宇宙中為什麼存在萬物，而不是空空如也？這又是一個易問不易答的深刻問題。幾千年來，人們都簡單地用一句“神創萬物”來解釋：未有宇宙先有神，神從虛無中創造宇宙。那緊接著的問題就是，什麼創造了神呢？如果說神不需要創造者，那麼根據邏輯，宇宙同樣不需要。科學研究的是自然（而非超自然）的因果，它有好幾條思路來探索“萬物”是從哪裡來的。
1．多重宇宙假說。我們的宇宙可能是從另一個宇宙當中誕生的，基於這樣的物理學假設和數學推理，出現了好幾種多重宇宙假說。例如，有一種觀點認為，我們這個宇宙只是許多“泡泡宇宙”中的一個，每一個泡泡宇宙的自然法則都不一樣。和我們這個宇宙具有相似法則的宇宙，會產生恆星，有些恆星會塌縮成黑洞和奇點，從中又會產生新的宇宙；而物理學家認為，我們這個宇宙的大爆炸就是從奇點中產生的。
2．M理論。M理論是弦論的擴展，認為宇宙是11維的。2010年，霍金（Hawking）和倫納德·蒙洛迪諾（Leonard Mlodinow）合著了《大設計》，在這本書中，霍金認為，M理論是“唯一能夠完整描述宇宙的理論”。根據M理論，宇宙可以自己創造自己。“如果我們的宇宙是有限的——這一點還有待證明，那麼就可以用M理論的模型來解釋其創生”。
3．量子泡沫創生論（quantum foam creation）。所謂“真空”，其實不空，而是包含亞原子尺度的時空擾動。這些擾動的規模非常小，只能在“普朗克尺度”上衡量。在這個尺度上，時空的結構是由量子引力決定的，而且海森堡的測不準原理允許能量短暫地衰變成粒子和反粒子，由此從“無”中生“有”。
“無”是一種不穩定狀態。宇宙學家勞倫斯·克勞斯（Lawrence M. Krauss）在其著作《虛無中誕生的宇宙》（A Universe from Nothing）一書中，嘗試將量子物理學與愛因斯坦的廣義相對論結合起來，以解釋宇宙是怎麼從虛無中誕生的：“在量子引力論中，宇宙可以從虛無中產生，也必然會這麼產生。這樣的宇宙不必是空曠的，它可以包含物質和輻射，只要它的總能量為零，也就是說，和引力相關的負能量，以及和物質相關的正能量，二者相互抵消就行。”他接著寫道：“假設這樣的機制的確可以產生閉合的宇宙，要讓這些宇宙在誕生後不至於馬上消失，就一定需要一個類似膨脹的過程才行。”而觀察顯示，宇宙的確是在膨脹（宇宙中的物質可以使膨脹變慢，卻又不至於讓它停下），它的總能量的確為零，它也的確如暴漲模型所描述的那樣，在大爆炸之後馬上經歷了一個快速膨脹、擴張的時期。克勞斯總結說：“量子引力論不單允許宇宙從虛無中誕生，也就是從時間和空間都不存在的地方誕生，而且這種誕生方式或許是這個理論的前提條件。沒有空間、沒有時間、沒有任何東西的‘虛無’，是不穩定的。”
除此之外，還有幾個可以驗證的假說。有一種觀點認為，塌縮的黑洞中可能產生新的宇宙。我們對黑洞的研究還很初步，如果對黑洞的性質再多些瞭解，或許就能對這個觀點加以評說了。此外，我們這個宇宙在大爆炸後留下了微波背景輻射，這種輻射有著細微的溫度差異，通過這些溫差，或許能夠探測到別的泡泡宇宙。美國航空航天局（NASA）的威爾金森微波各向異性探測器（WMAP）正在收集宇宙微波背景輻射的數據，激光干涉引力波天文臺（LIGO）也正在探測微乎其微的引力波。如果真有別的宇宙，引力波的漣漪或許就能指出它們的蹤跡。而引力之所以是一種微弱的力（相對於電磁力和核力），或許就是因為它有部分“洩漏”到別的宇宙中去了。
有人說，神創造了自然法則，自然法則又導致宇宙（或多重宇宙）從虛無中誕生。可假如宇宙嚴格遵循這些法則運行，神就無法決定是否創造宇宙，因此也沒有存在的必要。不管怎麼說，我們對自然的理解還剛剛起步，為什麼現在就急著往超自然邁進？我們應該明智地牢記懷疑論的原則：在說什麼東西是超凡的存在之前，先搞搞清楚，那東西到底存不存在。
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