小昭寺，藏语称为“甲达绕木切”，始建于7世纪（吐蕃松赞干布时期）。641年，唐文成公主与松赞干布联姻离长安进藏时，向唐太宗“请以释伽牟尼像与宝仓库为奁嫁”，唐帝许之，“造舆置觉阿释伽像于其上，使力士甲拉伽于鲁伽二人挽之”。
相传文成公主入藏时带了一尊释迦牟尼12岁等身像，行至现在的小昭寺位置时，木车陷入沙地中。公主通过历算，决定把释迦牟尼佛像安放于此处供奉，遂建小昭寺。这座寺庙由文成公主主持修建，与大昭寺同时开工，同时告竣，同时开光。
寺庙大门朝东，以寄托这位公主对家乡的思念，文成公主为建小昭寺从内地招来精巧工匠，采汉地庙宇模式，结合藏地建筑特点，建成了这座重楼叠阁、极为壮观的寺庙。
小昭寺的建立与文成公主和松赞干布的联姻有着密切的关系。公元641年，“唐王以释伽佛像，珍宝，金玉书橱，三百六十卷经典，各种金玉事物作为（文成）公主的嫁妆。又给……卜筮经典三百种，识别善恶的明签，营造与工技著作六十种……以车载释迦佛像，以大队骡马载珍宝、绸帛、衣服及日常必需用具（入吐蕃）。”
在文成公主进藏之前的公元634年，泥婆罗（尼泊尔）国王鸯输伐摩已经将其尺尊公主嫁给松赞干布，尺尊公主入藏时亦带来一尊释迦牟尼像、大乘佛教的经典著作、各种精巧的工艺品以及顶级工匠等。
盛极一时的小昭寺，在松赞干布死后，曾一度没落。芒松芒赞执政时期（公元630～676年），闻知唐高宗派兵进藏，疑军队欲夺释迦牟尼佛像，便将释迦摩尼佛像从小昭寺迁移，封闭于大昭寺的南湘密室中。同时，“所有住在拉萨惹谟伽寺（小昭寺）等处的和尚，一律被驱逐出境了。
赤祖德赞（公元704～755年）即位后，于公元710年，又从唐朝迎娶了金城公主，进一步促进了汉地佛教在吐蕃的发展。金城公主嫁到吐蕃后，把原被封藏在大昭寺的、文成公主带到吐蕃的佛像供奉于大昭寺，又将尺尊公主带来的佛像供奉于小昭寺，于是，两佛像遂易寺而居。
元、明、清时期，中央政府对佛教采取了扶持政策，小昭寺又重新兴盛起来，并进行了大规模的维修扩建。
“文化大革命”时期，小昭寺遭到严重破坏。一些建筑被拆除，塑像文物等被劫一空，僧众皆离寺而去，昔日辉煌壮观的景象荡然无存。
1986年，由于党的宗教政策和当地政府的重视支持，人们开始对小昭寺进行了大规模维修，至此小昭寺始重放异彩。
小昭寺和大昭寺的感觉完全不同。大昭寺仿佛是一位风华绝代的美人，每天如众星捧月，被关注、被簇拥。小昭寺呢，却像是深山里的一位村姑，自然、朴素、美丽，少人打扰。
小昭寺街不长，也不算宽敞，两边全是小门脸的店铺，可能是因为寺庙建筑曾惨遭破坏，加之释迦牟尼佛8岁等身像曾被锯断，元气大伤，香火于是渐渐不如大昭寺那样旺盛了。
藏传佛教不兴烧香，而是酥油灯长明，很多信徒都拎着瓶罐，在每一座佛像前为酥油灯默默地添加酥油。我看着他们轻轻打开瓶盖，或者直接倒，或者用勺子舀出酥油，再慢慢地添到佛像前正在燃烧的酥油灯的铜碗里。 虔诚的面容让人感动，一种信仰可以让如此多的众生都能获得心灵的平静和快乐，不正是人世间的一种福气吗？
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