清初，西方殖民者开始入侵台湾。1625年，荷兰殖民者在台湾建立赤嵌城作为侵略据点。1661年，抗清将领郑成功从金门东渡，进军台湾，经过一年浴血奋战，收复台湾。这是值得称颂的爱国壮举。此后，郑成功继续明朝的政治制度，在岛上分府置县，立官设职，建立政权，他自己仍称明朝的延平郡王。郑成功死后，儿子郑经，孙子郑克爽等相继在台湾统治了二十二年。郑氏父子在岛上加强统治，发展生产，进行建设，使台湾经济、文化迅速发展。这无疑是历史的巨大进步，但台湾同大陆仍处于分裂状态，海峡两岸经济文化联系问题没有根本解决。这对台湾、对中华民族的发展都是十分不利的。另一方面，郑氏政权虽以台湾为基地进行了抗清斗争，但此时清朝建国已三、四十年，大陆早已统一，国内政局稳定，经济不断发展，力量十分强大，所以郑氏集团的军事行动成不了气候。而清政府加紧了消灭郑氏政权、统一台湾的各项准备。在这种形势下，郑氏政权的对大陆策略很快发生了变化。
1662年，郑经刚继位，清靖南王耿继茂、福建总督李率泰致书郑经劝其归降，郑经拒降，而且提出要求，“不登岸，不剃发易衣冠”，保持琉球等国同清王朝那样的关系，即独立半独立的关系。1668年康熙帝诏遣大臣明珠、蔡毓荣等专程赴漳州诏谕郑经。1680年平南将军贝子赖塔再次致书招抚郑经，均遭郑氏集团的拒绝。1681年，郑经死去，大臣冯锡范拥立“幼弱不能莅事”的十二岁的郑经之子郑克爽为延平郡王。郑克爽在冯锡范等的操纵下也仿效其父，致书清政府“请照琉球、高丽等外国例，称臣进贡”。1683年，清军渡海前夕，郑军统帅刘国轩又致书清政府提出上述要求。显然，郑成功之后的郑氏政权无力统一中国，而且也不想统一中国，所追求的目标是台湾独立，从祖国分离出去。对此，清朝统治者断然拒绝。康熙帝认为，台湾同琉球等国的情况不一样，岛上居民都是中国人，主要是汉族人，自古以来就是中国的领土，与大陆必须统一，必须成为中国版土的一部分，独立不行，半独立也不能允许。为了遏制郑氏的“台独”，康熙帝采取了一系列措施。
1681年之前，康熙帝对台湾策略是以招抚为主，在漳州特设“修来馆”，凡是从海峡那边来的军政人员，一律厚礼款待、授予官职，收到了显著效果。
1681年，三藩被平定，统一台湾的条件业已成熟，清政府全力对付台湾。加上恰好此时郑经死去，郑克爽继立，政治愈加腐败。于是，康熙帝及时作出了统一台湾的战略决策，并部署如下：在福建沿海集结兵力，打造战船；将赞成统一台湾的姚启圣和施琅分别任命为福建总督和福建水师提督，由他们具体筹划。施琅为了作好充分准备，调整了兵力，并制定了先取澎湖，后取台湾的详细作战方案。在此期间，朝廷内外杂言纷起，有的反对重用施琅，有的主张“征台湾宜缓”，有的风言风语地说“天下太平，凡事不宜开端”。与此同时，郑氏集团的“台独”图谋愈加明朗甚至嚣张。在这种复杂的形势下，康熙毅然决然抓住机遇，批准了施琅的作战计划。
1683年6月，施琅亲率战船三百艘和精锐水师二万名，从福州铜山(今东山)出发，乘南潮进击，兵锋直指台湾的门户——澎湖。郑氏集团也早有准备，派刘国轩预先在战略要地建立了一条长约二十余里的海防线，并有主力二万、战船二百，因此这场战斗十分激烈。清军准备充分，指挥得当，士气旺盛，经过七昼夜的海上鏖战，胜利攻占澎湖，打开了通向台湾的门户。
郑氏集团惊恐万状，乱作一团，眼见大势已去，决定放弃台湾独立的企图。8月，施琅率军在鹿尔门登陆，兵临安平城下，郑氏集团在围困中请降，得到康熙准降谕旨。
郑氏集团投降后，清政府作了妥善安排，按统一之功分别行赏，封郑克爽为一等公爵，编入汉军旗，和入关时有功的汉贵族一样优待。冯锡范、刘国轩皆封为伯爵。刘国轩后来还被重用为天津总兵。其他在归清过程中起了作用的郑氏官员都分别受到了封赏。然而在如何处理台湾的善后事宜这一至关重大的问题上，清政府内部存在着两种不同的意见，一种意见荒谬地主张“迁其人而弃其地”，甚至还有人要把它送给荷兰；这与“台独”是异曲同工。另一种意见主张在台湾设置府县，加强管理。曾为统一台湾立下战功的施琅坚持后一种意见。他慷慨陈词，指出，台湾不仅物产丰富，而且是东南数省的屏障，具有生根的战略价值，若放弃台湾，必将被外强重新占领。到那时，中国沿海诸省的安全就得不到保障，后果将不堪设想。这是维护统一的高明见地。康熙皇帝坚决予以采纳地指出：“台湾弃取，所关甚大”，“弃而不守，尤为不可”。这样，清政府便在统一台湾的第二年，即1684年加强了对台湾、澎湖的管理，正式在台湾设立了一府(台湾府)三县(台湾、凤山、诸罗)，隶属福建省。同时，在台湾设巡道一员、总兵一员、副将二员，驻兵八千；在澎湖设副将一员，驻兵三千。康熙皇帝对台湾的军事行动和上述措施，及时地挫败了“台独”图谋，使台湾重归祖国的怀抱，具有深远的历史意义。
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