明代這種皇權不測之威，在中國歷史上，前無古人，後無來者。廷杖的立威，再加上特務組織和宦官，依附在皇權上作威作福。明代的政府體系，面對皇權，完全不能有相對的彼此制衡。
——許倬雲
明太祖登基以後，屢興大獄，整批地殺害功臣;朱明開國的兵將和謀士，冤死者數萬，淘汰盡淨。燕王即位，是以武力篡奪，成功後，也大殺建文朝的文臣武將。他們父子二人，忌刻嗜殺，都是為了防堵有力者威脅皇權。制度方面，太祖在大殺功臣後，廢除丞相，自己直接主持中央政務。明代文官體系，只是皇權的統治工具，沒有可以抗衡君權的力量。
明代特務機構
皇權依仗特務組織和內廷宦官，作為爪牙，其勢力之大，不是中國曆來皇朝可以相比。宦官專政，在漢、唐都曾有過，但是卻並不常見宦官監督文官。明代的宦官，在文武單位，不僅監督在職的首長，而且可以否決有關官員依法執行的權力。在國家專利的生產單位，例如礦、林、燒瓷、織錦和外貿單位，都由宦官直接管理，文武官員無置喙之餘地。有明一代，宦官假借皇權，以司禮監的名義，代表皇帝批核奏章，文官系統無法反抗。
從太祖時代，就有內廷特設的刺探單位，偵查文武百僚的言論和行為。所謂“錦衣衛”，其權力之大，漢唐皇權從未有過。除了“錦衣衛”以外，後來又添設東廠、西廠，也都是代替皇帝監督臣僚和百姓，到後來則代表了皇權。這些特務單位，獨立處理刑案的權力不受執法單位(刑部、大理寺、都察院)三法司的約束。如果皇帝自己因為身體和年齡，不能親自執政時，這種特務單位就由宦官指揮，更加提高了宦官的權力和氣焰。
明太祖憎恨百官貪瀆，如有貪汙者，處以死刑，剝皮之後，充以稻草，作成人形，放置在全國官座旁邊，以儆未來。這種酷刑，使百官群僚，惴惴不安，上朝之時，就與家人告別。皇權的行使，更有所謂“廷杖”的暴力。群臣奏對，不合皇帝的意思，就可能當場受刑，甚至於立刻撲殺。在中國歷史上，漢代的中央文官其高階者，可以和皇帝坐下談話;唐代的朝廷，也有文官的座位;即使宋代，宰輔必須站著奏對，君臣之間，有一定的互相禮敬。明代這種皇權不測之威，在中國歷史上，前無古人，後無來者。廷杖的立威，再加上特務組織和宦官，依附在皇權上作威作福。明代的政府體系，面對皇權，完全不能有相對的彼此制衡。
科舉獨尊朱子學
朱熹
中國的皇帝制度，其文官系統是一個重要的部分。自從漢代有了察舉制度以後，文官的來源大部分是從儒生中選拔，而經過科舉選拔的過程，也還能相當公平地挑選人才。明太祖建立政權，立刻恢復文官制度，從民間讀書人中，挑選了一些有用的人才，擔任中央和地方政府的職務。政權穩定後，又恢復科舉，從科舉中選拔儒生。明代科舉的問題在於，完全以測驗儒家經典的知識作為考試的依據。儒家的學說中又獨尊朱子學。儒家本身有抗議政權的獨立傳統，明太祖認為，這不符合絕對皇權的需求，所以明代的考試，刪除儒家學說中一切與政權抗衡的部分，例如《孟子》的一些章節，都被刪除。這種考試方法讓儒生長期接受洗腦教育，儒家思想淪落為對君主絕對忠誠的教條。
一旦考試得中，寒微的書生，就可以脫卻青衫換紫袍。而且他們的私人田產，就得了豁免租稅的優遇。如前節所說，朝廷對於文官的威權是絕對的，堂堂大吏，可以立刻撤除官職，甚至於當庭廷杖。君主握有生殺予奪大權，明代的官僚在皇權不測之威下固然惴惴不安，卻又有當官的福利：一旦中舉，任官受俸，以至退休，仍是縉紳，終身享有免稅特權。整個文官系統，無論在職或退休，榮華富貴，澤及子孫。一般小戶農民，也就利用這漏洞，願意將財產投靠縉紳，因此，土地集中的現象非常嚴重。而且在社會上，平白多出一層類似貴族的特權階級。
特權人群
明代太子封王，除了南、北直隸外，整個明代，全國有五六十個藩國，到明代終了時，宗室的總人口數不下四五十萬人口。王府的土地，動輒千、萬畝計，這些土地也是免稅的。王府的佃戶，也不用擔任差役。宦官們沒有後裔，可是大多數的宦官也依仗勢力，據有田產。宦官們貪圖近便，其田產大致都在首都附近。這三個特權人群，佔有的土地，竟有全國可耕地的相當不小的比例。以上三群人，據有的田地，大致都在肥沃和富有的地區，而相對的，在比較偏僻和貧窮地區的一般平民，卻是要負擔全國財政稅收的主要部分。前面曾經說過，明代初期，數度遷移人口，將人口密度高的人戶，遷往人口密度較低之處。開國三代以後，南方人口的增加，已呈現一面倒現象。
一國之內，既有貧富之間的縱向分裂，又有南北發展懸殊的橫向差距，國家裂解兩半，不能說是正常情況。
相對言之，蒙元是征服者，以武力壓制中國人，乃是弱肉強食難免的現象。朱明以驅逐胡人為口號，應以同胞對待中國百姓。可是，太祖殺伐立威，又將專制極權建立制度;有明一代始終未曾改革。更可悲者，滿清入主中原，沿襲明代制度，再加上征服王朝的武力鎮壓;於是中國人生活在專制集權的統治下，有六七個世紀之久。這一長時期的壓迫，斫喪中國人的自由，扭曲中國人的人權，對中國民族性造成的傷害至深至巨。
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