2019年6月20日，自然指數官網發佈最新2019自然指數年度榜單。自然指數每年發佈年度排行榜，顯示自然指數期刊一年的產出以及發表了高質量研究的主要國家、研究機構和公司。在2019最新自然指數排行榜中，國家自然指數前三位分別為：美國、中國和德國。全球學術機構排名前三位為：中國科學院、哈佛大學和德國馬普學會。

2019自然指數數據顯示，有43家美國機構和17家中國機構躋身全球100強。其中，中國十家領先的科研機構為：中國科學院（第1），北京大學（第10），清華大學（第13），南京大學（第15），中國科學技術大學（第17），中國科學院大學（第24），浙江大學（第27），復旦大學（第34），上海交通大學（第41），南開大學（第51）。

中國有五家機構躋身化學科研產出全球前10，分別是中國科學院、南京大學、北京大學、清華大學和中國科學技術大學。中國科學院在化學、物理學、地球和環境科學這三個自然科學學科的高質量科研產出均居全球第一位。中國科學院大學、上海交通大學、清華大學、南京大學和四川大學依次為過去三年全球範圍內分數計量值增幅最大的學術機構。在過去三年分數計量值增幅最大的50家機構中，有43家中國機構，並且包攬了前10位。

2019自然指數年度榜單中國機構TOP排行榜：

2019自然指數年度榜單全球機構TOP100：