清朝地方行政劃分中，有省、府、廳、州、縣的區別。這些不同級別的行政區，會設立相應官職，處理各自職權範圍內的事務。同知跟知縣都是如此。不過，這兩個官職在設立時有很大不同。
知縣在設立初期，便有明確職權和目的，就是協助朝廷，治理縣一級的行政區，掌握轄區內徵收錢糧，刑名治安，維護教化等事務。而同知卻有很大不同。他們知府的副職，也就是府級官員。
清朝設立地方官職時，每一個層級的正式官員數量都不多，只有一個主印官和幾個副手，其餘大部分事務都要依靠書吏幕僚等人完成。
地方上需要處理的公務又極為繁雜，所以即便是副職實際也需要承擔很多工作任務。同知在初期時，便是由知府派出，到地方處理鹽務、徵糧、治安、水利防備等事務。
每個府只有一兩個同知，卻需要處理那麼多事務。很多同知被派往地方處理後，因為公務牽絆，經常是長時間無法回到府衙。所以，他們只能長期留任，久而久之，清朝地方官制開始出現變化，廳一級的行政區逐漸形成。
過去官府的辦事機構叫做“聽事”，簡稱“聽”，後來就逐漸演變成“廳”，成為同知外出辦事的獨立機構。同樣屬於廳級長官的還有通判。廳級衙門明朝末期時就已經出現。天啟末年，四川設立敘永廳。
清朝入關後，延續這一趨勢。早期時，廳普遍設立於邊地，很大程度上帶有以軍事維護治安的功能。《清世宗實錄》記載，雍正七年在都勻府的八寨廳和單江廳分別設立同知和通判。（雲貴總督鄂爾疏...應設文官分治，請于都勻府添設同知、通判一員，以同知分駐八寨，以通判分駐丹江）。
這並非孤例。雍正十年朝廷平定貴州叛亂後，就在大定府的水城廳和銅仁府的構城廳設立同治和通判。（移正大營同知駐紮松桃，大定府通判駐紮水城）
不過，當時通判雖然已經從府級衙門中獨立出來，級別依然非常高。它們屬於府級官員的層次。雍正八年時。朝廷在鎮遠府、黎平府設立同知，專門處理苗族事務。
但是，從乾隆初年開始，廳一級的行政區開始出現“散廳”的區分。散廳隸屬於府或道，級別跟縣相同。乾隆八年的時候，江西巡撫陳宏謀考慮到江西吉安府蓮花橋一帶距離縣城太遠，上疏將吉安府的永新、安福兩個縣的部分鄉地合併成廳，並設立廳級衙門，駐紮蓮花橋。
乾隆十二年，朝廷裁撤西安潼關縣缺，把原本交歸縣官管轄的屯田錢糧事務，都交給同知管轄。乾隆中後期開始，在廳級行政區中，又劃分出直隸廳的區別。這個在《大清一統志》中有明確記載。直隸廳跟散廳的區別在於，直隸廳是直接隸屬於省級布政使司，屬於府級行政區 ，級別跟府或直隸州相同。
也就是說，在整個清朝歷史中，同知跟知縣之間的關係，大致經歷過三個階段。第一階段，同知是知府的副職，需要經常外出辦事。它們的官階是正五品，級別是府級官員，屬於知縣上級。
第二階段，同知因為經常外派，逐漸成為州縣常駐官員，於是從清朝初期到雍正年間，同知就逐漸擺脫知府，成為獨立的地方官員，並且成為廳一級的行政長官。這個時候，同知依然是府級官員。
它們的地位跟官階，仍舊沒有太大變化，只是辦事衙門出現變動。這個時候，它跟知縣之間，屬於行政級別不同，處理事務雖有交集，但知縣所處理的更多是徵收錢糧，同知則是維護治安。
第三階段是從乾隆年間開始，清朝地方廳一級的行政區中，開始出現跟縣同級別的“散廳”。過去廳級行政區主要集中在邊地，乾隆時期也開始逐漸出現在內地。它們所處理的事務，也不再只是維護治安，同樣會涉及到徵收錢糧，推行教化等事務，跟知縣相差不大。只是同知官職級別較高。
至於到乾隆後期出現的直隸廳知州也相差不大，只是它的轄區和行政級別和官職都比知縣更高。這就是同知跟知縣在歷史演變中的不同區別。
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