1.股東職責管理
國有資本投資、運營公司要對所投資企業的董事會、監事會合理配置，建立以董事會為決策核心和以監事會為內部治理監督核心的公司治理結構。明確董事會、監事會和經營層的權責關係，保證治理效率。落實董事會職權，對其實施負面清單管理。董事會可通過成立戰略、提名、考核與薪酬、審計等專業委員會，提高決策效率和專業性。所投資企業的經營層在董事會的授權下負責日常經營類事宜的決策。
國有資本投資、運營公司及派出董事不干涉控參股公司的日常經營管理，而是通過議案審議和投票表決等公司治理程序履行職權，對重大事項進行決策。對於國有資本投資、運營公司絕對控股和相對控股（實際控制人）的公司，作為大股東，要保護中小投資者利益，防止“內部人控制”；對於國有資本投資、運營公司參股的公司，作為小股東，要保護股東權益不受侵犯，防止國有資產流失。
2.資本運營管理
資本運營是國有資本投資、運營公司的重要職能，是“管資本”的最關鍵性要素。資本的合理配置要以資本流動為基礎，投資和退出是國有資本投資、運營公司的關鍵職能。國有資本投資公司對其所投資企業通過產業資本與金融資本的融合，提高國有資本流動性，開展資本運作、股權運營，進行企業重組、兼併與收購，有效組合配置國有資本。國有資本運營公司對所投資企業可藉助IPO、併購和股權轉讓等方式提高其資產證券化率，提升資本流動性，提高配置效率。
這一過程中，資本的配置方向、配置時機和配置方式非常重要。國有資本投資、運營公司要結合業務需求以及對所投資企業的管控力度和戰略重要性等方面進行綜合判斷，細分決策權限，明晰投資目標，完善市場化退出機制，從而實現資本的保值增值。
國有資本投資、運營公司要根據戰略投資和財務投資的不同需求，結合控參股公司的不同屬性，進行差異化管控。在實操過程中，為明確權責歸屬，可採用分類分層梳理管理要素和負面清單的方式，進行權責分配。
3.關鍵人事的管理
清晰界定國有資本投資、運營公司與所投資企業在董事會建設、選人用人、薪酬分配和考核評價等方面的權利劃分。國資監管機構任免的企業高管與市場化選聘的企業高管採用不同的管理方式、薪酬體系和考核評價標準。
國有資本投資、運營公司絕對控股和相對控股（實際控制人）企業的黨委委員、紀委委員、黨委書記和紀委書記由國有資本投資、運營公司委派，並按股權比例派出股權董事。總經理、副總經理等公司經營團隊實行職業經理人制度，由董事會聘任、合同制契約化管理。總經理即使是執行董事、黨委委員，也應保持職業經理人身份。經營團隊不具有行政級別或影子級別。國有資本投資、運營公司參股公司因涉及到所投資企業的股權結構，是否派出股權董事，具體應視情況“一企一策”來決定。
4.風險控制管理
國有資本投資、運營公司通過審計、財務管控和信息披露等方式加強對投資公司的內外風險管控。按照《公司法》的規定，明確監事會對董事會、管理層及其成員的監督職能，強化審計監督，提高審計的有效性。強化審計部門向董事會負責的工作機制，克服同體監督偏軟的問題；推行審計集中，控股公司不單設內部審計機構（金融類子公司及上市公司除外），統籌使用集團審計監督力量，構建高效的審計監督管理體系。加強對控參股的非上市公司的信息追蹤，藉助信息化手段，跟蹤財務和交易信息，及時作出重大風險提示。
5.黨建和企業文化
在國有資本投資、運營公司絕對控股和相對控股（實際控制人）企業中，黨委會發揮政治核心作用，黨委會成員與董事會成員實行“雙向進入、交叉任職”，對董事、高管的考核評價情況應向公司黨委會通報。推動控參股企業中黨建和企業文化建設的相互促進，形成正向激勵的企業文化。
在實施過程中，國有資本投資、運營公司對所投資企業的管理不能“一刀切”，應採用市場化的管理方式，因企施策，切實提高國有資本的配置效率和運行效率。
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