幹菇黴變
在幹菇貯藏期間，密封不嚴受潮後，容易生長各種需菌，引起貯藏的幹菇、幹耳發黴變質。常見的黴菌主要有青黴菌、黃麴黴和木黴菌等。發生條件幹菇的含水量超過12%，在梅雨季節和春夏之交極易受潮發生黴變。
防治方法（1）幹菇的含水量要控制在12%以內，貯藏環境的空氣相對溼度要低於60%。（2）幹菇要用塑料袋密封，貯藏在陰涼、乾燥的庫房內，防止受潮。（3)出現受潮後，要及時取出曬乾或烘乾。特別是在春夏之交，要特別防止受潮黴變。（4）幹菇在1℃~4℃冷庫中貯藏，可防止黴變。
鹽漬菇發紅
鹽漬菇菇體表面變為紅色，從而降低鹽漬菇的質量，嚴重時引起膜爛。這種病害是由酵母菌引起的。發生原因鹽漬時，鹽水沒有淹沒菇體，菇體裸露在空氣中。以及沒有進行翻池或倒桶，表層鹽濃度下降，引起酵母菌繁殖，造成菇體變紅。
防治方法(1)鹽漬時，要用飽和鹽水淹沒菇體，菇體表面用竹簾或紗布覆蓋，並在表面撒一層鹽。（2）鹽漬期間，要定時翻池或倒桶，使上下層鹽度一致。（3)出現菇體變紅後，將表層變紅的菇體撈出，及時進行翻池或倒桶，缺鹽水時，要加飽和鹽水淹沒菇體。
鹽液混蝕菇體變色
鹽漬菇中鹽液變混蝕，菇體變為黃色，並散發出臭味或酒酸氣味，從而降低鹽漬菇質量，嚴重時，造成菇體腐爛。發生原因鹽濃度偏低，菇體沒有煮熟透以及殺青的菇體未完全冷卻就進行鹽漬。
防治方法(1)殺青的菇體，要放入冷水中漂洗冷卻，冷卻至菇體內外溫度一致，並與室溫一致後，再加鹽進行鹽漬。（2)鹽漬時，要加足鹽，用鹽量為菇體重量的40%，並加飽和鹽水，淹沒菇體。（3)出現鹽液混蝕，發臭時，要及時撈出菇體，用清水源洗後，重新加鹽進行鹽漬。(4)菇體要求殺青一致，即煮至熟而不爛，放入冷水中會自然沉底，如果沒有殺青透菇體，即外熟內生時，鹽漬後就會出現變質。
幹菇褐變
幹菇貯藏時間久後，白色的幹菇會變成褐色，影響幹菇的商品質量。發生原因幹菇接觸大量的空氣後，在溫度偏高時，多酚氧化酶氧化為醒，從而使菇體變為褐色或灰白色。
防治方法（1）幹菇應裝入塑料袋中，抽真空後密封貯藏。（2）幹菇在1~4℃下低溫保藏，可減緩發生褐變。（3)鮮菇採摘後，要及時烘乾，預防放置時間過長後，引起鮮菇調變。
麥蛾
麥蛾幼蟲蛀食食用菌子實體幹品，在子實體上咬出許多蟲孔，嚴重時，將菇體蠶食殆盡。此外，粉斑頻蛾、印度谷頻和地中海粉螺等也是幹菇貯藏中害蟲。生活習性1年發生4~6代，以老熟幼蟲越冬，成蟲飛翔力強，具趨光性。
防治方法(1)乾燥菇體時，要用熱風乾燥，在55~60℃的高溫下，殺死菇體上蟲卵。（2）幹菇要用塑料袋或紙箱密封貯藏，防止成蟲進入菇中產卵繁殖。（3）貯藏的庫房，用磷化鋁燻殺。或者在幹菇中放入用紙包好的磷化鋁密封燻殺處理，可預防出現蟲害。
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