明朝初期，元朝的遺留雖然已經被趕出了中原地區，但是元朝的殘餘勢力仍然沒有被徹底消滅。公元1387年，元軍的主力基本上被大明消滅，可是元軍剩餘的軍隊仍然躲藏在偏遠地區中，這一點讓明朝開始頭疼。
公元1387年朱元璋為了徹底消滅元朝殘餘勢力，明朝開始組建大軍準備與元朝殘餘勢力決一死戰。明朝派遣大將軍藍玉，率領十五萬大軍襲擊元朝的最後據點“捕魚兒海”。直至1387年，元朝的殘餘勢力依然東躲西藏。
捕魚兒海之戰在爆發之前，就已經消滅了很多元朝軍隊，這裡的元朝軍隊只是剩餘的。當時蒙元剩餘的軍隊也在十萬人左右，這個數目依然不是小數目。朱元璋為了消滅他們，下了很大的功夫。
雖然只是元朝的剩餘勢力，但是蒙元依然有健存的正統皇帝，其精英王派軍也沒有被消滅。這些人的勢力不可小覷，所以朱元璋才下大力度準備消滅他們。捕魚兒海位於現如今的內蒙古呼倫貝爾草原西南部。
為了解決元朝的剩餘勢力，朱元璋做了充足的準備，朱元璋命令藍玉帶領明軍主動出擊千里之外。也就有了捕魚兒海之戰。藍玉是朱元璋非常信任的將軍，讓藍玉率軍進攻元朝剩餘勢力，朱元璋是信心滿滿。
可是要進入捕魚兒海不是一件容易事，因為當時的明朝剛剛建立，還對捕魚兒海的地形不熟悉，於是在當地人的帶領下，藍玉將軍開始猛烈的進攻。最終元朝皇帝也來不及管那些宗親貴族，自己帶著少許護衛逃跑了。
藍玉帶領士兵進入捕魚兒海，將那些元朝遺留的官員全部抓捕了起來。整個北元中樞被徹底摧毀，至此元朝對大明的危機解除。史書記載藍玉將軍用很少的損失殲滅了很多敵軍，俘虜七萬多人，四萬多戰馬，牛羊十幾萬頭。
藍玉對明朝做出了很大的貢獻，可是他居功自傲，而且還有人爆出了藍玉羞辱元朝的妃子。不僅如此，藍玉還燒燬了明朝的邊關地區，而且還對兄弟不對大打出手。這一點讓朱元璋忍無可忍。
對待明朝的功臣，朱元璋還是很不錯的，可是藍玉這樣為所欲為，這絕對不是什麼好事。居功自傲的藍玉很快就大禍臨頭了。朱元璋藉著有人舉報藍玉羞辱妃子，對藍玉發難，最後藍玉落得了個滿門抄斬的下場。
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