沼液對於提高作物產量與品質、提升土壤肥力、促進植物種子萌發、防治病蟲害等方面具有積極作用，但筆者認為，在實際運用中一定要注意方式方法，以下問題不容忽視。
其一，沼液含量齊全沒錯，經厭氧發酵後除碳素損失較大外，其他90%的營養物質得以留存，特別是氮、磷、鉀等含量較其他農家肥高出很多，但與速效性化肥相比還是有差距的。大量的田間試驗表明，沼液的增產效果是建立在足量的養分供應之上，只有當沼液提供的養分高於化肥，即加大沼液施用量時，才會表現出明顯的增產效果。但大量的使用沼液並不是一件好事，如沼液會產氨氣，特別是在棚室中，以引發氣害。目前來說，最好是將沼液與其他肥料配合使用，如作物花期、果實膨大期時，在沼液中加入3％的磷鉀源庫(高純磷酸二氫鉀)，增產效果好，沼液又不至於過量。
其二，沼液可提高土壤中有機質的含量，改善土壤的物理性狀，給土壤微生物創造良好的生存環境，但是大量施用後對土壤卻不一定有好處。長期大量施用沼液可能導致部分土壤(褐土、砂壤土等)pH值降低，電導率升高，土壤發生鹽漬化的風險大，易導致土壤板結。另一方面，隨著沼液的不斷使用，沼液中含有的微量重金屬開始在土壤中積累，雖然土壤、植物對沼液中的重金屬具有較強的淨化作用，但架不住量大。
其三，沼液對於土壤的改良比較緩慢，需要長期施用後才能見成效，同時還需考慮土壤質地等諸多因素。如果土壤問題比較嚴重的情況下，建議施用海精靈生物刺激劑(淋根型)加以改善，礦源腐植酸與海藻提取物等多種生物刺激素在土壤改良方面功效強大，同時還具均衡土壤營養，刺激植物野性等多重功效。
其四，沼液對於病害的抑制其主要機理在於提升作物的抗病抗逆能力，換句話說，它更像是保健品。就防效來看，不是特別穩定，所以病害多發期，該用藥用藥，切勿耽誤防治工作。
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