甲午战争后，中国的社会危机大大加深，各阶层继续探索救亡图存得道路，其中就包括光绪皇帝大力推行的戊戌变法，但是由于变法触动了顽固派的利益，受到了顽固势力的打压，最终随着光绪帝被慈禧太后囚禁而结束，虽然戊戌变法失败了，但是以慈禧太后为首的顽固派与革新派的矛盾更加激化。
同一时期农民阶级也组织了义和团运动来反抗外来侵略，在广大地区开展反帝反清运动，后来为了得到清政府的支持，改变口号为扶清灭洋，义和团运动快速兴起。这种活动区域广，波及范围大的反帝运动极大的影响了列强的在华利益，引起了列强的恐慌。以英美为首的西方列强为维护利益，便主动联络两江总督刘坤一，湖广总督张之洞这些汉人总督，希望加强合作，保护长江流域的安全。于此同时两江总督刘坤一，湖广总督张之洞，两广总督李鸿章和邮政大臣盛宣怀等商讨如何维护东南稳定，避免给列强提供侵华借口，并密议一旦北京朝廷出现剧变，则由李鸿章出任总统。在这种情况下，双方一拍即合，签订了《东南保护协定》规定上海由各国保护，长江流域及苏杭地区由各省督抚保护。他们主动抵制清政府支持义和团的命令，在东南各省积极镇压义和团。
1900年6月21日清政府以光绪帝的名义宣布对外大宣战同时向，英、俄，德、法、美、日、意、奥，比、西、荷等十一国宣战（真佩服慈禧的勇气，这十一个国家随便一个清政府也打不过啊，更何况十一个）利用自己的职务优势，邮政大臣盛宣怀扣押这份本该全国发放的通电，只是给各省督抚单独发送，并希望大家不尊召令，李鸿章率先通电，此乱命也，粤不奉召。以此为开端东南各省均拒绝执行宣战命令，张之洞甚至公开提出一旦北京不保，李鸿章出任大总统，主持大局。同时拒绝北上勤王，对外宣称无论北方情形如何，请列强不要攻击长江流域，各国公民凡在互保区域的，按条约规定保护。
后来北京失守，慈禧，光绪远逃陕西，为了维护自己的统治不得不再次启用李鸿章，赴北京与列强谈判，签订了《辛丑条约》。同时对于这些外有列强撑腰，内掌地方军政大权的督抚，清政府不但不敢得罪，反而下召嘉奖守土有方。也就是在清政府这种“友好”的态度下慈禧，光绪才得以返京继续名义上延续清政府的统治。
东南互保标志着清政府与地方的实力派正式撕破了脸皮，清政府的统治名存实亡，也使得各地督抚开始军阀化，十年后武昌起义成功，又是东南各省首先宣布独立，脱离清政府，正式同清政府决裂。
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