對於新疆，很多人都有一個錯覺，即一提到那裡，首先會想到維吾爾族，彷彿新疆除了維吾爾族就沒有了其他民族。事實是，新疆是一個多民族聚居的地區，共有56個民族成份，其中世居民族有漢族、維吾爾族、哈薩克族、回族、柯爾克孜族、蒙古族、塔吉克族、錫伯族、滿族、烏孜別克族、俄羅斯族、達斡爾族、塔塔爾族10多個民族。 超過100萬人口的有維吾爾族、漢族、哈薩克族和回族4個民族。維吾爾族人口1000萬略過一些；漢族人口約有800多萬；哈薩克族人口150多萬；回族人口100萬略過。超過10萬人口的有柯爾克孜族、蒙古族2個民族。柯爾克孜族接近20萬人，蒙古族約18萬人。
這是新疆當下的人口和民族構成，就歷史而言，最早生活在新疆的民族並非維吾爾族，而是塔吉克族。
維吾爾族的祖先是回鶻人，公元840年，在漠北建立汗國的回鶻人被為黠戛斯所敗，一部分南下，另一部分西遷，其後，西遷的部分才真正進入今甘肅的河西走廊與新疆地區，並在後來形成了兩個民族，即裕固族與維吾爾族。回鶻汗國版圖最大時疆域東接室韋，西至金山（今阿爾泰山），南跨大漠，北至北海（今貝加爾湖），基本涉及不到今新疆地區。
西遷至今新疆後，回鶻人又建立了兩個政權：一是高昌回鶻王國。其勢力範圍東起哈密，西及阿克蘇，北至伊犁河，南接吐蕃（今和田、敦煌間）；還有一支進入中亞草原地區。10世紀中葉，回鶻聯合葛邏祿、樣磨等族建立了強大的喀拉汗王朝。起初，建都城於八拉沙袞城（今巴爾喀什湖南吹河源西南），後來遷都喀什噶爾。強盛之時，其轄境包括今新疆地區的疏勒、莎車、于田、和田等地。
在這裡，需要注意一個問題，即是回鶻人西遷而來時，今新疆地區並不是空無一人的，用我們今天的話說，除了漢族人，還有不少少數民族，他們大多是被唐朝滅亡的西突厥部落聯盟的遺民。
583年東西突厥分裂，西突厥射匱可汗廣開疆土，東起今山西到西海諸國都在他的統治之下，汗庭建在龜茲北面的三彌山。弟統葉護可汗把汗庭遷到石國（今烏茲別克塔什干）北面的千泉，派吐屯駐西域各國，收斂徵賦，控制絲綢之路，極盛勢力範圍東起敦煌，西儘裡海，這是西突厥最強盛的時期。
唐貞觀初年，統葉護被伯父所殺，西突厥內部變亂迭起，貴族爭立。651年，阿史那賀魯自立為沙缽羅可汗，建牙帳在雙河（今新疆博樂、溫泉一帶）和千泉，總領十姓部落，控制西域各國，進攻唐朝的庭州等地。657年，唐朝派蘇定方等征討西域，俘獲賀魯，西突厥滅亡。部分西突厥部落因不服唐朝的管制，舉族西遷，爾後他們和他們的後裔繼續活躍於西亞的歷史舞臺上。
這麼說，一個歷史問題就非常清楚了，是維吾爾族的祖先回鶻人到達今新疆後，同化與吸納了當地西突厥部落聯盟的遺民，而不是西突厥部落聯盟的遺民同化了維吾爾族的祖先回鶻人。但是，這一點常被一些所謂的歷史學家寫反，他們搞不懂就西突厥部落聯盟的遺民而言，根本沒有能力同化回鶻人。因為，回鶻人西遷有接近三分之一的部眾（十五部），不少於南下的部分，保守估計約在30－50萬人之間。
據《資治通鑑·唐紀》：貞觀十二年，西突厥咥利失可汗分其國為十部，左廂號五咄陸，置五大啜。五啜者：一曰處木昆律，二曰胡陸屋闕，三曰攝舍提敦，四曰突騎施賀魯施，五曰鼠尼施處半。右廂號五弩失畢，置五大俟斤。五俟斤者：一曰阿悉結闕，二曰哥施闕，三曰拔塞幹敦沙缽，四曰阿悉結泥孰，五曰阿舒虛半。所謂十姓也。十姓中，處木昆、突騎施、鼠尼施最強，天寶以後，皆降附於吐蕃。烏孫、龜茲及伊列河、千泉諸處，俱見西域諸國。
這就是說，當時的西突厥只有10個核心部落，這10個核心部落在被唐滅後，散的散逃的逃，已經所剩下無幾。比如說，突騎施開始歸順於唐，但後來轉變為反唐。公元736年，唐軍大破突騎施，可汗蘇祿被殺，新可汗吐火仙、黑姓可汗爾微都被唐軍擒獲。再比如，西遷的回鶻人曾經與葛邏祿人融合，兩者且在後來與其他民族一起建立起了強大的喀喇汗王朝。
今天，葛邏祿人應是烏茲別克族的祖先之一，同時，維吾爾族中也有相當一部分為葛邏祿後裔，這即是回鶻人同化葛邏祿人的結果。另有一部分葛邏祿人跟隨九姓烏古斯的西征，融入到土克曼族、土耳其族之中，居住於阿富汗斯坦的葛邏祿人則成為部分普什圖族吉爾查伊部落的祖先。
還有，西突厥別部的沙陀人，原名處月，其首領曾經在武則天時被金滿州都督（今巴里坤一帶），後因吐蕃壓迫，一路遷徙，最終建立了後唐。但他們並不是西突厥別部處月種所能概括的，應是一個多民族的混合體，根據現有的資料，族源起碼還應包括突厥、回紇、粟特3個主要的民族成分， 每一民族之中，又包括若干部落，涵蓋了處月、處密 、射脾 、拔野古、同羅僕骨等等，也被回鶻人同化了不少。
至於高昌回鶻這一區域，北宋使臣王延德曾經到達過，並著《王延德使高昌記》，被收錄在《宋史》中，對其民族也作了記述，稱：所統有南突厥、北突厥、大眾熨、小眾熨、樣磨、割錄、黠戛司、末蠻、格哆族、預龍族之名甚眾。這些民族理所當然地被高昌回鶻所同化。而此時突厥一詞已經基本消失在中國中原史冊裡。
當然，西突厥滅亡後，還有一些原來不是突厥但受突厥所控的部落，他們自然而然地會在今日新疆這一區域繁衍下來，如塞人、于闐人、古羌人以及漢人、藏人和後來的西夏人、蒙古人等等，他們也都被回鶻人後來逐漸同化了。如《北史》記載中，有這樣一段關於于闐國人外貌特徵的描述：“自高昌以西諸國人等，深目高鼻，唯此一國（于闐），貌不甚胡，頗類華夏。”但于闐人基本都成了今天的維吾爾族。
事實是，新疆現有的10多世居民族絕大數是在清乾隆以後才有的，錫伯族、滿族、柯爾克孜族，甚至回族、蒙古族等。比如，新疆有兩個蒙古自治州，一個是博爾塔拉蒙古自治州，一個是巴音郭楞蒙古自治州，博爾塔拉蒙古自治州的蒙古族是當年乾隆平定準噶爾部的時候來的，巴音郭楞蒙古自治州的蒙古族是在乾隆平定準噶爾部之後十幾年，才東歸回到新疆的，他們和歷史上蒙古四大汗國之一的察合臺汗國並沒有多少關係。再比如回族，他們大量進入新疆，也是在乾隆以後，有人曾說早在13世紀，元朝政府就在阜康安置了三千多戶所謂回回人的“探馬赤軍”。但是，元朝時候所謂的回回，和今天的回族是大不同的。這是一個常識性的錯誤。
相對而言，塔吉克族在新疆的歷史要比維吾爾族早得多，一般認為，三千多年前的塞種人就是塔吉克人的直系祖先，還有些烏孫人、藏人成分，他們不是突厥語系的民族，一直都是生活在帕米爾高原。
公主堡位於塔什庫爾干塔吉克自治縣縣城以南約70公里的明鐵蓋(現在為卡拉其峽谷)，在古絲綢之路咽喉地段卡拉其峽谷的一座海拔4000多米的高山上，是中國目前所知的最高的古代城堡之一。這裡有一個關於塔吉克族來源的傳說：曾有一位波利斯國王，娶了一位漢族公主。迎親隊伍回到這裡，因戰亂遇阻，找到一處孤嶺危峰住下，周圍嚴密禁衛，任何外人不能上山。不想過了3個月。公主卻有了身孕。迎親使團十分惶懼。據公主貼身侍女稱，每天中午，有一個俊偉男子從太陽中騎馬下來與公主相會。迎親使團無法覆命，就在孤峰上築城。公主至期產子，接立為王，成了這片地區的統治者。
據此，塔吉克人自稱“漢日天種”。這種稱謂很有意味，它要比回鶻人公元840年西遷，以及公元540年始見於中國史冊的突厥一詞早出很多很多年。而在歷史發展中的歷朝歷代，新疆都沒能離開過漢族人，如今在新疆也有800多萬了。（文｜路生）
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