第二幕
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危險心靈
克羅格欣然允許你利用他的大腦——電子頭腦增強器進入他的記憶中。
提示：你和聯邦的各派系出好關係了嗎？從哈根堡壘脫險後，你會看到飛往波士頓的出自鋼鐵兄弟會的巨大飛艇。也許你也聽說過鑽石城的一些謠言，所以你可以多瞭解一些有關歷史方面的知識。同時也不要忘記返回康科德幫助義勇兵，這些都是交朋友的好機會。
聽從尼克·瓦倫坦的建議，找到阿馬利博士。位於波士頓，接著穿過金融特區，來到芳鄰鎮。阿馬利博士在下圖這裡。
前往地下室與阿馬利博士交談，這時要帶上上一個任務獲得的電子頭腦增強器。當尼克·瓦倫坦表示志願助陣後，你將被邀請坐在躺椅上體驗一遍克羅格的過去事蹟。
進入克羅格的記憶後，沿著神經線路移動，可以去體驗他的記憶。一段結束後博士會開啟下一個，再走過去即可。全部結束後和博士對話。觸發下一個任務“光之海”。結束後，醫生這邊有很多免費藥品，包括血袋、消輻寧等，不要錢隨便拿。
發光海
獲得信息後前往發光海。這是一片有大量輻射的地方，推薦在離開阿馬利博士之前，換上瓦倫坦作為同伴，他是合成人，不虛的。至於自己，可以準備大量抗輻寧，或者穿上抗輻射服裝。當然，最好的解決辦法還是——穿上動力裝甲。
首先來到發光海邊緣，地圖上的目標地點會改變，繼續前往地圖標示即可，最後會來到原子坑洞，這裡是原子教的教徒。和頭上有任務標誌的教徒交談，他會告訴你維吉爾在山洞裡，地點更新，之後前往山洞。
在前往山洞的路上，會跳出來一隻死亡爪。如果打不過的話，可以直接逃跑前往山洞，不需和他糾纏。
在山洞中和維吉爾交談，他會告訴你需要的信息，並提出了一個交換條件。無論如何，你都對得知自己需要的消息。之後可以從維吉爾身上偷竊一把不錯的激光武器，或者殺了他直接獲得。
獵人/獵物
之後要去殺一名追獵者，取回他頭腦中的晶片。
首先來到CIT研究中心，在這裡把廣播調到“追獵者訊號”，你會聽到嗶嗶嗶的聲音。在走動的時候，屏幕左上角會開始顯示百分比，離追獵者越近，數值就越大，同時嗶嗶聲會越來越密集。實際上，不想亂跑的朋友，這個需要去到的地點就是葛林科技基因研究院，這是一棟非常綠的建築（葛林就是green），比較好找。
葛林科技基因研究院
進入研究院後，會發現這裡有很多槍手，一路幹掉，他們會給你補充很多激光武器的彈藥。三層還有讀物，不要忘了拿。
葛林科技基因研究院地圖
一路來到頂樓，會遇到追獵者Z2-47。和他交談後，一場大戰在所難免。他會隱身，但是光標指上他的時候依然會在屏幕上方顯示名字和生命值，同時也能看到一點他的透明蹤跡，根據這些跡象對他狂射即可，傷害他會打斷他的攻擊，同時讓同伴有機會上前近身牽制他，因此推薦比較正面剛狂射的打法。
如果像下圖一樣把他逼進了應該關閉的電梯裡，那他就出不來了，同時也打不死（似乎會自動恢復生命值）。玩家需要讀檔重來。
戰鬥結束後拿去芯片。樓梯下面的紅色工具箱裡有終端機的密碼，可以用旁邊的終端機開門，並放出關在右邊房間裡的女性合成人，追獵者就是為了回收她而來。通向樓頂的箱子上有胖子核彈，上樓頂可以看到波士頓全景，非常美麗。之後開啟下一個任務“分子等級”。
自由之路
拿到晶片後去找芳鄰鎮再找阿馬利博士，她會讓你去找鐵路破解晶片。如果之前沒有做過“自由之路”這個任務的話，那必須做這個任務主線才能繼續下去。
前往波士頓公園（在公園街站附近），找到噴泉旁地面上寫著“At Journey’s End Follow Freedom’s Lantern.”字樣的塗寫板，這裡是自由之路的開端，玩家可以看到井蓋上寫了“A7”字樣。之後跟著紅磚線即自由之路一路行走。
跟著人行道上的紅磚線，找到用麻薩諸塞州政府，這裡有L4標記。
通過小道前往舊穀倉墓地，這裡有A2標記。
通過小道前往O6標記的Old State House，這裡有一些超級變種人。
通過小道前往3I標記的老街角書店，清除這裡敵人繼續前進。
通過小道前往法尼爾廳，這裡有5R標記。這裡敵人很多，特別是自爆變種人特別危險。對付他可以在他衝過來的時候邊退邊快速射擊殺死，不要讓他靠近你。他身上帶著迷你核彈，殺傷力很高。
之後通過小道來到1R標記的老北教堂，這裡就是目的地，進入即可。當然直接來到老北教堂也是一樣的。
老北教堂
注意廢棄的教堂的大廳和地下室中潛伏著的食屍鬼。進門後右轉下樓，往前走一段會看到牆上的一個圓盤。這裡需要玩家順時針或者逆時針旋轉並拼寫出“RAILROAD”，方法是，把轉動圓盤，讓R對著指針，然後按一下圓盤，成功後會聽到聲音。然後再轉圓盤讓下一個字幕A對著指針，再按下圓盤，以此類推，一直到最後一個字幕D。成功後暗門會打開。
和鐵路領袖對話後，她會讓她手下幫你分析晶片，你會拿到晶片的分析結果。
分子等級
拿到晶片後回光之海的坑洞找維吉爾。他會告訴你必要的信息。之後就需要建造傳送設備了。
製造傳送設備共有4種方法。分別是找鋼鐵兄弟會、義勇兵或者鐵路幫你建造，也可以完全自己建造。找這三個組織幫忙需要你完成過他們交代給你的第一個任務。
方法1：鋼鐵兄弟會
前往劍橋警察局，幫助鋼鐵兄弟會殺死食屍鬼完成“火力支援”任務，之後與Paladin Danse談談有關信號攔截器的消息，完成鋼鐵兄弟會任務Call to Arms鋼鐵兄弟會就會幫你建造。
完成請求後，你可以向該派系科學家瞭解有關信號攔截器的線索。
方法2：義勇兵
普雷斯敦·加維也同樣會幫助你，前提是完成了義勇兵之前的請求：自由鐘聲響起。前往庇護山莊並向普雷斯敦詢問有關信號攔截器的消息，他會要求你先幫助當地居民，之後他們會協助你。完成請求後，你可以向該組織的科學家瞭解有關信號攔截器的線索。
方法3：鐵路
返回老北教堂，向戴瑟蒙娜詢問信號攔截器的消息，她希望你加入他們。
為了證明自己，你必須先完成鐵路的請求：和迪耿一起進行的交易手段任務。完成請求後，你可以向該派系科學家瞭解有關信號攔截器的線索。
或者你也可以忽略上述三個派系，自己建造一個信號攔截器。
得到幫助後就要開始建造傳送裝置了，第一步需要打造一個反射平臺。傳送裝置可以在你的任何一個工房附近建造，記住留下大一點的空間，裝置本身體積較大，同時需要較多電力。
反射平臺所需建造材料：
鋁：10個
電路元件：3個
鋼鐵：5個
完成反射平臺後，回去找你所請求幫助的組織的科學家說話，再回來造剩下的三個東西：分子射線投射器、中繼站訊號碟、控制檯。
建造完成後可以與科學家交談，瞭解有關光束髮射器的消息。
分子射線投射器所需建造材料：
橡膠：2個
鋼鐵：10個
銅：1個
軍用線路板：1個
電路元件：1個
中繼站訊號碟所需建造材料：
銅：3個
鋼鐵：3個
布料：6個
金：1個
控制檯所需建造材料：
生物辨識掃描器：1個
建造完畢後，在發電機與個電器設備之間連接好線路。要記得的是，不僅要讓發電機滿足所有設備的用電要求，設備之間也要全部連起來，才能正常使用。如果原料不夠，除了進一步收集垃圾外，也可以利用刷錢大法去鑽石城買，那裡的武器商人有50個鋁賣。
完成後可以與科學家交談如何使用訊號攔截器，利用訊號攔截器傳送到學院。
制度化
傳送裝置已經就位，聽從廣播的指示，找到名叫父親大人的男子，他負責運營學院。
與他交談完畢，並同意加入學院（之後也可以選擇加入）後，需要和各個科學家見面。
從中央大廳開始，進周圍的門，就可以見到各個科學家。和他們一一對話後，找一臺終端機，把網絡掃描器卡帶載入，選擇你想要的選項，可以完成“制度化”任務。
從此，玩家可以快速旅行到學院。至此，“主線任務”結束，但是遊戲並沒有到“結局”。《輻射4》共有4個結局動畫，玩家需要選擇學院、鋼鐵兄弟會、義勇兵或者鐵路一方的任務做下去，每個機構有一個自己的結局動畫。所以說，所謂的“主線任務”更像一個序章。選擇你心愛的實力，繼續在廢土探險吧！
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