039潜艇改进型039A于2004年首次亮相，动力系统换用了AIP装置，北约赋予它新的级别代号为“元级”潜艇。后续又推出039B型潜艇，所携带的武器与039A型相同，主要武器是艇首六具鱼雷发射管，可发射533毫米鱼雷和“鹰击-84”潜射导弹和布设水雷。但039B增设了舷侧声呐系统，因此比039A型潜艇具备更好的水下信息感知能力，整体战力大幅提升。
近些年来，印度及西方的媒体多次报道，039潜艇多次出现在印度洋海域，这引起了印度的焦虑和不安，为此他们还表示过抗议。但是印度的抗议，其实毫无道理！印度洋是国际海域，既然世界各国的潜艇都能在此活动，039潜艇自然也能来。而且，039潜艇在印度洋活动是为了反海盗，完全正当合理。据悉，除了039潜艇之外，093型核潜艇也曾出现在印度洋。
039B型潜艇性能优良，也赢得了巴铁海军的青睐。2016年，巴铁向中国采购了8艘S-20常规动力潜艇，金额约50亿美元。S-20型潜艇就是039B型潜艇的出口型号，其中4艘由中方船厂建造，另外4艘由巴铁船厂组装。中方将协助巴方船厂建造潜艇，能提升巴铁在潜艇建造方面的技术。巴铁海军8艘S-20AIP装备的先进潜艇一旦服役，将对印度海军构成严重威胁。
为了应对039潜艇和093核潜艇在印度洋海域的活动，2019年，印度以单价3亿美元的价格，向美国订购了10架P-8I反潜巡逻机。之前，印度已采购12架P-8I反潜巡逻机，加上新购的8架，印度将拥有20架美制反潜巡逻机。但印度洋有非常广阔的海域，20架反潜机仍然不足以应对。为了弥补反潜机数量上的不足，印度决定自行研发反潜舰，以应对印度洋海域越来越多的国外潜艇。
2019年，印度建造国产反潜舰的计划终于落实了，印度海军一次订购了8艘。印度建造国产反潜舰采用一体化的桅杆，但是武器装备仅有一门小口径舰炮，和一部俄制RBU系列反潜火箭深水炸弹。 由于舰体太小，只在舰尾有一个平台，可以搭载一艘工作艇。从印度军方公布的预算来看，8艘战舰的总合同金额9亿多美元，单价超过1.1亿美元。
对于一款排水量不足千吨的反潜舰，这样的单价明显高得太离谱了。为应对在印度洋活动的039潜艇，印度不仅大手笔采购先进的美制反潜机，又决心自行建造反潜舰，这些武器装备一旦全部服役，无疑会大幅提升印度海军的反潜能力，但无法阻止其他国家的潜艇进入印度洋。今后，这里仍将会不断上演潜艇与反潜机、反潜舰较量的大戏。
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