科學與佛教都是以自然存在為研究對象。科學是哲學的衍生，並衍生出許多分支。由於西方文明引領了科學的發展，科學的研究對象更側重於物質世界及其運動。佛教的研究對象包含物質，但也包含“心”，並認為“心”與“物”是一致的。佛教更側重於與“心”有關的終極真理，幷包含哲學與科學。科學與佛教在研究對象上基本是一致的。佛教不像別的宗教，甚至在某種程度上不屬於宗教，它的理論完全建立在非不可質疑的基礎上。它發展信者的口號特徵是“Come and see”（來看看），而不是“Come and believe”（來相信）。
科學與佛教的認識論
科學的認識論是建立在對物質世界的觀察，分析與理解的基礎上；並強調真理的檢驗標準是實踐。科學的觀察最初是從人的正常覺知開始。觀察者的五官（眼，耳，鼻，舌，身）覺知外界事物，或者觀察者用儀器來外界事物的信息。然後對外界事物的信息進行意識分別，分別的結果得出事物現象之間的聯繫與區別，從而使得產生概念以描述事物。概念的確立，最終導致了邏輯思維。科學的認識論完全建立在二元分別的基礎上，並用語言作為載體來還原自然的系統結構。這種認識論是排除人的主觀因素，完全是對客觀世界的反映。被觀察的體系不包括觀察者本身。它較多地呈現局部性。
佛教的認識論則不同於科學的認識論。佛教也強調實踐檢驗真理；及實踐需要觀察。可是佛教觀察方法是不完全一樣的。雖然佛教有時也應用科學的認識方法，但它更強調觀察的深層次。所以它的觀察更依賴於超常的覺知。並通過超常覺知的觀察來穿透事物的表像，而達其實相。因此，它的實踐包含許多超常覺知的建立與運用。這種超常覺知在本質上是一系列不間斷的當下覺知，而沒有意識分別。由於超常覺知是生命的屬性，佛教的認識論帶有主觀的特徵。通過佛教認識論得到的真理是否客觀性，取決於觀察者的心態。在佛教認識論中，被觀察的體系與觀察者本身是不可分的。它較多地呈現整體性。
科學的方法論是建立在邏輯思維上。它藉助於語言概念來Makesense。於是這樣的思維引出了邏輯學上四種方法；比較和分類、分析和綜合、歸納和演繹、抽象和具體。通過推理找出因果關係並發現類屬關係，從而尋找出事物運動的規律性，並將規律的關係轉換成量化的數學形式從而上升為理論。並用理論去預測事件。通過科學的方法論，人們可以理解世界運動的規律。也就是說，通過理性而解答出來的sense。這樣的方法論主要是人的線性思維。現代的計算機技術已經可以進行數值或簡單邏輯的非線性分析。
佛教的方法論是不建立在邏輯思維上，而建立在“禪定止觀”方法上。禪修是幫助人確立超常覺知的唯一途徑。在整個過程中，觀察者要完全摒棄邏輯思維的習性。因為，正是這種邏輯思維使得人脫離了當下覺知。而當下覺知是建立超常覺知的基礎。維持這種不間斷的當下覺知是一件非常困難的事。對資質好的人，也需要很多年連續不斷的努力。而且，超常覺知的建立僅僅是開始。在這些努力的過程中，具有超常覺知的人之間可以通過“心”來傳遞信息。然而，對不具有超常覺知的人，這樣“心”的交流就非常困難。因此佛陀也用邏輯的方法將禪修的經驗傳給弟子，並告誡他們不能執著於語言文字。在佛教的認識論與方法論基礎上，人對存在的觀察是“知道”，而不是理解。中文在這點上比其他語言有更準確地表達，“知道”就是知“道”。
科學的認識與方法論的侷限性，導致現代物理學產生兩大困惑
有不少人認為科學的認識論與方法論存在兩個侷限性，使得自身僅適用於部分自然現象而不是所有自然現象。第一個侷限性是科學的認識論與方法論基於唯物主義的哲學觀。它將任何主觀意識排除在系統之外。第二個侷限性是科學的認識論與方法論基於二元論（Duality），它不可避免地繼承了二元論的侷限性。正因為這兩個侷限性使得現代物理學在宏觀與微觀領域產生困惑。由於與量子力學緊密相關，本文就以微觀領域來探討這二個侷限性。
現代量子力學的困惑之一，即量子的不確定性（Quantum uncertainty）。它與人感知或認知的確定世界相矛盾。薛定諤將這不確定性放大成為非邏輯的貓。也就是說存在“不死不活”的貓或者“又死又活”的貓。波普爾更進一步將這不確定性歸結為自然界“不可知”的內稟屬性，他曾經認為“假如一個人不為量子論感到困惑，那他就是沒有明白量子論”。究竟是微觀世界具有不可知性，還是科學的認識論與方法論存在侷限性。後者的可能性顯然更大。
薛定諤貓的理論的作用在於將科學問題轉換成邏輯問題，而這個邏輯問題直接指向二元論的侷限性。大自然或者“道”並不按照二元的定義而運作。相反，終極真理很有可能始終按照非二元（Non-duality）的方式存在。正因為如此，佛教的經典裡有很多“不二”的論述。像“空有不二”，“心物不二”，“動靜不二”等等。比如，心和物就像一枚硬幣的兩面而不可分離。無論強調那一面，都會有侷限性。由此，以二元論為基礎的邏輯思維無法完整地描述“存在”的真理性。
現代量子力學的困惑之二，即“量子糾纏”（quantumentanglement）帶來的意識問題。在量子力學中，共源的兩個粒子之間存在某種糾纏關係，不管被分開多遠，它們都一直保持著糾纏的關係，對一個粒子擾動，另一個粒子（不管相距多遠）立即就知道了。量子糾纏在實驗室被證實，從根本上衝擊著科學的認識論與方法論。人們對被研究的“子系統”是否真的與外界無關產生疑問。更進一步，被觀察的體系是否與觀察者的意識無關呢？很明顯，這些問題已不僅僅是單純的科學問題，而是一種哲學層面的問題了。難道，科學無法獨立於哲學之外嗎？科學要想繼續發展，就不得不從新審視它的認識論與方法論的侷限性了。
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