腸道遭到破壞，各種有害物質會直接進入肝臟，肝臟超負荷運轉處理不完，各種有害物質就會隨血液進入心臟，肺臟等氣管。
雞發病出現傷亡也就在所難免了。所以我們常說，腸道是養雞的生命線之一。
那麼有哪些因素可以損害腸道呢?
小腸球蟲的感染
小腸球蟲的感染是本病的主要原因之一。小腸球蟲主要寄生於腸粘膜上皮細胞中，當其大量生長繁殖時，必然導致腸粘膜增厚，水腫，嚴重脫落及出血等病變，則幾乎使飼料不能被完全消化吸收，同時對水分的吸收也明顯減少，儘管雞大量飲水，也會引起脫水現象，所以發病雞群所排的糞便就很稀薄且不成形，內含有沒有被消化的飼料。
細菌感染
細菌能引起腸炎，也是肉雞腸毒綜合徵的病因之一：如沙門氏菌、產氣夾膜梭菌等，通過刺激破壞腸道黏膜，同時引起炎症使腸蠕動速度加快，消化液排洩過多，飼料通過消化道的時間縮短，導致消化不良。
病毒感染
病毒也是引起腸毒綜合徵的誘因之一;如呼腸弧病毒引起腸炎，損害腸道的吸收功能。
腸道內的酸鹼平衡失調
由於季節、飼料、病原微生物等原因引起腸道菌群失調，腸道內環境發生改變，有益菌減少有害菌大量繁殖，又由於此時腸道處於厭氧環境，魏氏梭菌、腸梭菌等厭氧菌會大量繁殖，有害菌與球蟲相互協調而加強了致病性。這樣就會造成有益菌減少，而有害菌大量生長繁殖，特別是大腸桿菌、沙門氏菌能加重致病性。
菌群所分泌的毒素增多，刺激腸道粘膜使腸蠕動加快，消化液排出增多，飼料通過腸道的時間縮短，消化不良，未消化的飼料隨同脫落的粘膜一起排出體外，形成特徵性的西紅柿樣或魚腸樣糞便。
飲水添加酸化劑愛淨酸，抑制有害菌、促進有益菌，降低胃腸道Ph值，提高消化酶活性，改善腸道健康。
電解質大量流失
由於球蟲和有害菌大量生長繁殖導致消化不良和腸道吸收障礙，使電解質吸收減少，同時，由於大量的腸粘膜細胞迅速破裂崩解，使電解質大量流失，出現生理生化障礙，特別是鉀離子的大量流失，會導致心臟的興奮性過度增強，這也是肉雞猝死症明顯增多的主要原因之一。
自體中毒
在發病的過程中，大量的腸道上皮細胞破裂，在細菌的作用下，發生腐敗分解，以及脫落的腸粘膜、死亡的蟲體等在體內發酵分解產生大量有毒物質，同時，腸道內異常菌群分泌的毒素均會被機體吸收後發生自體中毒，出現興奮不安、尖叫、癱瘓而衰竭死亡等症狀。
飼料因素
飼料中大量的能量、蛋白質和部分維生素能促進細菌與球蟲的大量繁殖，加重症狀。所以營養越豐富，發病率就越高，症狀就越嚴重。而飼餵品質較低的飼料相對發病較低。另外黴變飼料也能加重病。
藥物中毒
長期用藥，使藥物對腸道粘膜造成損傷，引發腸炎。
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