貿易主管部門
印尼主管貿易的政府部門是貿易部，其職能包括制定外貿政策，參與外貿法規的制定，劃分進出口產品管理類別，進口許可證的申請管理，指定進口商和分派配額等事務。
貿易法規體系
印尼與貿易有關的法律主要包括《貿易法》《海關法》《建立世界貿易組織法》和《產業法》等。與貿易相關的其他法律還涉及《國庫法》《禁止壟斷行為法》和《不正當貿易競爭法》等。
貿易管理的相關規定
除少數商品受許可證、配額等限制外，大部分商品均放開經營。2007 年底，印尼貿易部宣佈了進出口單一窗口制度，大大簡化了管理程序。
【進口管理】印尼政府在實施進口管理時，主要採用配額和許可證兩種形式。適用配額管理的主要是酒精飲料及包含酒精的直接原材料，其進口配額只發放給經批准的國內企業。適用許可證管理的產品包括工業用鹽、乙烯和丙烯、爆炸物、機動車、廢物廢品、危險物品，獲得上述產品進口 許可的企業只能將其用於自己的生產。其中，氟氯化碳、溴化甲烷、危險 物品、酒精飲料及包含酒精的直接原材料、工業用鹽、乙烯和丙烯、爆炸 物及其直接原材料、廢物廢品、舊衣服等九類進口產品主要適用自動許可管理；丁香、紡織品、鋼鐵、合成潤滑油、糖類、農用手工工具等六類產 品主要適用非自動許可管理。
為方便進口，印尼貿易部2009年大力推行網上辦理進口許可證，目前大部分工作已經完成，辦理進口許可證過程更加簡便，原本手工辦理許可證需要5-10天時間，利用網上全國一站式服務只 需8小時。
2015年7月，印尼貿易部頒佈了2015年第48號貿易部長條例，對原進口有關條例進行修訂，要求進口商在產品抵港前辦理進口許可證，有關條例將於2016年1月1日開始實施。
【進口許可制度】2010年，印尼開始實施新的進口許可制度，將現有的許可證分為兩種，即一般進口許可證和製造商進口許可證。一般進口許可證主要是針對為第三方進口的進口商，製造商進口許可證主要是針對進口供自己使用或者在生產過程中使用的進口商。2010年8月，印尼財政部頒佈了《有關汽車在自由貿易區和自由港進口和出口規則的財政部長條 例》。根據該條例規定，機動車輛屬於動產，為了監督和保障國家權益， 擁有上述汽車必須向相關的主管機構註冊。自由貿易區和自由港是在印尼 共和國司法轄區內而與海關轄區分開的特定區域，因此得以豁免徵收進口 稅、增值稅、奢侈品銷售稅和稅費。為了對汽車在自由貿易區和自由港的 進口和出口進行監督，防止濫用免稅優惠，有必要制定汽車進出口的法定 義務，除了向海關申報，也必須申請由海關辦事處發出的出入口證明書。已獲得自由貿易區營業機構發給營業執照的企業家可以從區外進口汽車。
目前，印尼關稅稅目中近20%的產品涉及進口許可要求，涉及對其國內產業的保護，如大米、糖、鹽、部分紡織品和服裝產品、丁香、動物和 動物產品以及園藝產品。印尼的進口許可要求相當複雜，而且缺乏透明度， 許多世貿組織成員已經對此表示了嚴重關切。印度尼西亞政府採取進口數 量限制的產品如下：大米、糖、動物和動物產品，鹽，酒精飲料和部分臭 氧消耗物質。上述產品的進口數量是每年在印尼政府部長級會議上根據國 內產量和消費量來決定，並通過印尼進口許可制度來具體實施。
【出口限制】出口貨物必須持有商業企業註冊號／商業企業準字或由技術部根據有關法律簽發的商業許可，以及企業註冊證。
出口貨物分為四類：受管制的出口貨物、受監視的出口貨物、嚴禁出口的貨物和免檢出口 貨物。受管制的出口貨物包括咖啡、藤、林業產品、鑽石和棒狀鉛。受監 視的出口貨物包括奶牛與水牛、鱷魚皮（藍溼皮）、野生動植物、拿破崙 幼魚、拿破崙魚、棕櫚仁、石油與天然氣、純金／銀、鋼／鐵廢料（特指 源自巴淡島的）、不鏽鋼、銅、黃銅和鋁廢料。嚴禁出口的貨物包括幼魚與金龍魚等，未加工藤以及原料來自天然森林未加工藤的半成品，圓木頭，列車鐵軌或木軌以及鋸木，天然砂、海砂，水泥土、上層土（包括表面土），白鉛礦石及其化合物、粉，含有砷、金屬或其化合物以及主要含有白鉛的 殘留物，寶石（除鑽石），未加工符合質量標準的橡膠、原皮，受國家保 護野生動植物，鐵製品廢料（源自巴淡島的除外）和古董。除以上受管制、 監視和嚴禁的出口貨物外，其餘均屬免檢的出口貨物。
從2014年1月12日起印尼政府將禁止礦產公司出口礦物礦石產品（目前受出口許可證及稅收管制）。屆時礦產公司將會被要求在境內從事精煉加工活動。禁止出口貨物受2012年貿易部長條例第44條規制。
進出口商品檢驗檢疫
【衛生與植物衛生措施】印尼所有進口食品必須註冊，進口商必須向印尼藥品食品管理局申請註冊號，並由其進行檢測。檢測過程繁瑣且費用昂貴，每項檢測費用從5萬印尼盾（約合6美元）到250萬印尼盾（約合300 美元）不等，每一件產品的檢測費用在100萬印尼盾（約合120美元）到1000萬印尼盾（約合1200美元）之間。此外，印尼藥品食品管理局在測試過程中要求提供極其詳細的產品配料和加工工藝情況說明，這可能侵害商業秘密。這些規定加重了出口商的負擔。
2007年起，印尼針對新鮮球莖蔬菜採取更為嚴格的檢驗檢疫措施和技術要求，以提高印尼新鮮植物產品的國際競爭力。植物產品進口檢驗檢疫要求重點對以球莖形式進口的新鮮蔬菜的檢驗檢疫和技術兩方面提出要求。在檢驗檢疫方面，該規定擴大了證書要求範圍，除了須具備與2005 年法規相同的原產國權威機構簽發的證書外，經轉運的產品還須被提供轉運國授權的證書。在技術要求方面，該規定加嚴了原產國無蟲害地區的調查及對植物性檢疫蟲害進行風險分析。上述規定在一定程度上提高了中國植物產品的出口門檻。
【國家標準】2009年以來，印尼政府開始在食品、飲料、漁業等諸多 行業強制推行國家標準。印尼貿易部出臺新規定，要求包括進口產品在內的所有產品必須附有印尼文說明。印尼海洋漁業部規定要求81種漁業產品必須符合印尼國家標準，甚至將捕魚工具、漁產加工程序及微生物學測試程序等也列入印尼國家標準。印尼工業部等政府部門在2011年對電線、電子、汽車零部件、家電、五金建材、玩具等幾十種產品強制推行國家標準。貿易部出臺新規，要求包括進口產品在內的所有產品必須附有印尼文說明。
海關管理規章制度
【管理制度】印尼關稅制度的基本法律是1973年頒佈的《海關法》。為促進進出口貿易，改善投資環境，印尼財政部關稅局2009年宣佈，決定在部分港口推行 和提供每週7日每日24小時的海關和港口服務。
【關稅稅率】根據世界貿易組織統計，印尼2009年簡單平均約束關稅繼續維持在37.1%，簡單平均最惠國適用關稅稅率為6.8%，其中農產品為8.4%，非農產品為6.6%，基本與2008年持平。印尼對汽車、鋼鐵以及部分化學產品不徵收關稅，並將大多數的關稅約束在40%左右。根據印尼《2009—2012年協定關稅表》，到2012年底，印尼將對絕大多數的中國 進口產品實行零關稅。2010年，印尼將草藥、化妝品和節能燈列為特種進 口品，到目前為止，已有41種產品被列在該清單內。根據規定，這些產品 只能通過印尼國內5個碼頭進口，即棉蘭的勿佬灣、雅加達的丹絨普祿、 三寶壟的丹絨額瑪斯、泗水的丹絨貝拉克及錫江的蘇加諾哈塔碼頭。其中， 巴布亞的查雅布拉碼頭為只能進口食品和飲料的碼頭。同時，提高4種香菸關稅，將4種香菸關稅平均提高6%，這4種菸草產品為機器卷丁香菸、機器卷白煙、手卷丁香菸／白煙和濾嘴手卷丁香菸／白煙。
2013年4月，世貿組織秘書處對印度尼西亞做出第六次貿易政策審議報告，印尼的關稅稅率從2006年至2012年有所下降。印度尼西亞的簡單平均最惠國適用關稅從9.5%降到7.8%；農產品的簡單平均最惠國適用關稅稅率從11.4%降到9.5%；非農產品的簡單平均最惠國適用關稅稅率從9.5%降到7.5%。印尼對屬於非基本需求的國內生產和進口的產品徵收奢侈品稅，該稅在進口環節根據海關估價加上進口關稅徵收，稅率從最低點的10%至最高7.5%。出口環節免徵此稅種。2012年該奢侈稅的收入佔印尼總稅收收入的1.7%。
根據《中國—東盟全面經濟合作框架協議貨物貿易協議》，中國和印尼逐步削減貨物貿易關稅水平。中國—東盟自貿區在2010年初建成後，中國和印尼90%以上的進出口產品實現零關稅。
【貿易限制政策】2012年以來，印尼貿易部、工業部、農業部等相繼發佈了一系列限制進出口貿易的政策規定值得關注。（1）出口限制。印尼政府2012年5月施行關於提煉和加工原礦石活動而提高礦產品出口值的能源礦務部長第7號條例，對65種礦產品出口加徵20%出口稅並實行了其他限制措施，並再次明確在2014年禁止原礦出口，鼓勵外國投資者在印尼投資設立冶煉加工廠。從2014年1月12日起印尼政府將禁止礦產公司出口礦物礦石產品，屆時礦產公司將會被要求在境內從事精煉加工活動。（2） 進口禁令。2012年5月，印尼政府頒佈了2012年第30號關於進一步規範蔬果進口的條例，通過進口許可證的方式限制新鮮蔬菜水果進口。6月初開始對進口新鮮瓜果蔬菜採取貿易保護措施，將進口上述產品的8個航空港和海運港口縮減至4個，並對出口商增設限制。（3）技術性貿易壁壘。印尼政府對於更多種類的產品規定需符合印尼強制性國家標準的要求，2012 年印尼相繼發佈了關於嬰幼兒紡織服裝及玩具的標準草案，並要求相關產品應符合SNI標準的要求，且生產商需持有SNI標誌，否則不能進入印尼市場。由於印尼SNI認證流程複雜，所需資料繁多，且認證週期較長，對貿易帶來不必要的障礙。
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