著名的中世紀主義者史蒂文·朗西曼在1954年寫道：“從來沒有比第四次十字軍東征更大的反人類罪。”圍繞第四次十字軍東征的爭議導致學術界對其目標是否確實是捕獲的意見分歧君士坦丁堡唐納德·E·奎勒和托馬斯·F·馬登在他們的著作“第四次十字軍東征”（1977）中挑戰了傳統的立場，認為情況就是如此。
君士坦丁堡被認為是基督教的堡壘，它將歐洲從伊斯蘭教的前進力量中捍衛出來，而第四次十字軍東征對這座城市的劫掠對這座東部堡壘造成了無法挽回的打擊。雖然希臘人在經過57年的拉丁統治後重新奪回了君士坦丁堡，但拜占庭帝國卻因第四次十字軍東征而陷入癱瘓。
減少到君士坦丁堡，安納托利亞西北部和巴爾幹南部的一部分，帝國落到了1453年佔領該城市的奧斯曼土耳其人。
八百年後，教皇約翰保羅二世兩次對第四次十字軍東征的事件表示悲傷。 2001年，他寫信給雅典大主教克里斯托多洛斯，“為了確保基督徒自由進入聖地的襲擊者在信仰中反對他們的兄弟，這是悲慘的事實。
他們是拉丁基督徒填充的事實天主教徒深感遺憾。“2004年，當君士坦丁堡的族長巴塞洛繆一世訪問梵蒂岡時，約翰保羅二世問道：”我們怎能不在八個世紀的距離內分享痛苦和厭惡。“ 這被認為是希臘東正教會對第四次十字軍東征所犯下的大屠殺的道歉。
2004年4月，在關於城市被捕800週年的演講中，巴塞洛繆的普世大主教正式接受了道歉。
“和解的精神比仇恨更強烈，”他在法國里昂的羅馬天主教大主教Philippe Barbarin參加的禮儀儀式上說。
“我們感激並尊重你對第四次十字軍東征悲慘事件的親切姿態。事實上，800年前這座城市發生了犯罪事件。”巴塞洛繆說他的接受是以帕夏的精神來實現的。 “復活的和解精神......煽動我們與我們的教會和好。”
第四次十字軍東征是教皇最後一次發動的主要十字軍東征之一，儘管很快就失去了教皇的控制權。在非專業人士和教皇之間的爭吵導致第五次十字軍東征的崩潰之後，後來的十字軍東征是由個別君主指揮的，主要針對埃及。
隨後的一次十字軍，第六次成功地使耶路撒冷恢復基督教統治15年。
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