干菇霉变
在干菇贮藏期间，密封不严受潮后，容易生长各种需菌，引起贮藏的干菇、干耳发霉变质。常见的霉菌主要有青霉菌、黄曲霉和木霉菌等。发生条件干菇的含水量超过12%，在梅雨季节和春夏之交极易受潮发生霉变。
防治方法（1）干菇的含水量要控制在12%以内，贮藏环境的空气相对湿度要低于60%。（2）干菇要用塑料袋密封，贮藏在阴凉、干燥的库房内，防止受潮。（3)出现受潮后，要及时取出晒干或烘干。特别是在春夏之交，要特别防止受潮霉变。（4）干菇在1℃~4℃冷库中贮藏，可防止霉变。
盐渍菇发红
盐渍菇菇体表面变为红色，从而降低盐渍菇的质量，严重时引起膜烂。这种病害是由酵母菌引起的。发生原因盐渍时，盐水没有淹没菇体，菇体裸露在空气中。以及没有进行翻池或倒桶，表层盐浓度下降，引起酵母菌繁殖，造成菇体变红。
防治方法(1)盐渍时，要用饱和盐水淹没菇体，菇体表面用竹帘或纱布覆盖，并在表面撒一层盐。（2）盐渍期间，要定时翻池或倒桶，使上下层盐度一致。（3)出现菇体变红后，将表层变红的菇体捞出，及时进行翻池或倒桶，缺盐水时，要加饱和盐水淹没菇体。
盐液混蚀菇体变色
盐渍菇中盐液变混蚀，菇体变为黄色，并散发出臭味或酒酸气味，从而降低盐渍菇质量，严重时，造成菇体腐烂。发生原因盐浓度偏低，菇体没有煮熟透以及杀青的菇体未完全冷却就进行盐渍。
防治方法(1)杀青的菇体，要放入冷水中漂洗冷却，冷却至菇体内外温度一致，并与室温一致后，再加盐进行盐渍。（2)盐渍时，要加足盐，用盐量为菇体重量的40%，并加饱和盐水，淹没菇体。（3)出现盐液混蚀，发臭时，要及时捞出菇体，用清水源洗后，重新加盐进行盐渍。(4)菇体要求杀青一致，即煮至熟而不烂，放入冷水中会自然沉底，如果没有杀青透菇体，即外熟内生时，盐渍后就会出现变质。
干菇褐变
干菇贮藏时间久后，白色的干菇会变成褐色，影响干菇的商品质量。发生原因干菇接触大量的空气后，在温度偏高时，多酚氧化酶氧化为醒，从而使菇体变为褐色或灰白色。
防治方法（1）干菇应装入塑料袋中，抽真空后密封贮藏。（2）干菇在1~4℃下低温保藏，可减缓发生褐变。（3)鲜菇采摘后，要及时烘干，预防放置时间过长后，引起鲜菇调变。
麦蛾
麦蛾幼虫蛀食食用菌子实体干品，在子实体上咬出许多虫孔，严重时，将菇体蚕食殆尽。此外，粉斑频蛾、印度谷频和地中海粉螺等也是干菇贮藏中害虫。生活习性1年发生4~6代，以老熟幼虫越冬，成虫飞翔力强，具趋光性。
防治方法(1)干燥菇体时，要用热风干燥，在55~60℃的高温下，杀死菇体上虫卵。（2）干菇要用塑料袋或纸箱密封贮藏，防止成虫进入菇中产卵繁殖。（3）贮藏的库房，用磷化铝熏杀。或者在干菇中放入用纸包好的磷化铝密封熏杀处理，可预防出现虫害。
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