甲午戰爭後，中國的社會危機大大加深，各階層繼續探索救亡圖存得道路，其中就包括光緒皇帝大力推行的戊戌變法，但是由於變法觸動了頑固派的利益，受到了頑固勢力的打壓，最終隨著光緒帝被慈禧太后囚禁而結束，雖然戊戌變法失敗了，但是以慈禧太后為首的頑固派與革新派的矛盾更加激化。
同一時期農民階級也組織了義和團運動來反抗外來侵略，在廣大地區開展反帝反清運動，後來為了得到清政府的支持，改變口號為扶清滅洋，義和團運動快速興起。這種活動區域廣，波及範圍大的反帝運動極大的影響了列強的在華利益，引起了列強的恐慌。以英美為首的西方列強為維護利益，便主動聯絡兩江總督劉坤一，湖廣總督張之洞這些漢人總督，希望加強合作，保護長江流域的安全。於此同時兩江總督劉坤一，湖廣總督張之洞，兩廣總督李鴻章和郵政大臣盛宣懷等商討如何維護東南穩定，避免給列強提供侵華藉口，並密議一旦北京朝廷出現劇變，則由李鴻章出任總統。在這種情況下，雙方一拍即合，簽訂了《東南保護協定》規定上海由各國保護，長江流域及蘇杭地區由各省督撫保護。他們主動抵制清政府支持義和團的命令，在東南各省積極鎮壓義和團。
1900年6月21日清政府以光緒帝的名義宣佈對外大宣戰同時向，英、俄，德、法、美、日、意、奧，比、西、荷等十一國宣戰（真佩服慈禧的勇氣，這十一個國家隨便一個清政府也打不過啊，更何況十一個）利用自己的職務優勢，郵政大臣盛宣懷扣押這份本該全國發放的通電，只是給各省督撫單獨發送，並希望大家不尊召令，李鴻章率先通電，此亂命也，粵不奉召。以此為開端東南各省均拒絕執行宣戰命令，張之洞甚至公開提出一旦北京不保，李鴻章出任大總統，主持大局。同時拒絕北上勤王，對外宣稱無論北方情形如何，請列強不要攻擊長江流域，各國公民凡在互保區域的，按條約規定保護。
後來北京失守，慈禧，光緒遠逃陝西，為了維護自己的統治不得不再次啟用李鴻章，赴北京與列強談判，簽訂了《辛丑條約》。同時對於這些外有列強撐腰，內掌地方軍政大權的督撫，清政府不但不敢得罪，反而下召嘉獎守土有方。也就是在清政府這種“友好”的態度下慈禧，光緒才得以返京繼續名義上延續清政府的統治。
東南互保標誌著清政府與地方的實力派正式撕破了臉皮，清政府的統治名存實亡，也使得各地督撫開始軍閥化，十年後武昌起義成功，又是東南各省首先宣佈獨立，脫離清政府，正式同清政府決裂。
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