，但大多數礦藏資源尚待開發。
植物資源
南蘇丹擁有大量原始森林資源，赤道區是柚木、桃花心木和各種熱帶硬木的著名產區；此外，南蘇丹還是阿拉伯樹膠產地。
南蘇丹首都
中赤道州首府朱巴（Juba）為南蘇丹首都，人口約50萬。
2011年9月，南蘇丹政府決定將湖泊州中部城市拉姆塞爾定為新首都，計劃在未來5至8年內完成遷都。
南蘇丹系多部族國家，有尼羅特、尼羅哈姆、班圖和努巴四大族群。主要有丁卡人、努維爾人、希魯克人、巴里人等64個部族。南蘇丹居民大多信奉原始部落宗教，另有約18%和17%的居民分別信奉伊斯蘭教和基督教。
丁卡人
南蘇丹實行立法、行政、司法三權分立體制，中央、州兩級政權享有立法權。總統、副總統、議長分別來自丁卡族、巴里族、努維爾族三大部族，維持了部落和地域的總體平衡。
南蘇丹議會實行兩院制（包括“國民議會”和“州委員會”）。本屆南蘇丹議會於2011年8月成立，其中，國民議會共有議員332名（由原蘇丹南方議會170名議員、蘇丹議會內96名南蘇丹籍議員和新任命的66名議員組成），任期四年，現任議長為安東尼·利諾·馬卡納（Anthony Lino Makana）。州委員會共50名議員（由原蘇丹州委員會內30名南蘇丹籍議員和新任命的20名議員組成），任期四年，現任議長為約瑟夫·布爾·錢（Joseph Bul Chan）。
南蘇丹實行總統制，政府由總統直接主持，不設總理職務，本屆政府於2013年7月23日改組。主要成員有：總統薩爾瓦·基爾·馬亞爾迪特（Salva Kiir Mayardit）1951年生，丁卡人。20世紀60年代加入南方反政府的“阿尼亞尼亞”運動。1972年和平協議簽署後加入政府軍。1983年與加朗共同創立蘇丹人民解放軍（SPLA）。1986年出任SPLA副總參謀長。2005年7月擔任南方自治政府副主席。2005年8月出任蘇丹民族團結政府第一副總統、蘇丹南方自治政府主席。2010年4月連任。2011年7月9日南蘇丹獨立後出任首任南蘇丹總統。，第一副總統塔班·鄧·蓋（Taban Deng Gai），副總統詹姆斯·瓦尼·伊加（James Wani Igga），內閣事務部長馬丁·埃利亞·羅姆洛（Martin Elia Lomuro），外交與國際合作部長鄧·阿魯爾·庫爾（Deng Alor Kuol），國防和退伍軍人事務部長庫爾·曼揚·居克（Kuol Manyang Juuk），內政部長邁克爾·蒂昂傑克·穆特（Michael Tiangjiek Mut），總統事務部長馬伊克·阿伊·鄧（Mayiik Ayii Deng），財政與規劃部長斯蒂芬·德修·道（Stephen Dhieu Dau），石油部長埃扎克埃爾·魯爾·蓋特庫斯（Ezekiel Lul Gatkuoth），總統國家安全事務部長奧布圖·馬穆爾·麥特（Obutu Mamur Mete），信息、通信與郵政服務部長邁克爾·馬庫埃·魯埃斯（Michael Makuei Lueth）。
2011年7月南蘇丹獨立後，迅速獲得國際社會廣泛承認。至2012年初，南已與包括安理會五常在內的60多個國家建交。2013年7月14日，南被接納為聯合國成員，此後相繼被接納為非盟、東非政府間發展組織（伊加特）和東非共同體等組織成員。南蘇丹注重均衡發展與各國的友好合作。南計劃在全球52個國家設館。南蘇丹在埃及、埃塞俄比亞、厄立特里亞、肯尼亞、烏干達、剛果（金）、津巴布韋、尼日利亞、南非、澳大利亞、挪威、比利時、英國、加拿大、美國和中國設有使館或代表機構。蘇丹、中國、美國、英國、德國、意大利、挪威、荷蘭、印度、埃及、埃塞俄比亞、厄立特里亞、肯尼亞、利比亞、尼日利亞、南非、烏干達、津巴布韋、土耳其等國已在南設立使館或代表機構。聯合國在南設有17家機構。
與南蘇丹建交的國家
南蘇丹動亂
2013年12月15日，南蘇丹總統衛隊中來自丁卡族和努維爾族的士兵在首都朱巴發生槍戰。南蘇丹總統府次日發表聲明稱，15日晚和16日在朱巴發生的武裝衝突是一起政變陰謀，其幕後策劃者是2013年7月被解職的前副總統裡克·馬沙爾，但是馬沙爾給予否認。槍戰後，馬沙爾立即逃往北方瓊萊州的家鄉。
2013年12月21日，掌控北部團結州的政府軍將領詹姆斯·科昂宣佈叛變，投靠馬沙爾。截至2013年12月21日，這場衝突已經導致超過500人死亡。
分析人士認為，南蘇丹當前局勢出現動盪，雖然直接原因似乎是該國領導層內部矛盾激化，但從更深層看，也與該國官員缺乏治國經驗、部族影響力巨大、政府對軍隊缺乏控制等因素有著不容忽視的關係。
2018年9月12日，南蘇丹衝突各方在埃塞俄比亞首都亞的斯亞貝巴簽署最終和平協議，標誌著南蘇丹自2013年底爆發的內戰宣告結束。
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