PPP+EPC模式下合同体系庞大且复杂，该模式下的合同管理是从PPP项目采购阶段至PPP项目结束整个过程的系统管理，不仅需要建立一只专业的合同管理团队对其进行维护，还需要根据具体的PPP项目情况制定具体的合同管理办法及配套制度。合同管理是项目管理的重要组成部分，高效的合同管理对PPP项目的顺利实施起着事半功倍的作用，各PPP项目参与方均应当遵循其基本原则，使合同管理工作的开展尽早进入有章可循的状态。
1、在遵守法律规定的前提下最大限度的尊重合同缔约方的意思自治。政府和社会资本合作从采购方式、合同签订、合同履约到合同终止的整个过程均应当严格遵循法律规定，确保合同效力及权利义务的合法性，同时应充分发挥市场在资源配置中的决定性作用，充分尊重双方在合同订立和履行过程中的契约自由，依法保护PPP项目各参与方的合法权益，共同维护法律权威和公平正义。
2、参与各方应遵循平等合作原则。在政府与社会资本合作过程中，参与各方均是基于平等的法律地位、合同缔约双方权利义务对等，各方应在充分协商、互利互惠的基础上订立合同，并依法平等地主张合同权利、履行合同义务。在合同履约过程中产生争议时应优先协商处理，确保非争议部分正常履行，项目顺利推进。
3、各方应优先维护公共利益。在政府与社会资本合作过程中应建立履约管理、行政监管和社会监督“三位一体”的监管架构，优先保障公共安全和公共利益。PPP项目合同中除应规定社会资本方的绩效监测和质量控制等义务外，还应保证政府方合理的监督权和介入权，以加强对社会资本的履约管理。与此同时，政府还应依法严格履行行政管理职能，建立健全及时有效的项目信息公开和公众监督机制。
4、各方应遵守诚实守信及公平效率原则。在PPP项目合同中应明确界定双方在项目融资、建设、运营、移交等全生命周期内的权利义务，在EPC合同中对勘察、设计、设备采购、运输、保险、土建、安装、调试及试运行等全过程的权利义务进行明确约定，在合同管理中体现真实意思表示，认真恪守合同约定，妥善履行合同义务，依法承担违约责任；在PPP项目合同中要始终贯彻物有所值原则，在风险分担和利益分配方面兼顾公平与效率。在EPC合同管理中应集中企业技术和管理优势，充分发挥设计在项目建设中的主导地位，实施全过程合理、交叉和动态连续的管理，提高了工程项目建设效率及水平。
5、兼顾灵活原则。鉴于PPP项目的生命周期通常较长，PPP建设期的EPC合同履行中的设计、施工、采购又常处于交叉实施状态，在合同订立时既要充分考虑项目的实际需求，保证合同内容的完整性和相对稳定性，也要合理设置一些关于期限变更(延期、提前终止)、内容变更(工程变更、价格调整等)、主体变更(股权转让)的灵活调整机制，为未来可能长达20-30年的合同执行期预留调整和变更空间。
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