清初，西方殖民者開始入侵臺灣。1625年，荷蘭殖民者在臺灣建立赤嵌城作為侵略據點。1661年，抗清將領鄭成功從金門東渡，進軍臺灣，經過一年浴血奮戰，收復臺灣。這是值得稱頌的愛國壯舉。此後，鄭成功繼續明朝的政治制度，在島上分府置縣，立官設職，建立政權，他自己仍稱明朝的延平郡王。鄭成功死後，兒子鄭經，孫子鄭克爽等相繼在臺灣統治了二十二年。鄭氏父子在島上加強統治，發展生產，進行建設，使臺灣經濟、文化迅速發展。這無疑是歷史的巨大進步，但臺灣同大陸仍處於分裂狀態，海峽兩岸經濟文化聯繫問題沒有根本解決。這對臺灣、對中華民族的發展都是十分不利的。另一方面，鄭氏政權雖以臺灣為基地進行了抗清鬥爭，但此時清朝建國已三、四十年，大陸早已統一，國內政局穩定，經濟不斷髮展，力量十分強大，所以鄭氏集團的軍事行動成不了氣候。而清政府加緊了消滅鄭氏政權、統一臺灣的各項準備。在這種形勢下，鄭氏政權的對大陸策略很快發生了變化。
1662年，鄭經剛繼位，清靖南王耿繼茂、福建總督李率泰致書鄭經勸其歸降，鄭經拒降，而且提出要求，“不登岸，不剃髮易衣冠”，保持琉球等國同清王朝那樣的關係，即獨立半獨立的關係。1668年康熙帝詔遣大臣明珠、蔡毓榮等專程赴漳州詔諭鄭經。1680年平南將軍貝子賴塔再次致書招撫鄭經，均遭鄭氏集團的拒絕。1681年，鄭經死去，大臣馮錫範擁立“幼弱不能蒞事”的十二歲的鄭經之子鄭克爽為延平郡王。鄭克爽在馮錫範等的操縱下也仿效其父，致書清政府“請照琉球、高麗等外國例，稱臣進貢”。1683年，清軍渡海前夕，鄭軍統帥劉國軒又致書清政府提出上述要求。顯然，鄭成功之後的鄭氏政權無力統一中國，而且也不想統一中國，所追求的目標是臺灣獨立，從祖國分離出去。對此，清朝統治者斷然拒絕。康熙帝認為，臺灣同琉球等國的情況不一樣，島上居民都是中國人，主要是漢族人，自古以來就是中國的領土，與大陸必須統一，必須成為中國版土的一部分，獨立不行，半獨立也不能允許。為了遏制鄭氏的“臺獨”，康熙帝採取了一系列措施。
1681年之前，康熙帝對臺灣策略是以招撫為主，在漳州特設“修來館”，凡是從海峽那邊來的軍政人員，一律厚禮款待、授予官職，收到了顯著效果。
1681年，三藩被平定，統一臺灣的條件業已成熟，清政府全力對付臺灣。加上恰好此時鄭經死去，鄭克爽繼立，政治癒加腐敗。於是，康熙帝及時作出了統一臺灣的戰略決策，並部署如下：在福建沿海集結兵力，打造戰船；將贊成統一臺灣的姚啟聖和施琅分別任命為福建總督和福建水師提督，由他們具體籌劃。施琅為了作好充分準備，調整了兵力，並制定了先取澎湖，後取臺灣的詳細作戰方案。在此期間，朝廷內外雜言紛起，有的反對重用施琅，有的主張“徵臺灣宜緩”，有的風言風語地說“天下太平，凡事不宜開端”。與此同時，鄭氏集團的“臺獨”圖謀愈加明朗甚至囂張。在這種複雜的形勢下，康熙毅然決然抓住機遇，批准了施琅的作戰計劃。
1683年6月，施琅親率戰船三百艘和精銳水師二萬名，從福州銅山(今東山)出發，乘南潮進擊，兵鋒直指臺灣的門戶——澎湖。鄭氏集團也早有準備，派劉國軒預先在戰略要地建立了一條長約二十餘里的海防線，並有主力二萬、戰船二百，因此這場戰鬥十分激烈。清軍準備充分，指揮得當，士氣旺盛，經過七晝夜的海上鏖戰，勝利攻佔澎湖，打開了通向臺灣的門戶。
鄭氏集團驚恐萬狀，亂作一團，眼見大勢已去，決定放棄臺灣獨立的企圖。8月，施琅率軍在鹿爾門登陸，兵臨安平城下，鄭氏集團在圍困中請降，得到康熙準降諭旨。
鄭氏集團投降後，清政府作了妥善安排，按統一之功分別行賞，封鄭克爽為一等公爵，編入漢軍旗，和入關時有功的漢貴族一樣優待。馮錫範、劉國軒皆封為伯爵。劉國軒後來還被重用為天津總兵。其他在歸清過程中起了作用的鄭氏官員都分別受到了封賞。然而在如何處理臺灣的善後事宜這一至關重大的問題上，清政府內部存在著兩種不同的意見，一種意見荒謬地主張“遷其人而棄其地”，甚至還有人要把它送給荷蘭；這與“臺獨”是異曲同工。另一種意見主張在臺灣設置府縣，加強管理。曾為統一臺灣立下戰功的施琅堅持後一種意見。他慷慨陳詞，指出，臺灣不僅物產豐富，而且是東南數省的屏障，具有生根的戰略價值，若放棄臺灣，必將被外強重新佔領。到那時，中國沿海諸省的安全就得不到保障，後果將不堪設想。這是維護統一的高明見地。康熙皇帝堅決予以採納地指出：“臺灣棄取，所關甚大”，“棄而不守，尤為不可”。這樣，清政府便在統一臺灣的第二年，即1684年加強了對臺灣、澎湖的管理，正式在臺灣設立了一府(臺灣府)三縣(臺灣、鳳山、諸羅)，隸屬福建省。同時，在臺灣設巡道一員、總兵一員、副將二員，駐兵八千；在澎湖設副將一員，駐兵三千。康熙皇帝對臺灣的軍事行動和上述措施，及時地挫敗了“臺獨”圖謀，使臺灣重歸祖國的懷抱，具有深遠的歷史意義。
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