科学与佛教都是以自然存在为研究对象。科学是哲学的衍生，并衍生出许多分支。由于西方文明引领了科学的发展，科学的研究对象更侧重于物质世界及其运动。佛教的研究对象包含物质，但也包含“心”，并认为“心”与“物”是一致的。佛教更侧重于与“心”有关的终极真理，并包含哲学与科学。科学与佛教在研究对象上基本是一致的。佛教不像别的宗教，甚至在某种程度上不属于宗教，它的理论完全建立在非不可质疑的基础上。它发展信者的口号特征是“Come and see”（来看看），而不是“Come and believe”（来相信）。
科学与佛教的认识论
科学的认识论是建立在对物质世界的观察，分析与理解的基础上；并强调真理的检验标准是实践。科学的观察最初是从人的正常觉知开始。观察者的五官（眼，耳，鼻，舌，身）觉知外界事物，或者观察者用仪器来外界事物的信息。然后对外界事物的信息进行意识分别，分别的结果得出事物现象之间的联系与区别，从而使得产生概念以描述事物。概念的确立，最终导致了逻辑思维。科学的认识论完全建立在二元分别的基础上，并用语言作为载体来还原自然的系统结构。这种认识论是排除人的主观因素，完全是对客观世界的反映。被观察的体系不包括观察者本身。它较多地呈现局部性。
佛教的认识论则不同于科学的认识论。佛教也强调实践检验真理；及实践需要观察。可是佛教观察方法是不完全一样的。虽然佛教有时也应用科学的认识方法，但它更强调观察的深层次。所以它的观察更依赖于超常的觉知。并通过超常觉知的观察来穿透事物的表像，而达其实相。因此，它的实践包含许多超常觉知的建立与运用。这种超常觉知在本质上是一系列不间断的当下觉知，而没有意识分别。由于超常觉知是生命的属性，佛教的认识论带有主观的特征。通过佛教认识论得到的真理是否客观性，取决于观察者的心态。在佛教认识论中，被观察的体系与观察者本身是不可分的。它较多地呈现整体性。
科学的方法论是建立在逻辑思维上。它借助于语言概念来Makesense。于是这样的思维引出了逻辑学上四种方法；比较和分类、分析和综合、归纳和演绎、抽象和具体。通过推理找出因果关系并发现类属关系，从而寻找出事物运动的规律性，并将规律的关系转换成量化的数学形式从而上升为理论。并用理论去预测事件。通过科学的方法论，人们可以理解世界运动的规律。也就是说，通过理性而解答出来的sense。这样的方法论主要是人的线性思维。现代的计算机技术已经可以进行数值或简单逻辑的非线性分析。
佛教的方法论是不建立在逻辑思维上，而建立在“禅定止观”方法上。禅修是帮助人确立超常觉知的唯一途径。在整个过程中，观察者要完全摒弃逻辑思维的习性。因为，正是这种逻辑思维使得人脱离了当下觉知。而当下觉知是建立超常觉知的基础。维持这种不间断的当下觉知是一件非常困难的事。对资质好的人，也需要很多年连续不断的努力。而且，超常觉知的建立仅仅是开始。在这些努力的过程中，具有超常觉知的人之间可以通过“心”来传递信息。然而，对不具有超常觉知的人，这样“心”的交流就非常困难。因此佛陀也用逻辑的方法将禅修的经验传给弟子，并告诫他们不能执着于语言文字。在佛教的认识论与方法论基础上，人对存在的观察是“知道”，而不是理解。中文在这点上比其他语言有更准确地表达，“知道”就是知“道”。
科学的认识与方法论的局限性，导致现代物理学产生两大困惑
有不少人认为科学的认识论与方法论存在两个局限性，使得自身仅适用于部分自然现象而不是所有自然现象。第一个局限性是科学的认识论与方法论基于唯物主义的哲学观。它将任何主观意识排除在系统之外。第二个局限性是科学的认识论与方法论基于二元论（Duality），它不可避免地继承了二元论的局限性。正因为这两个局限性使得现代物理学在宏观与微观领域产生困惑。由于与量子力学紧密相关，本文就以微观领域来探讨这二个局限性。
现代量子力学的困惑之一，即量子的不确定性（Quantum uncertainty）。它与人感知或认知的确定世界相矛盾。薛定谔将这不确定性放大成为非逻辑的猫。也就是说存在“不死不活”的猫或者“又死又活”的猫。波普尔更进一步将这不确定性归结为自然界“不可知”的内禀属性，他曾经认为“假如一个人不为量子论感到困惑，那他就是没有明白量子论”。究竟是微观世界具有不可知性，还是科学的认识论与方法论存在局限性。后者的可能性显然更大。
薛定谔猫的理论的作用在于将科学问题转换成逻辑问题，而这个逻辑问题直接指向二元论的局限性。大自然或者“道”并不按照二元的定义而运作。相反，终极真理很有可能始终按照非二元（Non-duality）的方式存在。正因为如此，佛教的经典里有很多“不二”的论述。像“空有不二”，“心物不二”，“动静不二”等等。比如，心和物就像一枚硬币的两面而不可分离。无论强调那一面，都会有局限性。由此，以二元论为基础的逻辑思维无法完整地描述“存在”的真理性。
现代量子力学的困惑之二，即“量子纠缠”（quantumentanglement）带来的意识问题。在量子力学中，共源的两个粒子之间存在某种纠缠关系，不管被分开多远，它们都一直保持着纠缠的关系，对一个粒子扰动，另一个粒子（不管相距多远）立即就知道了。量子纠缠在实验室被证实，从根本上冲击着科学的认识论与方法论。人们对被研究的“子系统”是否真的与外界无关产生疑问。更进一步，被观察的体系是否与观察者的意识无关呢？很明显，这些问题已不仅仅是单纯的科学问题，而是一种哲学层面的问题了。难道，科学无法独立于哲学之外吗？科学要想继续发展，就不得不从新审视它的认识论与方法论的局限性了。
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