清末官制改革仿效西方三權分立原則, 欲使國家體制趨於完善，其初衷不失進步性。改革後的中央各部門更為精簡，行政效率有所提高，部分目標不同程度地實現，符合時代需要，亦不能說全是騙局。然滿族內閣之事實無可置辯地表明，滿清統治者在推行新政的過程中對滿漢之防始終念念不忘，為了維護滿洲之既得利益，竟不惜在滿漢惡感劇增、革命風潮洶湧之際，不斷削弱漢人在中央的權力與地位，“
假立憲之名，行中央集權之實，又假中央集權之名以行排漢之實”，名為打破滿漢差別,實為揚滿抑漢、鞏固皇權,從而進一步激化了本已嚴重的滿漢矛盾。
中央官制改革之後，改革派的勢力被大力削減，尤其是袁世凱的勢力。袁之北洋系官員遍及朝廷內外，位高權重，在官制改革中又與多種勢力矛盾尖銳。張一麐乃袁世凱親信，曾參與官制編纂，他說：“自都察院以至各部，或上奏，或駁議，指斥倡議立憲之人，甚至謂編纂館各員謀為不軌。其時某君自京來澱，告餘曰：外間洶洶，恐釀成大政變，至有身齎川資，預備屆時出險者，其嚴重可知。”時任天津道之毛慶藩曾上書袁世凱，“勸其學湘鄉之謙退”。袁雖雅重之，“然軍人性質頗與胡文忠所言包攬把持為近”，並不肯就此罷手。改組後的軍機處，世續為西后信得過的人，林紹年乃瞿鴻禨所援引，袁世凱可依靠的盟友僅餘慶王奕劻。項城憂讒畏譏，益有協以謀我之懼，被迫在 1906 年底辭去八項兼差。不僅於此，鐵良還以陸軍部統率全國陸軍權之由，逼迫袁將北洋六鎮新軍交出四鎮。項城自督北洋軍隊，所創之學校無數，如將弁學堂、武備學堂等，皆歸入陸軍部管轄。袁、鐵之爭，鐵良顯佔上風，其身後之奧援，無疑是滿洲權貴。故時任京官孫寶瑄與大學士孫家鼐討論袁、鐵交爭時謂：“
朝局兩黨對峙，……為西國所常有，不足異，所患者滿漢之界，恐自此益不能融。”顯然孫寶瑄以袁、鐵之爭為滿漢之爭。袁項城積年為朝廷所倚重，權勢燻炙。孫氏認其自解兵權，“固自君子也”，但袁失兵柄，“為袁計則安一矣，吾為天下危之”。顯見其持同情乃至崇敬袁世凱之立場，以袁失兵柄恐危及天下，當指此漢人大佬一去，會惡化滿漢矛盾以致國家危亡。孫寶瑄乃漢族開明派精英之一，其認識無疑頗具代表性。 北洋系奕劻、袁世凱與瞿鴻禨等清廉派勢力，早在 1904－1905 年便數次互相攻訐，漸成水火。歷經官制改革爭鬥，已勢不兩立，必欲除之而後快，是旋有丁未政潮之發生。在這次鬥爭中，慈禧的決策明顯出於滿漢之防，漢人在清廷中央的勢力進一步衰落。
瞿鴻禨入值軍機，頗有清望。岑春煊因庚子護駕有功、深得慈禧寵信，又敢於劾官，號稱“官屠”，堪與袁世凱角力，時論有“南岑北袁”之譽。他們都主張對袁世凱應加以裁抑，對貪瀆庸劣的奕劻應予罷黜，奕、袁主導的官制改革又直接觸及了二人的利益，故二人正式結成了緊密的政治聯盟。奕劻、袁世凱一方則聯合了考察政治五大臣之一、時任兩江總督端方。
中央官制改革中，清廉派暫勝北洋。但北洋集團卻在稍後的地方官制改革中大獲全勝。1906 年 9 月，北洋派把力圖在立憲中有所發展的粵督岑春煊遠調雲貴任總督，兩廣總督落入袁世凱的親家周馥之手。但岑氏百般推脫，拒不赴任，清廷無奈，於 1907 年 3月，改調其為四川總督，岑依然安坐不動。4 月，東三省改制，首任東三省總督、奉天、吉林、黑龍江巡撫皆出於北洋，分別為徐世昌、唐紹儀、朱家寶、段芝貴。任命一宣佈，引起朝野強烈反響。清廉派認為時機成熟，岑春煊在瞿鴻禨授意下秘密入京，丁未政潮由此掀起。
岑氏於 5 月初被慈禧連續召見四次，他直接攻擊奕劻搞假改良，直陳：“近年親貴弄權，賄賂公行，以致中外效尤，紀綱掃地，皆由慶親王貪庸誤國，引用非人。若不力圖刷新政治，重整紀綱，臣恐人心離散之日，雖欲勉強維持，亦將回天無術矣。”慈禧將信將疑，旋授岑郵傳部尚書。就任當日，他便口頭參劾北洋系之左侍郎朱寶奎，朱被立即革職。另一戰線上，以瞿氏同鄉趙啟霖為首的御史“三霖公司” 趙啟霖、趙炳麟、江春霖，借段芝貴重金買妓楊翠喜獻載振，又賄奕劻十萬金壽禮而得官，紛紛上書彈劾奕劻、載振父子“
置時艱於不問，置大計於不顧，尤可謂無心肝”。慈禧大怒，奕劻等狼狽不堪，段芝貴立即被革職，奕劻被怒斥。不久之後，載振被迫辭去農工商部尚書及一切職務。岑氏以霹靂手段為政府當頭棒喝，一時“政界為之變動，百僚為之蕩恐，過吳樾懷中所藏者遠矣!”。某次慈禧對瞿鴻禨言及奕劻，更是透露了讓這位操守不佳的老親王退休之意。北洋派連遭挫折豈能善罷甘休，暗中一直在策劃反擊。他們抓住慈禧之戊戌心結，利用“瞿、岑戊戌前，皆嘗與康有為、梁啟超款曲”之舊帳，奕劻在 5 月 28 日上朝獨對時指出，瞿、岑聯合掀起政潮之目的在於“推翻大老（奕劻），排斥北洋（袁世凱），為歸政計”。慶親王並將瞿鴻禨、汪康年與康、梁間的緊密關係擺明，慈禧忍無可忍，終於將任郵傳部尚書僅 25 天的岑春煊逐出京師，重新出任兩廣總督。之後端方又命人在上海用高科技合成了岑與康、梁的合影，6 月 16 日御史惲毓鼎以瞿鴻禨洩露“慶王失寵，將出軍機”之天機大加彈劾，謂其暗通報館，授意言官，陰結外援，分佈黨羽。瞿鴻禨次日即被開缺，岑春煊在 8 月 12 日亦遭罷職，林紹年不久被迫退出軍機處，清廉派大遭敗績，丁未政潮由此結束。
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