新型冠狀病毒感染的肺炎疫情暴發以來，海口海關第一時間響採取有力措施嚴防疫情擴散，各隸屬單位疫情防控一線重點崗位人員、保健中心傳染病實驗室人員取消休假迅速返回工作崗位，從全關抽調衛生專業人員組建關區疫情防控預備隊。他們中，有取消出國探親的隸屬關主要負責人，有除夕當晚在返鄉高速上調頭返瓊的父親，有輾轉千里捨棄與親人團聚義無反顧奔赴疫情防控前線的女兒，有提前結束產假主動請纓奔赴一線的母親，有身懷六甲仍堅守崗位的準媽媽。他們說，若有戰、召必回。
據國際旅遊島商報記者瞭解，1月21日，海口海關第一時間對關區總體防控工作進行部署。1月22日、24日，分別召開海南口岸新型肺炎防控工作會議暨動員大會和新型冠狀病毒感染的肺炎疫情應對領導小組會議，對防控工作進行全面部署。1月27日，對強化新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控工作進行再動員再部署再加強。成立新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控工作指揮部及疫情防控工作組，關長和分管關領導第一時間帶隊到三亞鳳凰國際機場、海口美蘭國際機場等重點口岸現場指導防控工作。第一時間制定下發《防控工作方案》《肺炎排查處置工作指引》等文件，對各領域防控進行周密部署。
守一線，海口海關強化口岸現場體溫檢測、醫學巡查、醫學排查與採樣檢測等重要流程節點的把控與規範管理，嚴格落實總署《關於重新啟動出入境人員填寫健康申明卡制度的公告》，調整出入境海關申報臺位置，將《申明卡》擺放在醒目位置，張貼健康申明填寫示例；向旅客講解健康申明卡的重要性；通知航空公司提前向旅客發放《申明卡》，保證旅客有充分的時間填寫。同時，調配人力支援旅檢現場開展疫情防控、流行病調查、健康申明卡收集、核查等任務。落實聯防聯控工作機制，會同地方衛生部門聯合做好病例轉運及處置工作，合力嚴防疫情擴散。
助防控，主動與地方政府、民航、機場等加強溝通協作，嚴格落實總署部署，在通關現場設立進口捐贈物資快速通關專門受理窗口和“綠色通道”，實施快速驗放，順利保障多批防控物資順利通關，確保物資火速運往抗擊疫情一線。此外，根據海關監管規程及時調整離島免稅監管措施，允許離島旅客因疫情原因退貨並釋放所佔免稅額度，待其重新確定離島日期後可再次購買；對於不願或不便退貨的旅客，允許旅客三個月內搭乘飛機、火車或輪船離島時提取所購免稅品或經驗核退還保證金。同時視疫情發展情況繼續延長提貨或驗核退保期限。
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