事業單位人員每月是要扣績效工資的，這個大家都知道。但扣完以後，怎麼發放，是大家最為關心的，也是非議最大的。一般事業單位，比如直屬、局屬的管理類事業單位，扣績效工資也就是個程序，每月都扣，扣半年集中發放，一分不多，一分不少，和考核無關。除非是單位職工有什麼特殊情況，違規工作紀律，或者是有違規行為，需要處罰，單位才會在工資或者績效工資方面考慮扣除，進行懲罰性處理。
其次就是中小學校的績效工資，每月都扣，也是半年結算。分成兩部分，70%累計集中發放到個人手中，剩餘的30%扣除後做為獎金，按半年工作考核情況，分等次發放。這也就是一些人所說的，拿自己的工資，獎勵工作突出、成績優秀的教師。
第三類就是企業化管理模式的事業單位或者國企央企，績效就是真正的績效，按工作成績發放，幹得多、幹得好，就拿得多，誰也沒有異議。
這三類績效工資發放方式中，第一種和第三種都沒有什麼問題，最起碼大家沒有意見，問題最多、亟待改變的，就是中小學校教師績效工資發放模式。矛盾最突出的點有兩個：一是為什麼管理人員不帶課拿的卻比扣的多？二是為什麼要用自己的錢獎勵別人？
管理人員拿得多，這在中小學校或者是企業，都是普遍現象。他們拿績效的係數，就是平均值，甚至是最高值，而且不扣其他亂七八糟的什麼。你乾的再好，總有犯錯的地方，七扣八扣，即使乾的好，也比管理人員拿的低。這一點如何解決，目前還沒有更好的措施，因為管理人員的工作沒有辦法量化考核，而且政策也是由他們制訂的，目前也沒有改變的動向。
第二點就是大家非議的“拿自己的錢獎勵別人”，這一點倒是有了解決的措施。根據教育主管部門最新的指示，是要求地方政府繼續加大教育投入，主要用於三個方面：
1、班主任津貼。班主任津貼不再從教師績效中扣發，而是由地方財政直接負擔。
2、校內託管費用。由於減負，中小學校下午三四點就放學，這時候家長都在上班，外面的託管班又太貴，為了解決這個問題，校內託管應運而生，託管費用財政承擔一部分，家長承擔一部分，學校自籌一部分，以降低家長的經濟負擔。
3、增加教師績效獎勵。除扣發的30%績效，財政再撥付一部分，增大績效獎勵資金的基數，按考核成績發放。這就意味著績效獎勵會比以前更多，即使考核中等，發的也比扣的多一些，這樣一來，體現了獎金的真正意義，也增強了競爭性。這種方式在一些地區已經試點執行，但大多數地區還有待政府落實。
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