1875年5月，清政府任命左宗棠為欽差大臣，負責領兵收復新疆，消滅盤踞在那裡的阿古柏匪幫。很快，左宗棠在湘軍集團中的6萬舊部開始集結肅州（今甘肅酒泉），連同原駐塔城、哈密的萬餘部隊，左宗棠手中已經握有7萬之眾。
為了適應新疆地區作戰後勤補給線長、運輸困難的特點，左宗棠將麾下部隊重新整編為100多個營，每個營配備作戰勇丁大約500人和後勤兵200人，馬隊每個營則有250人和250匹戰馬。當1876年7月下旬清軍大舉西進時，80餘個營出戰新疆，而坐鎮肅州城指揮全局的左宗棠手中則掌握著20個營的預備隊。
阿古柏方面則約有5萬餘兵力，其中騎兵約佔1/3，裝備火槍、腰刀；另外的2/3步兵則也裝備了火槍。這些火槍中，除了已經過時的火繩槍這種古老火器之外，約有從英屬印度和奧斯曼帝國獲得的1萬多支恩菲爾德M1853前裝線膛槍和恩菲爾德M1866後裝線膛槍。
由於阿古柏是以浩罕汗國亡國後的殘兵起家的，因此浩罕人在其軍隊裡享有特權:15個最高級軍官“愛米爾”中，14個人來自浩罕汗國。為了籠絡這些追隨自己亡命的浩罕軍人，阿古柏在佔領區恢復了落後的軍事封建采邑制度。軍官們按不同級別領有相應大小的采邑。
這些人不拿阿古柏的工資，其收入來自於轄區徵收的賦稅，數額多少完全取決於這些人的意願，或者說是良心。可想而知，在這種制度下，新疆人民要遭遇怎樣的盤剝了。
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