邪龙解说
可以先简单的分清楚下概念，京东自营店就是京东与品牌商合作，在品牌商那拿货，之后就在平台销售，这就是京东自己销售的商品。而京东官方旗舰店准确点来说就是京东自营官方旗舰店，这个是和品牌商的官网打通的，本质上是两家的合作，在平台销售。
举个简单的例子，现在很多消费者的喜欢在京东上购买手机，假如是购买的华为手机，那这个就可以直接在华为京东自营官方旗舰店购买，旗舰店的库存是和官网上相同的，如果显示无货的话，那么在自营官方旗舰店上也是无货。但这个比在官网上要好的一点是：京东上会有平台的合作，价格不会变，但是可以领取满减优惠券什么的，而官网上基本活动很少。不过，京东上已有自营官方旗舰店了，基本上不会有京东自营店了。
再者就是京东自营店，这个直接和第三方相比要直接点，也拿手机来说，可能京东上会有一些品牌手机没有在线上开设自营官方旗舰店，但是京东与手机品牌有合作，拿到授权之后，京东可以自己在品牌商那进货，开设京东自营品类店，消费者购买的就是自营店内的商品，并且多数享受的也是京东物流配送。
从本质上来说，品质这一块是没有区别的，主要就是性质上的区别，一个是京东进货销售的，一个是与品牌商的官网打通的，但使用的多数都是京东物流，因为京东自营的有些商品，是厂商直接发货，厂商选择什么样的物流，这个没有办法确定。题主要是想购买商品的话，这两个都可以选择。
monkeyflowers
这个需要弄清楚什么是自营什么是旗舰店，京东自营值得是jd自己采购自己销售，这种销售有产品保证，可以100%确定是正品，属于jd自己采购自己营销自己承担售后
京东旗舰店指的是第三方在jd认证的商家，属于第三方卖家，不属于jd自采自销的产品，售后要找旗舰店商家，他们之间和合作关系，就这么简单，另外在jd买东西最好买jd自营的，否则跟天猫没啥区别
另外自营产品好处多，例如退货换、快递速度、产品质量、等等都有绝对的保证，虽然旗舰店的产品也是正品也受到jd的管理，但是物流速度还有售后都没用京东那么顺畅，建议在购物时候看清楚产品售后服务
原创不易，每一次点赞评论都是给我最大的鼓励，希望我的回答可以给你帮助，哪里说得不对多多指教，谢谢^-^
色影君
在京东选购的时候，很多商品下方都会标注京东自营，而京东自营并不是京东自己的商品，也不是京东自己采购的，京东自营是京东B2C网络销售模式，也就是business to consumer，商家直接到买家的模式。这种模式是商家把商品委托给京东去售卖，货发到京东仓库，由京东配送，销售的利润点给一定比例。
所谓京东自营和第三方最大的区别就是一个是委托京东方来经营售卖，一个是自己在京东商城进行经营活动，“自营”为京东集团自营而非京东商城自营，具体的销售主体由京东集团根据订单具体情况确定，即根据消费者所在区域、商品库存量等，由京东集团自行决定开发票主体及发货公司主体。京东自营是相对第三方卖家来说的，第三方卖家就是说是第三方经过京东的允许，在京东商城使用一块资源，自己开个店，然后买了第三方卖家店里的东西，是第三方卖家发货，而不是京东仓库发货。
叮咚教书匠
首先说一下京东自营：
京东自营的是不管是进货、还是仓库存储、还是物流网、还是售后、都是一手干的。在这里重点说一下售后，这个售后问题是凡是买东西都会涉及到的，京东的售后真的是没得说的，不管是退货还是换，服务都很到位的，有的退货是没等货回到京东售后呢钱就已经反到账户了。毕竟信誉时代嘛！
那再说一下官方旗舰店吧：
官方旗舰店指的是官方品牌公司在京东认证注册的公司旗舰店，东西也是正品，只不过在发货啊、物流啊、售后啊等方面有的是不太一样的，享受的服务也是不一样的。
最后我还想在此说一件事：我看到评论区有的人拿淘宝或者拼多多来和京东比，那么我建议这帮人可以退出网购界了，连最起码的几大购物平台不管是东西还是服务等等很多方面是不是一个水平线上的都分不清，还网购啥，甚至拿不好都当好，还出来喷这个那个的，逮谁盘谁的，也是没谁了。
漂浮着的冰雹
最简单直接的解释：
自营店= 京东从厂家低价买入，高价卖给你，赚差价。
旗舰店= 厂家借京东平台直接卖给你，京东赚提成。
solti35030967
京东自营的东西好多品牌没有官方的品牌授权书，进货渠道也不明确，货品包装有的是没有吊牌的，还有个差别是售后都是京东自定的。官方旗舰店都是品牌正宗授权的店铺，售后一般可以享受到实体店的待遇，店铺可以提供产品质检报告书（自营里的有些品牌就提供不了。我已经上过京东自营店铺档了，买的时候没看说明。郁闷！
wcf633
作为一个在京东自营品牌的公司上过班的人！我想说很多评论都是呵呵呵！
你得不到的男朋友
纠正一下：京东自营是京东将货买回去放在自己仓库的
音响系统李老师
在京东买的唯一理由就是自营确保最大化正品率，同时自营享受最优的快递服务和售后。
除了自营外的其他形式店铺通通被淘宝天猫吊打。
青春V染指流年
自营店非自营也就是京东想得出来的招，一看就是没担当的人
