設施農業的發展，對穩定蔬菜市場，保障蔬菜有效供給，增加農民收入等方面具有非常重要的意義。近年來，隨著設施蔬菜產業的迅猛發展，尤其是一些長時間連作的設施蔬菜種植地，土壤退化現象十分嚴重，大大影響了保護地蔬菜的可持續發展。
土壤退化有以下幾點原因：
一、土壤酸化
設施農業高溫、高溼的環境，加快了有機質分解，產生有機酸和腐植酸，同時土壤的緩衝能力下降，加之化肥的大量使用，使土壤中鹼基離子濃度下降，造成土壤酸化。設施蔬菜地土壤酸化，致使土壤理化性狀惡化，同時破壞了土壤微生物的分佈和活動，使蔬菜作物處於不利的生長環境，生長髮育受到影響，造成作物產量和品質的下降。
二、土壤次生鹽漬化
設施蔬菜地不合理的灌溉和施肥，使土壤中的大量鹽分，在強烈蒸發作用下，不斷向地表積累，從而造成土壤次生鹽漬化。土壤次生鹽漬化破壞土壤的團粒結構，影響作物對水和養分的正常吸收，不利於蔬菜的生長，對土壤微生物活性產生不利影響，進而導致作物產量和品質下降。
三、土壤板結
由於水、肥過量投入，土壤次生鹽漬化、土壤酸化等影響，土壤發生板結，土壤團粒結構被破壞，密度增加，孔隙度減小，透氣性變差。從而破壞了土壤中水、肥、氣、熱平衡，減弱了土壤的保水、保肥功能；惡化了土壤生態環境，直接抑制了作物和土壤微生物的生物活性，影響到他人生態系統中的物質循環和生命過程，正常地力衰退、土壤質量下降。
四、土傳病害發生嚴重
由於作物連作障礙，即在設施蔬菜生產中連續種同一種作物，造成設施蔬菜生物多樣性下降，引起了根系生物活性下降，養分吸收能力降低和植物抗病性減弱，加之由於土壤酸化、次生鹽漬化和土壤板結，致使土壤生態環境惡化，土壤微生物生態失衡，造成目前設施農業土傳病害發生較為普遍，如黃瓜枯萎病、番茄枯萎病、辣椒疫病等。
五、中微量元素缺乏
部分菜農只認識到氮、磷、鉀元素對蔬菜生長的作用，而忽視了蔬菜對鈣、鎂、硫、鋅、硼等中微量元素吸收也較多，因而生產管理中僅補施有機肥和化肥，基本上不單施中微量元素，而設施蔬菜採收量大，土壤中大量元素氮磷鉀和中微量元素鈣鎂鋅硼等被大量帶走，蔬菜連年種植導致土壤養分的偏耗，特別是鈣、鎂、鋅、硼等中微量元素的偏耗，引發各種缺素症的發生，進一步加重了作物的生理性病害，不利於蔬菜的正常生長髮育，致使其產量和品質下降。
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