（四）屯軍經濟的危機
從陝西行都司設立軍屯伊始，屯軍軍戶經濟結構就相當的脆弱。洪武、永樂間，駐守陝西行都司軍兵的給養大都來源於政府補給。從軍器到糧草，甚至鞋襪都得中央政府想辦法解決。由此可見，軍卒在經濟上的脆弱和困頓。洪武五年（1372年），明太祖“命中書省凡陝西、北平、山西、甘肅極邊苦寒之地，守邊將士已賜衣裝者，再以鞋給之。”派兵卒屯田也是命令“布政使司預備西涼、甘肅農具、種子以給軍士屯種。”永樂元年，“工部尚書黃福奏：陝西行都司所屬屯田多缺耕牛、耕具。令準北京例官市牛給之，耕具於陝西布政司所屬鑄造。”明朝政府不斷給邊地屯戍軍卒給予大量補給品和農耕用具，這樣的情況可以表明：屯軍軍戶的經濟水平低下，難以達成屯田收益的擴大化。那樣，也更談不上商品經濟在陝西行都司的發展和擴大了。
14 到 17 世紀的明朝是中國封建時代資本主義萌芽階段。與屯政遍行的北方邊地相比，南方長江中下游流域發達的農業生產水平催生了手工工商業的勃興。人丁逐漸大規模從農業勞動轉向了手工工商業。正當東南沿海的商賈利用水陸交通四處銷售各地商品之時，地處邊荒的屯軍們卻只能在貧瘠的土地上為餬口和繳納屯種子糧而終日忙碌著。這種屬於自然經濟形態的屯軍軍戶經濟的脆弱性不足於抗禦各種來自都司內外的體制性的和結構性的雙重擠壓。
從體制角度看，屯軍所面臨的主要問題是賦稅的變化與收入之間造成的矛盾。明初洪武年間，為照顧屯軍微薄的收入，稅收基本維持在每畝 1 斗的水平。但到宣德以後，由於屯田產量和耕作水平取得了一定的提升，稅收額逐漸加大至0.2 至 0.3 石左右，也就是 2 鬥至 3 鬥。這些多徵收的糧食導致災荒不斷的陝西行都司轄地內的屯軍叫苦不迭。針對這種情況，有官員提出降低屯軍交納糧食數量的額度。正統元年（1436 年），兵部右侍郎徐晞上奏要求減少屯軍交糧數目。他說道：“陝西行都司屬衛開種地畝賦稅額重，徵納不完。會同行在左待郎王佐等議，宜將軍餘地畝如民田五升起科，月糧仍舊關給，其屯田正軍該納餘糧六石，餘丁地畝亦科如民田，及大同宣府邊衛亦宜如例 。”但徐晞所議似乎沒有促成一個可行的辦法。陝西行都司的屯軍還是在科稅之下步履維艱。針對徐晞等人減少稅糧的建議，有些官員則提出了相反的意見。反對者認為徵收稅糧過少，勢必加大中央政府和內地州縣對邊地轉運的負擔。右僉都御史曹翼就此上奏反對過度減稅。他也同時針對某些官員建議為減輕財政負擔而放棄部分邊地的論調進行批評。他說：
甘州諸衛所新闢田畝，每畝歲徵租五升固已輕矣。而近時言者欲再輕之，致蒙詔旨令臣等覆視，闢地不及五十畝者悉蠲其租，且歲用之數有增無損，既蠲軍士之租必將重民之稅。然關中之民歲輸邊儲疲弊已極，朝廷何忍損彼以益此哉？請仍徵之。……祖宗恢拓疆宇得尺則守尺，得寸則守寸，蓋欲傳之萬世者也。今言者欲棄肅州、鎮番、鎮夷諸處，雖未蒙俞允然此妄言之人，恐言之不已，未免惑亂聖聰。如有再以此言進者，乞置之法。則讒邪之口杜矣。
在這樣的情況下，明朝中央內部依然停留在為是否減稅而爭論的層面上。陝西行都司沒有減少屯軍稅額，所以部分軍士開始逃亡，並且數量不斷增多。需要指出的是，士兵逃亡不光是陝西行都司一地的現象，在其他邊鎮士兵逃亡現象也較為突出。如“
遼東總兵官都督僉事巫覬奏：自山海關外遼東所屬凡二十四驛，其十八驛俱在極邊，洪武中以謫戍等遞送，今四十餘年，逃亡者多。”至弘治間，陝西行都司士兵逃亡已經成為一個嚴重威脅屯政的因素。鎮守總兵官劉勝奏稱：“甘肅各衛原額旗軍共七萬三千九百四十餘人，今見在止四萬一千六十餘人，餘皆逃亡。凡腹裡清解到者，多隨到隨逃，其本處軍丁亦懼倒死馬匹，或逋負糧芻為官司考較，逃躲不歸。”劉勝的奏稱雖然有誇大甘肅軍士逃亡數額之嫌，但是還是可以反映逃亡軍士較多的情況。到正德年間，軍士逃亡現象則更為嚴重，逃亡軍士數量高居不下。這在驛站、遞運所表現得尤為突出。如正德八年（1513年）巡撫甘肅都御史趙鑑奏：“自古浪以西直抵肅州、酒泉驛俱極邊軍站，原額每站甲軍一百一十二名，今逃亡過半。”屯軍軍戶正是由於破產而逃亡或為了避免破產而逃亡。除了科索較重的原因外，還與邊地官勢豪強兼併土地、侵佔屯田和水力資源迫使屯軍難以維持生計有關。原本脆弱的屯軍軍戶經濟受到這種人為性的結構擠壓而面臨破產的境地。邊軍被包括軍官在內的豪強盤剝情形主要在永樂末期逐漸有所抬頭，而到成化年間則達到如火如荼的地步。
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