小昭寺，藏語稱為“甲達繞木切”，始建於7世紀（吐蕃松贊干布時期）。641年，唐文成公主與松贊干布聯姻離長安進藏時，向唐太宗“請以釋伽牟尼像與寶倉庫為奩嫁”，唐帝許之，“造輿置覺阿釋伽像於其上，使力士甲拉伽於魯伽二人挽之”。
相傳文成公主入藏時帶了一尊釋迦牟尼12歲等身像，行至現在的小昭寺位置時，木車陷入沙地中。公主通過歷算，決定把釋迦牟尼佛像安放於此處供奉，遂建小昭寺。這座寺廟由文成公主主持修建，與大昭寺同時開工，同時告竣，同時開光。
寺廟大門朝東，以寄託這位公主對家鄉的思念，文成公主為建小昭寺從內地招來精巧工匠，採漢地廟宇模式，結合藏地建築特點，建成了這座重樓疊閣、極為壯觀的寺廟。
小昭寺的建立與文成公主和松贊干布的聯姻有著密切的關係。公元641年，“唐王以釋伽佛像，珍寶，金玉書櫥，三百六十卷經典，各種金玉事物作為（文成）公主的嫁妝。又給……卜筮經典三百種，識別善惡的明籤，營造與工技著作六十種……以車載釋迦佛像，以大隊騾馬載珍寶、綢帛、衣服及日常必需用具（入吐蕃）。”
在文成公主進藏之前的公元634年，泥婆羅（尼泊爾）國王鴦輸伐摩已經將其尺尊公主嫁給松贊干布，尺尊公主入藏時亦帶來一尊釋迦牟尼像、大乘佛教的經典著作、各種精巧的工藝品以及頂級工匠等。
盛極一時的小昭寺，在松贊干布死後，曾一度沒落。芒松芒贊執政時期（公元630～676年），聞知唐高宗派兵進藏，疑軍隊欲奪釋迦牟尼佛像，便將釋迦摩尼佛像從小昭寺遷移，封閉於大昭寺的南湘密室中。同時，“所有住在拉薩惹謨伽寺（小昭寺）等處的和尚，一律被驅逐出境了。
赤祖德贊（公元704～755年）即位後，於公元710年，又從唐朝迎娶了金城公主，進一步促進了漢地佛教在吐蕃的發展。金城公主嫁到吐蕃後，把原被封藏在大昭寺的、文成公主帶到吐蕃的佛像供奉於大昭寺，又將尺尊公主帶來的佛像供奉於小昭寺，於是，兩佛像遂易寺而居。
元、明、清時期，中央政府對佛教採取了扶持政策，小昭寺又重新興盛起來，並進行了大規模的維修擴建。
“文化大革命”時期，小昭寺遭到嚴重破壞。一些建築被拆除，塑像文物等被劫一空，僧眾皆離寺而去，昔日輝煌壯觀的景象蕩然無存。
1986年，由於黨的宗教政策和當地政府的重視支持，人們開始對小昭寺進行了大規模維修，至此小昭寺始重放異彩。
小昭寺和大昭寺的感覺完全不同。大昭寺彷彿是一位風華絕代的美人，每天如眾星捧月，被關注、被簇擁。小昭寺呢，卻像是深山裡的一位村姑，自然、樸素、美麗，少人打擾。
小昭寺街不長，也不算寬敞，兩邊全是小門臉的店鋪，可能是因為寺廟建築曾慘遭破壞，加之釋迦牟尼佛8歲等身像曾被鋸斷，元氣大傷，香火於是漸漸不如大昭寺那樣旺盛了。
藏傳佛教不興燒香，而是酥油燈長明，很多信徒都拎著瓶罐，在每一座佛像前為酥油燈默默地添加酥油。我看著他們輕輕打開瓶蓋，或者直接倒，或者用勺子舀出酥油，再慢慢地添到佛像前正在燃燒的酥油燈的銅碗裡。 虔誠的面容讓人感動，一種信仰可以讓如此多的眾生都能獲得心靈的平靜和快樂，不正是人世間的一種福氣嗎？
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