邪龍解說
可以先簡單的分清楚下概念，京東自營店就是京東與品牌商合作，在品牌商那拿貨，之後就在平臺銷售，這就是京東自己銷售的商品。而京東官方旗艦店準確點來說就是京東自營官方旗艦店，這個是和品牌商的官網打通的，本質上是兩家的合作，在平臺銷售。
舉個簡單的例子，現在很多消費者的喜歡在京東上購買手機，假如是購買的華為手機，那這個就可以直接在華為京東自營官方旗艦店購買，旗艦店的庫存是和官網上相同的，如果顯示無貨的話，那麼在自營官方旗艦店上也是無貨。但這個比在官網上要好的一點是：京東上會有平臺的合作，價格不會變，但是可以領取滿減優惠券什麼的，而官網上基本活動很少。不過，京東上已有自營官方旗艦店了，基本上不會有京東自營店了。
再者就是京東自營店，這個直接和第三方相比要直接點，也拿手機來說，可能京東上會有一些品牌手機沒有在線上開設自營官方旗艦店，但是京東與手機品牌有合作，拿到授權之後，京東可以自己在品牌商那進貨，開設京東自營品類店，消費者購買的就是自營店內的商品，並且多數享受的也是京東物流配送。
從本質上來說，品質這一塊是沒有區別的，主要就是性質上的區別，一個是京東進貨銷售的，一個是與品牌商的官網打通的，但使用的多數都是京東物流，因為京東自營的有些商品，是廠商直接發貨，廠商選擇什麼樣的物流，這個沒有辦法確定。題主要是想購買商品的話，這兩個都可以選擇。
monkeyflowers
這個需要弄清楚什麼是自營什麼是旗艦店，京東自營值得是jd自己採購自己銷售，這種銷售有產品保證，可以100%確定是正品，屬於jd自己採購自己營銷自己承擔售後
京東旗艦店指的是第三方在jd認證的商家，屬於第三方賣家，不屬於jd自採自銷的產品，售後要找旗艦店商家，他們之間和合作關係，就這麼簡單，另外在jd買東西最好買jd自營的，否則跟天貓沒啥區別
另外自營產品好處多，例如退貨換、快遞速度、產品質量、等等都有絕對的保證，雖然旗艦店的產品也是正品也受到jd的管理，但是物流速度還有售後都沒用京東那麼順暢，建議在購物時候看清楚產品售後服務
原創不易，每一次點贊評論都是給我最大的鼓勵，希望我的回答可以給你幫助，哪裡說得不對多多指教，謝謝^-^
色影君
在京東選購的時候，很多商品下方都會標註京東自營，而京東自營並不是京東自己的商品，也不是京東自己採購的，京東自營是京東B2C網絡銷售模式，也就是business to consumer，商家直接到買家的模式。這種模式是商家把商品委託給京東去售賣，貨發到京東倉庫，由京東配送，銷售的利潤點給一定比例。
所謂京東自營和第三方最大的區別就是一個是委託京東方來經營售賣，一個是自己在京東商城進行經營活動，“自營”為京東集團自營而非京東商城自營，具體的銷售主體由京東集團根據訂單具體情況確定，即根據消費者所在區域、商品庫存量等，由京東集團自行決定開發票主體及發貨公司主體。京東自營是相對第三方賣家來說的，第三方賣家就是說是第三方經過京東的允許，在京東商城使用一塊資源，自己開個店，然後買了第三方賣家店裡的東西，是第三方賣家發貨，而不是京東倉庫發貨。
叮咚教書匠
首先說一下京東自營：
京東自營的是不管是進貨、還是倉庫存儲、還是物流網、還是售後、都是一手乾的。在這裡重點說一下售後，這個售後問題是凡是買東西都會涉及到的，京東的售後真的是沒得說的，不管是退貨還是換，服務都很到位的，有的退貨是沒等貨回到京東售後呢錢就已經反到賬戶了。畢竟信譽時代嘛！
那再說一下官方旗艦店吧：
官方旗艦店指的是官方品牌公司在京東認證註冊的公司旗艦店，東西也是正品，只不過在發貨啊、物流啊、售後啊等方面有的是不太一樣的，享受的服務也是不一樣的。
最後我還想在此說一件事：我看到評論區有的人拿淘寶或者拼多多來和京東比，那麼我建議這幫人可以退出網購界了，連最起碼的幾大購物平臺不管是東西還是服務等等很多方面是不是一個水平線上的都分不清，還網購啥，甚至拿不好都當好，還出來噴這個那個的，逮誰盤誰的，也是沒誰了。
漂浮著的冰雹
最簡單直接的解釋：
自營店= 京東從廠家低價買入，高價賣給你，賺差價。
旗艦店= 廠家借京東平臺直接賣給你，京東賺提成。
solti35030967
京東自營的東西好多品牌沒有官方的品牌授權書，進貨渠道也不明確，貨品包裝有的是沒有吊牌的，還有個差別是售後都是京東自定的。官方旗艦店都是品牌正宗授權的店鋪，售後一般可以享受到實體店的待遇，店鋪可以提供產品質檢報告書（自營裡的有些品牌就提供不了。我已經上過京東自營店鋪檔了，買的時候沒看說明。鬱悶！
wcf633
作為一個在京東自營品牌的公司上過班的人！我想說很多評論都是呵呵呵！
你得不到的男朋友
糾正一下：京東自營是京東將貨買回去放在自己倉庫的
音響系統李老師
在京東買的唯一理由就是自營確保最大化正品率，同時自營享受最優的快遞服務和售後。
除了自營外的其他形式店鋪通通被淘寶天貓吊打。
青春V染指流年
自營店非自營也就是京東想得出來的招，一看就是沒擔當的人
