東晉在桓溫死後，由於東晉孝武帝司馬矅年幼，世家大族地主陳郡謝安當國理政，桓氏讓出了揚州，由桓溫的弟弟桓豁、桓衝相繼出任荊州都督，繼續掌握上游的大權。
桓沖和哥哥桓溫不同，他沒有那麼大的野心，並不十分乾涉下游的行事之權，因此他和謝安之間相安無事，荊、揚之間的矛盾得以暫時緩和下來。
時孝武帝富於春秋，政不自己，溫威振內外，人情噂，互生同異。安與坦之盡忠匡翼，終能輯穆。——《晉書·謝安傳》
桓溫活著的時候，因為當時集中在今天的鎮江、常州一帶的北來僑民，人口眾多且彪悍異常，在沒有了土地之後，桓溫就曾經有打算把他們編成一支新軍的計劃，可是計劃還沒有來得及實施，桓溫就病死了。
北府兵的成立：謝安負責策劃，謝玄負責指揮，改變荊揚之爭局面的重要力量。
謝安繼任當國後，為充實長江下游的軍事力量用來拱衛京師、同時抗衡來自上游荊州地區的軍事威脅，就籌募成立了這支新軍。同時為了維護謝氏的利益，謝安就把這支部隊的指揮權交給了自己最信任的人謝玄。
是時朝廷方以秦寇為憂，詔求文武良將可以鎮御北方者，謝安以兄子玄應詔。玄募驍勇之士，得彭城劉牢之等數人。以牢之為參軍，常領精銳為前鋒，戰無不捷。時號“北府兵”，敵人畏之。——《資治通鑑·卷一百四·晉紀二十六·烈宗孝武皇帝上之中》
公元377年，東晉政府任命謝安兄長的兒子謝玄為南兗州刺史，負責籌募組建這支新軍。謝玄又把南兗州的軍府，從京口移到了廣陵，其目的就是可以更好的招募附近的百姓參軍。南徐、南兗兩州的僑民紛紛應募入伍，很多後來我們所熟悉的名字，都出現在了名單之中，由此可見這支部隊的戰鬥力不容小覷。
太元初，謝玄北鎮廣陵，時苻堅方盛，玄多募勁勇，牢之與東海何謙、琅邪諸葛侃、樂安高衡、東平劉軌、西河田洛及晉陵孫無終等以驍猛應選。——《晉書·劉牢之傳》
彭城劉牢之與東海何謙、琅琊諸葛侃、樂安高衡、東平劉軌、西河田洛及晉陵孫無終等，都因驍勇善戰的緣故而被選入了這支部隊之中。這支新軍經過長達七年的訓練，成為一支精悍能戰的部隊，號稱北府兵。
時苻堅強盛，疆場多虞，諸將敗退相繼。安遣弟石及兄子玄等應機征討，所在克捷。——《晉書·謝安傳》
北府兵的興起，不但成為了長江下游的主要軍事力量，改變了荊、揚之爭的形式，而且在後來的淝水之戰中，在江淮以南廣大人民的支援下，粉碎了苻堅南侵的百萬大軍，把江南從苻堅的鐵騎下挽救了出來。
君臣失信：謝安的悲劇離場，司馬道子的大權獨攬。
肥水之戰後，東晉的統治階級滿足於偏安一隅的局面，沒有恢復失地的要求和決心，以至於不能擴大戰果，乘勝逐北收復中原。雖然以北府兵的善戰，收復了徐、兗、青、司、豫、梁六州之地，但當時東晉外部的威脅消除的時候，東晉統治階級內部的矛盾卻日益尖銳化。王室內部和王室和世族—君臣之間，中央與方鎮—荊、揚之間，展開了錯綜複雜的鬥爭。
他們不僅不通力合作去收復失地，反而互相牽制，破壞北伐。因此，儘管淝水之戰後儘管北方一度陷入大混亂，但東晉收復的失地還是再次淪陷，那些殷切盼望的中原地區人民，不但沒有得到解救，且在北方再度分裂、少數民族大遷徙過程中，在各族統治者殘酷統治下，半數人淪為奴虜，在輾轉遷徙中死去。
以時會稽王道子專權，而奸諂頗相扇構。——《晉書·會稽王傳》
謝安在淝水之戰勝利之後，進位太保、太傅，都督揚江荊司豫徐兗青冀幽並寧益雍梁十五州軍事，聲望達到了頂峰，因此招致了皇帝的猜忌，君臣之間漸漸隔膜起來。
謝安於是請求北征出鎮廣陵，實際上是在孝武帝同母弟會稽王司馬道子的排斥下，被迫離開了朝廷中樞。
帝以會稽王非社稷之臣，擢所親倖以為藩捍，乃授伸堪都督荊益寧三州軍事、振威將軍、荊州刺史、假節，鎮江陵。——《晉書·殷仲堪傳》
不久後謝安病逝，司馬道子遂以司徒、錄尚書事、兼領揚州刺史、都督中外諸軍事，代替謝安做了國相。
兄弟之爭：孝武帝死得十分蹊蹺，司馬道子、司馬元顯先後掌權。
當時孝武帝沉溺於酒色，司馬道子更是個酒色之徒，兩個人之間既是兄弟又是君臣，因為權力逐漸有發生了摩擦。孝武帝任命王恭為南兗州刺史，鎮北府；又以殷仲堪為荊州刺史，掌握上游的兵權。孝武帝想通過這種方式來牽制朝廷中的權臣，結果加劇了統治階級內部的的分裂。
公元396年，孝武帝死了，據史料記載，他是被皇后讓人喝酒悶死的，他的兒子司馬德宗繼位，是為安帝，司馬道子以太傅的身份攝政。這位安帝是個什麼狀態呢？據史書記載安帝“自少及長，口不能言，雖寒暑之變無以辨”，簡單點說就是個白痴，奉這樣一個白痴來做皇帝，宰輔司馬道子的權力自然更大了。司馬道子以主張削弱方鎮的王國寶、王緒為心腹，對抗王恭、殷仲堪等，王國寶出身於太原王氏，是謝安的女婿，王緒則是王國寶的從祖弟。王國寶位至中書令、尚書左僕射，參掌朝政。
國寶及緒惶懼不知所為，用王珣計，請解職。道子收國寶，賜死，斬緒於市，深謝愆失，恭乃還京口。——《晉書·王恭傳》
公元397年，王恭從京口起兵，以誅殺王國寶為藉口；殷仲堪也在荊州起兵，與王恭相呼應。東晉政府成立的北府兵，本來是用來拱衛京師、充實長江下游力量的，現在北府兵在王恭的統帥下來對抗中央，司馬道子自然無法抵禦，只得把王國寶和王緒殺死，丟卒保車請求王恭退兵。
元顯使說牢之，啖以重利，牢之乃斬顏延以降。——《晉書·王恭傳》
公元398年，王恭第二次舉兵，荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄等起兵響應。司馬道子以兒子司馬元顯為征討都督，統兵抵禦。那時王恭以北府兵將領劉牢之作為前鋒，元顯派人往說服劉牢之倒戈歸順中央，答應事成之後用劉牢之代替王恭做南兗州刺史，於是劉牢之襲擊王恭，王恭兵敗而死。殷仲堪、桓玄等人聽說王恭被殺了，倉皇逃走，至尋陽後，推舉桓玄為盟主。
公元399年，桓玄又火併了殷仲堪，自己據有荊州上游地區，東晉以桓玄為都督荊江襄雍秦梁益寧八州軍事，荊州江州刺史。桓氏家族世鎮荊楚，門生故舊甚多，因此，桓玄的勢力越來越大，自己的野心也一步步膨脹起來。
樹用腹心，兵馬日盛。——《晉書·桓玄傳》
元顯自擊破王恭後，又用手段把揚州刺史的職位攫奪到手，同時他又總錄尚書事，這個兒子顯然比他老爸司馬道子要強的多，不僅有心機而且有手段。
道子為東錄，元顯為西錄。——《晉書·會稽王道子傳》
名義上司馬道子和司馬元顯地位相當，共同輔政安帝。但司馬道子昏庸多病，安帝又是個白痴，因此，東晉朝廷的大小事務，全部由司馬元顯決斷。
西府車騎填湊，東第門下可設雀羅。——《晉書·會稽王道子傳》
一時之間司馬元顯的府邸人滿為患，大家都想通過這位顯貴謀求自己的利益。而司馬道子的府邸則變得門可羅雀、無人問津。
樂屬之禍：司馬元顯想建立受自己控制的部隊，卻損害了多方利益，成為浙東農民起義直接的導火索。
司馬元顯考慮到來自荊州上游的威脅和北府兵的難以控制，想建立一支由自己來指揮的新軍。因為當時兵員缺乏，於是下令強制徵發東土諸郡其本身或父輩本來是奴隸，而已經獲得放免為佃客的壯丁，集中到京師擔任兵役，稱之為“樂屬”。
這一措施不僅造成世家大族對政府的普遍不滿，因而使東晉政府失去了部分世家大族的支持；而且對本來是奴隸，後來通過自己的努力而已獲得佃客身份的農民來說，更是巨大的迫害。
這部分佃客已經有了自己的經濟基礎，有了自己的生產工具，具有自己耕種的土地，他們可以從自己收成中，拿出一部分繳納給地主，然後就可以自給自足。現在卻要被徵發為兵，兵士身份從魏晉以來就非常低落，甚至和奴婢並列，又因為是世襲的緣故，當了兵就意味著世世代代都沒什麼奔頭了。且這是個把頭顱掛在褲腰帶上的職業，隨時隨地都有送命的危險，放著好好的土地不去耕種，幹這個危險工作還沒有奔頭，有誰願意去做呢？
因此，司馬元顯的這條命令一出，就搞得東土怨聲載道，東土的世家大族、佃客都強烈反對，可司馬元顯還要一意孤行，最後終於成為了浙東農民起義的直接導火線。
一個人的歷史，一家之言。
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