司馬遷在《自序》中寫道：凡百三十篇，五十二萬六千五百字。《史記》存稿兩套，藏之名山，副在京師。但對照檢視，缺少十篇，有錄無書。據《漢書》注中張晏說散逸的十篇為：《孝景本紀》《孝武本紀》《禮書》《樂書》《兵書》《漢興以來將相名臣錄》《日者列傳》《龜策列傳》《傅靳蒯成列傳》。但後人亦增補一些。
司馬遷是嚴謹的史學家，不亂編故事，犖犖大端者比較可信。那是怎麼獲得相對真實的素材呢？一是使用確實史料。如編撰《秦始皇本紀》，主要使用秦國政府的紀錄、奏事章和石刻等材料。二是他父親司馬談留下的歷史素材。三是實地採風和考證。司馬遷從二十歲起開始壯遊，先到江淮（江蘇和安徽北部），又到江西廬山，再到楚國故地、齊魯地區，最後到河南，採風和實地考察。在朝廷做郎中後，又隨漢武帝踏遍陝西、甘肅、巴蜀、西垂和西南，為寫《史記》增添了詳實素材。
即使《史記》中好像文學故事的事件，也有其真實的基礎。比如，司馬遷寫項羽烏江自刎，描寫細膩，生動形象，但不是憑空想象。為何這樣說呢？楊敞官至丞相，是司馬遷的女婿，楊惲是是楊敞的中子，曾封平通侯。司馬遷把《史記》副本留在楊敞家中，可見交往密切，相互信任。而楊家父子會把先輩參與垓下之戰的情況講給司馬遷。項羽戰敗於垓下，衝出重圍，一支漢軍騎兵緊追不捨，無顏見江東父老的項羽拔劍自刎。當時有五位騎兵在場，各得其遺體一部分，劉邦按照事先的承諾，封他們為列侯。這五位騎兵，有一個叫楊喜的，他的第五代孫子就是楊敞。家族的榮耀和不平凡歷程，是楊家人不能忘記的，其事蹟代代相傳。
但由於諸多原因，《史記》也有失真之處，其原因比較複雜，比如缺少確實史料、筆誤以及主觀價值偏好影響，等等。正如學者指出的那樣——《史記》每一篇中都不免有點假，但每一篇也都有一部分真。它像陳年的古董一樣，修補和鏽蝕是不免的，但原物的神態卻也始終古意盎然，流動在每一部分裡。
隨著考古的發現，已證明《史記》中的某些記載與史實不符，特舉三例：
一、嶽麓簡記載：秦始皇喜愛湘山一帶樹木野美而將其列入禁苑，禁止伐木；而不是《史記》記載的“使刑徒三千人皆伐湘山樹，赭其山”。
據介紹，嶽麓書院藏秦簡，是湖南大學嶽麓書院購藏的秦代簡牘，於2007年12月從香港古董市場購藏2098枚。其後，2008年8月，由香港一收藏家捐贈76枚。竹質墨跡，少量為木質墨跡，書體為秦隸。嶽麓簡內容分為《質日》《為吏治官及黔首》《占夢書》《數書》《奏讞書》《秦律雜抄》和《秦令雜抄》七大類。對於研究中國數學史、科技史、法律史以及瞭解秦代歷史地理和郡縣研究、占夢習俗等有重要的文獻價值。
《嶽麓書院藏秦簡（五）》第56—58簡：廿六年四月己卯，丞相臣狀、臣綰受制相（湘）山上：自吾以天下已並，親撫晦（海）內，南至蒼梧，凌涉洞庭之水，登相（湘）山、屏山，其樹木野美，望駱翠山以南樹木□見亦美，其皆禁勿伐。臣狀、臣綰請：其禁樹木盡如禁苑樹木，而令蒼梧謹明為駱翠山以南所封刊。制曰：可。
整理者認為，從《史記》記載和字的形體看，“廿六年四月己卯”應為“廿八年四月己卯”。
《秦始皇禁湘山》詔令，內容涉及秦始皇巡遊湘山時，因喜愛湘山一帶樹木野美而將湘山列入禁苑，歸屬蒼梧郡管轄。
而據《史記·秦始皇本紀》記載：二十八年，始皇東行郡縣……始皇還，過彭城，齋戒禱祠，欲出周鼎泗水。使千人沒水求之，弗得，乃西南渡淮水，之衡山、南郡。浮江，至湘山祠。逢大風，幾不得渡。上問博士曰：“湘君何神？”博士對曰：“聞之，堯女，舜之妻，而葬此。”於是始皇大怒，使刑徒三千人皆伐湘山樹，赭其山。上自南郡由武關歸。
始皇二十八年，巡遊天下後，返回京城，路經彭城，齋戒祈禱，想要從泗水中打撈出那隻落水的周鼎。派了一千人潛入水底尋找，沒有找到。於是向西南渡過淮河，前往衡山、南郡。乘船順江而下，來到湘山祠。遇上了大風，幾乎不能渡河。始皇問博士說：“湘君是什麼神？”博士回答說：“聽說是堯的女兒，舜的妻子，埋葬在這裡。”始皇非常生氣，就派了三千服刑役的罪犯，把湘山上的樹全部砍光，因為當地是紅土，所以使山變成了赭紅色。皇上從南郡經由武關回到京城。
經過深入研究，專家認為嶽麓秦簡比《史記·秦始皇本紀》更為可信：
專家指出，根據簡文中有官員出使的記載，以及出現在簡文中湖北境內的古地名判斷，竹簡可能在湖北出土。 胡平生認為，"初步推測，當初擁有這批秦簡的主人，也就是墓葬的主人，應該是當地的一名從事法律工作的官吏。後來這批秦簡被盜墓分子發現，而後很可能經過走私等途徑輾轉流失到香港。
該嶽麓簡是秦代的，且秦簡主人是一名法律工作者，這是他的私人筆記，其歷史信息比漢武帝時司馬遷所著的《史記》更為真實。秦國對法律工作者要求極嚴，不掌握律令而錯判，要承擔相應的法律責任。秦代法律將官吏斷獄責任分為“不直”“縱囚”和“失刑”三種情況。凡斷獄時故意從重或從輕判刑的，稱為“不直”；應當判有罪而故意不判，或故意減輕案情，使之夠不上判刑標準的，稱為“縱囚”；因過失而出入人罪的，稱為“失刑”。秦始皇時就曾將一批治獄不直的官吏發配嶺南及修築長城。對於故縱死刑犯的，也要反坐處以死刑。故此，秦國法律工作者努力專研秦國法律，極力避免出現“不直”“縱囚”“失刑”問題。既然是一種純粹的法律研習和私人筆記，就無需作偽或掩飾秦始皇巡遊湘山的事實。司馬遷著《史記》則存在著史料不足不真實或受意識形態所囿的問題，其真實性必然打折扣。
秦簡的真實性也得到證明。秦簡的真偽鑑定，由湖北荊州文物保護中心的專家主持，對秦簡的真偽進行了對比性檢測，分別從長沙走馬樓漢簡、荊州謝家橋漢簡和這批秦簡中提取樣品，然後附上新竹標本，送武漢大學測試中心進行竹簡老化程度和竹質降解度的對比性分析檢測，通過掃描電子顯微鏡、X射線衍射儀、紅外光譜儀、差熱分析儀等設備的檢測分析，結論是竹簡與新竹相比，有明顯的降解，可判斷為早期竹材。
從文字形體看，有的字體端莊，書寫規整，有篆書意味；有的書寫率意，字勢向右下傾斜，點畫有粗細變化，為秦隸特徵;有的介於兩者之間，或形體古拙，或字體秀逸。
從語言上看，秦樺林指出——嶽麓書院藏秦簡“丞相臣狀、臣綰受制相（湘）山上：自吾以天下已並”，似亦可斷為：“丞相臣狀、臣綰受制相（湘）山，上：自吾以天下已並”。其中“上”指今上，後省略“曰”字。《史記·秦始皇本紀》記載秦始皇二十六年，“丞相綰、御史大夫劫、廷尉斯等”“與博士議曰：……命為‘制’，令為‘詔’，天子自稱曰‘朕’”“制曰：‘可’” 。將嶽麓書院藏秦簡簡文與之對照，有關制書的體例若合符契。但簡文中秦始皇自稱“吾”，而不稱“朕”，與制度不合，恐為傳抄之誤。
秦樺林對嶽麓簡之是與《史記》之非做了闡釋：
1、秦始皇二十八年的巡狩，除了宣示秦王朝的威嚴，以鞏固統一外，還有一個重要的目的，便是到各地的名山進行祠禱活動。因此，秦始皇此行的末尾，專程渡江遠赴湘山，偏偏因為“逢大風，幾不得渡”的原因，便下令“使刑徒三千人皆伐湘山樹”，明顯與這一年整個巡狩活動的主旨不符，存在矛盾。
2、秦簡為律文，且節録自秦始皇制書原文，二者體裁同屬公文書。此條秦律如此鄭重其事地頒行天下，如果存在“伐湘山樹”的事件，等於欲蓋彌彰，自毀形像。因此，揆之事理，可知《史記》的相關記載不能成立，當是採録自漢代民間流傳的帶有明顯貶損傾向的傳說。
3、簡文中“臣狀、臣綰請：其禁樹木盡如禁苑樹木”，有其他秦律可以佐證。龍崗秦簡中保存有不少《禁苑律》的條文，比如：“諸取禁苑中柞、棫、楢産葉及皮。”秦律細緻到“葉及皮”都要作出詳細規定，不難想見，禁苑中的樹木自然應在禁止砍伐之列。綜上所述，秦簡中記載的秦始皇下令湘山等處“皆禁勿伐”一事當屬可信。
史記秦始皇巡遊途中，在泰山“風雨暴至，休於樹下”；由南郡到湘山祠，浮江而行，遭遇大風，險些敗溺；至陽武博浪沙“為盜所驚”，大索無果；從咸陽到碣石，城郭阻塞，水患漫漫；臨浙江，“水波惡”，只得“西百二十里”渡水，上會稽山，祭祀大禹，等等。可見，秦始皇巡遊天下雖車駕浩蕩、陣容豪華、威風凜凜，但也是長途跋涉，曲折輾轉，一路顛簸，備嘗艱辛，還有生命之虞。難道秦始皇在這樣的困難條件下五次巡行天下，僅僅是為了遊山玩水，炫耀皇威，尋找長生不老的仙藥嗎？其實不盡然。儘管由於時代的侷限和個人的原因，秦始皇有諸多為人詬病之處，但不可否認秦始皇是一位意志堅定、勤於政事、勇於變革、追尋夢想的傑出帝王。
從秦統一天下至秦始皇離世，除了祭祖告廟、拜神封禪外，秦帝國的治國方略、經濟建設、改革措施、開疆拓土、教化黔首等，幾乎都是在秦始皇巡行天下，也就是調查研究、集體會商、現場辦公的基礎上制定和展開的。如建立郡、縣、鄉、亭四級行政組織，統一貨幣、統一度量衡、統一文字，建設全國道路交通網絡，頒佈保護封建土地私有制的“使黔首自實田”的律令，驅逐匈奴，修築長城，移民實邊，等等。
宣揚秦政權的合法性和教化天下，是秦始皇巡遊的目的之一。在巡遊途中，秦始皇主要通過石刻的形式，頌秦德、罪六國、明律令、正風俗。《史記》一書所載東巡刻石共7塊，實際收文6則：泰山刻石、琅琊刻石、之罘刻石並附《東觀》一則、碣石門刻石、會稽刻石頌。
頌秦德、罪六國，如嶧山石刻文："追念亂世，分土建邦，以開爭理。攻戰日作，流血於野，自泰古始。世無萬數，弛及五帝，莫能禁止。乃今皇帝，一家天下，兵不復起。災害滅除，黔首康定，利澤長久。"梁父山石刻文：“從臣思跡，本原事業，祗誦功德。治道運行，諸產得宜，皆有法式。”琅邪臺石刻文：“六合之內，皇帝之土。西涉流沙，南盡北戶。東有東海，北過大夏。人跡所至，無不臣者。功蓋五帝，澤及牛馬。莫不受德，各安其宇。”
明律令、正風俗，如刻石文：上農除末，黔首是富；器械一量，同書文字；六親相保，終無賊寇等。會稽石刻中，針對當地經濟、文化和風俗較為落後，男女關係較亂情況，特別指出：“飾省宣義，有子而嫁，倍死不貞。防隔內外，禁止淫泆，男女絜誠。夫為寄豭，殺之無罪，男秉義程。妻為逃嫁，子不得母，鹹化廉清。”可見，秦始皇也十分注意改變落後的風俗習慣，併力圖用嚴厲的制裁匡正風氣、改變習俗。
秦始皇巡遊天下本是為了頌秦德、罪六國、明法令、正風俗，應該站在道德的制高點上行事給人看，卻因為迷信大肆破壞環境，“使刑徒三千人皆伐湘山樹，赭其山”，這絕對是不可信的。
秦始皇伐赭湘山，是來自東方被征服地區民眾的集體想象，是對征服者滅其國、制其民的對抗式反應。司馬遷採信記入《史記》，謬種流傳至今。
二、《史記》記載的張儀連橫、蘇秦合縱，兩大高手對決，超級諜戰風雷激盪，乃子虛烏有。專家指出，蘇秦的故事實際上寄託著司馬遷自己的身世之感和生死觀、價值觀。
《史記》《資治通鑑》說張儀和蘇秦是同學，跟鬼谷子一起學過縱橫術。蘇秦主張諸國聯合以抗強秦，合眾弱以攻一強，即合縱；張儀則主張強國拉攏一些弱國進攻另一些弱國，事一強以攻眾弱，即連橫。由此，兩大策士翻手為雲，覆手為雨，縱橫捭闔，各顯神通，玩弄列國諸侯於股掌之間，並在博弈中平步青雲，致位富貴，使天下人爭相羨慕效仿。甚至有人從《史記》《資治通鑑》中讀到蘇秦資助張儀西行入秦之記載，突發奇想，認為這是張儀蘇秦兩位同學共同編排好的超級間諜之間的博弈，以智詐實現共同富貴的絕世好戲。然而，這卻是令人大跌眼鏡的神奇杜撰。事實上，張儀比蘇秦早死25年之久。
張儀和蘇秦有很多相同之處。比如都酷愛學習，發奮讀書，故有張儀折竹、蘇秦刺股之典故。比如都有不堪的經歷，張儀困於楚，不招人待見，蹭頓吃喝還因其寒酸猥瑣而被誣陷為私懷價值連城的和氏璧的盜賊，遭到毒打，致皮開肉綻，血肉模糊，所幸三寸不爛之舌安然健在；蘇秦外出遊歷多年，潦倒而歸，狼狽而回，家人都私下譏笑他不治生產而逞口舌之利，捨本逐末，使其羞愧難當。比如後來兩人都有了用武之地，並有上乘表演，聲名遠播，位高權重，達到了“蘇秦為縱，張儀為橫，橫則秦帝，縱則楚王，所在國重，所去國輕”的地步。
蘇秦遊說列國，被燕昭王賞識，出使趙國。蘇秦到趙國後，提出合縱六國以抗秦的戰略思想，並最終組建合縱聯盟，任"從約長"，兼佩六國相印（即各國外交聯絡官，類如外相、外交部長級，並不是丞相），使秦十五年不敢出函谷關。聯盟解散後，齊國攻打燕國，蘇秦說齊歸還燕國城池。後自燕至齊，從事反間活動，使齊吞宋、疏趙、惡秦，四面樹敵，致燕昭王離間齊國的外交方略大功告成，最終因間諜行為敗露被齊湣王車裂而慘死。
張儀的智詐、行事方式比蘇秦更下作，“一怒而諸侯懼，安居而天下熄”。秦惠王封張儀為相，張儀出使遊說各諸侯國，以"橫"破"縱"，“為魏相，拆散魏齊聯盟，為楚相破壞楚、齊聯盟”，使各國紛紛由合縱抗秦轉變為連橫親秦。張儀也因此被秦王封為武信君。秦惠王死後，因為即位的秦武王重武好戰，不喜智詐，多數大臣也對張儀沒好印象，張儀被迫出走至魏國，並出任魏相，一年後去世。
錢穆在20世紀20年代就指出：“所謂蘇秦張儀一縱一橫，其說皆子虛，由後之好事者附會為之也。”根據1973年在長沙馬王堆三號漢墓出土的一批帛書，尤其是《戰國縱橫家書》，戰國史專家研究後得出三個結論：
一是蘇秦比張儀的政治生涯晚25年左右，蘇秦是張儀死後才步入政壇，他們兩人的政治活動沒有交集。蘇秦的真實活動年代大約在公元前312年至前284年。
二是《史記》《戰國策》中有關蘇秦的記載錯誤百出，蘇秦、蘇代、蘇厲兄弟的事蹟混淆，甚至連他們兄弟的輩分都搞混了。蘇秦兄弟五人，他應該排行最小。《史記》記載：“蘇秦約從山東六國攻秦”，這裡蘇秦乃公孫衍之誤，因為此時蘇秦尚未登上政治舞臺。《戰國策》記載，燕昭王派蘇代於公元前300年入齊進行反間活動之事，乃是蘇秦所為，不能記入蘇代名下。
三是蘇秦確是燕國間諜，但從來沒有身佩六國相印。
司馬遷也知道自己筆下的蘇秦並不真實，但為什麼還要如此行事？太史公曰：蘇秦兄弟三人，皆遊說諸侯以顯名，其術長於權變。而蘇秦被反間以死，天下共笑之，諱學其術。然世言蘇秦多異，異時事有類之者皆附之蘇秦。夫蘇秦起閭閻，連六國從親，此其智有過人者。吾故列其行事，次其時序，勿令獨蒙惡聲焉。司馬遷因為蘇秦成長不容易，有過人之處，不想讓他再蒙受嘲諷謾罵的壞名聲，故成《蘇秦列傳》。韓兆琦教授主編的《史記箋證》認為，司馬遷所寫的《蘇秦列傳》儘管不能當作信史看待，但這篇傳記是司馬遷的社會理想與其價值觀、審美觀的集中體現。蘇秦的故事實際上寄託著司馬遷自己的身世之感和生死觀、價值觀。
三、秦昭襄王尊寵范雎，稱之是寡人叔父，但最終還是處死了范雎，而不是《史記》所稱的范雎病退，壽終正寢。
有人認為，史書和電視劇都表明范雎是病死的，而不是被處死的。認為范雎是病死的，主要是根據《史記·范雎蔡澤列傳》記載：范雎最後主動將相位讓給蔡澤，其讓位的原因是由於蔡澤對他陳述“日中則移，月滿則虧，物盛則衰”的道理，並且用商鞅、吳起、大夫種等人功成不知身退而遭禍的事例，勸說他“以此時歸相印，讓賢者而授之，退而巖居川觀，必有伯夷之廉，長為迎候，世世稱孤，而有許由、延陵季子之讓，喬松之壽”。范雎聽了這番話，就稱：“善。吾聞欲而知不足，失其所以欲，有而不知止，失其所以有。先生幸教雎敬受命。”故范雎主動向秦昭襄王提出：“客新有從山東來者曰蔡澤，其人辯士，明於三王之事，五伯之業，世俗之變，足以寄秦國之政。臣之見人甚眾，莫及，臣不如也。臣敢以聞。”昭襄王經過與蔡澤談話，很賞識蔡澤，拜為客卿，迎候因病請歸相印。昭王強起應侯，應侯遂稱病篤。范雎免相，昭王新說蔡澤計劃，遂拜為秦相。
范雎即張祿。戰國時魏人，他是秦國曆史上智謀深遠、繼往開來的一代名相，也是我國古代在政治、外交等方面極有建樹的著名政治家、軍事謀略家。公元前266年范雎拜為丞相，封之於應城(今河南魯山之東)，故號為應侯。范雎當初想為魏國建立功業，早年家境貧寒，後隨魏中大夫須賈出使齊國，為其所誣，受盡相國魏齊摧殘，歷經磨難後輾轉入秦。范雎設法躋身於秦廷後，開始施展他的全部謀略和才幹，輔佐秦昭襄王，因深得賞識和器重，出任秦相。他對秦國有巨大貢獻，為秦統一天下發揮過巨大的作用。
張祿和范雎為何是同一人？范雎因家貧無法得見魏王，投在中大夫須賈門下當門客。魏昭王使須賈出使齊國，范雎隨往，憑雄辯之才深得齊襄王敬重。齊王欲留他任客卿，並贈黃金十斤，牛、酒等物，均謝絕。須賈回國，不僅不讚揚他的高風亮節，反向相國魏齊誣告他私受賄賂，出賣情報。魏齊將他拷打得肋折齒落，體無完膚，又用席裹棄於茅廁，讓賓客往上撒尿。范雎裝死，被拋於郊外。返家後即託好友鄭安平將自己藏匿，化名張祿，並讓家人舉喪，使魏齊深信自己已死不疑。半年後，秦昭王派使臣王稽訪魏。鄭安平設法讓范雎暗同王稽會面。經交談，王稽發現范雎是難得之才，將他和鄭平安帶回秦國，范雎得以脫險。
范雎最後怎麼死的？秦攻打邯鄲失敗，河東和太原郡失守，與范雎任用私黨有很大關係。鄭安平、王稽都是范雎保任，鄭安平為將軍，王稽為河東守。按照秦律“任人而所任不善者，各以其罪罪之”。王稽私通外敵，鄭安平率部投降，都是死罪。因此，在公元前255年，范雎就同王稽一起被處以死刑。最有說服力的是出土的睡虎地簡（竹質）記載：（秦昭襄王）五十二年，王稽、張祿死。（藏於湖北博物館）
按道理以范雎之大名，其被處死，當時不可能不引起轟動，誰人不知？司馬遷在《史記》中也有感情用事的地方。范雎被拷打得肋折齒落，體無完膚，又用席裹棄於茅廁，其不幸遭遇與司馬遷被處以宮刑同樣不堪，司馬遷樂於塑造身殘志堅的形象。
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