第二次世界大戰中，作為德國空軍建造數量最多，作戰用途最廣泛的雙引擎飛機，容克Ju88素有“萬能轟炸機”之稱，它可以承擔除了近距離空中格鬥之外的各種作戰任務！
這款轟炸機無論是水平轟炸、俯衝轟炸、遠程護航、偵察巡邏，還是夜間截擊、滑翔機拖曳、空投空運、反潛反艦，幾乎樣樣得心應手，被公認為德國空軍最成功的多功能空中作戰平臺，改型眾多，性能優異。
1940年到1942年德軍的容克88中型轟炸機一直安分守己，充當中程俯衝轟炸機使用，其機載裝備只有航空機槍，在駕駛艙前後、機鼻及機腹吊艙內設有4挺MG15型7.92毫米機槍，使用75發彈鼓供彈。
而那段時期蘇聯的在東線空軍力量還沒有完全恢復。因此就算有戰機前來攔截容克88機群，容克88轟炸機都能靠著它優秀的460公里每小時的航速與蘇聯的伊16戰鬥機進行周旋。
在戰爭期間容克Ju 88後來不斷強化火力，產生了不下40種武器配置方案，主要混裝彈鏈供彈的MG81Z 型7.92 毫米雙管機槍和MG131 型13 毫米機槍，數量4至6挺，部分改型甚至裝有20、30 毫米甚至75毫米的大口徑武器。
另外容克88的機腹彈艙內可以掛載1400公斤炸彈，在機翼內段還設有四處掛點，可以攜帶4 枚500公斤炸彈，不過通常情況下只掛載100公斤炸彈，總載彈量為1800至 2400公斤。
最值得一提的是：容克Ju88P型，它是專門的反坦克攻擊機改型，以Ju88A-4 為基礎，加強了裝甲防護，在機腹下掛載大型武器吊艙，配置多種型號的機載反坦克炮，具有強大的反裝甲能力。
由容克Ju 88A-4改裝而來的容克88P VI原型機裝上了一門75毫米Kwk 39火炮。火炮吊掛在機腹下巨大的整流罩內，1943年在雷吉林用繳獲的T-34坦克進行了測試，結果令人驚喜。
隨後小批量生產了容克Ju 88P-1，它有著巨大的機鼻，為發動機提供了裝甲防護，換裝更好的半自動PAK 40L型75毫米反坦克炮，共生產了大約40架。該機進行了大範圍的實戰測試，專門制訂了“火車殺手”戰術，因為這一需求在東線越來越迫切。
於是容克Ju 88P-2又改進登場，它機身下有一大型偏置整流罩，內裝雙聯37毫米BK 3.7加農炮。該炮炮口初速高，對付蘇軍坦克十分有效，成為專用的反坦克型。但也正因為如此該機喪失了空戰能力。
而容克Ju 88P-3裝甲更厚，大量裝備於東線的德軍攻擊機大隊。到了P-4型則換裝了更小的機炮整流罩，內裝一門BK5型50毫米機炮，在緊急情況下，容克P型可以拋棄武器吊艙。
德國人甚至還嘗試裝備固體燃料火箭發射架，可吊掛22枚火箭彈。並計劃為容克P-4型機換裝一門88-mm Düka 8.8型U艇用火炮和各種型號的火焰發射器，但都沒能投入實戰。
隨著東線的戰鬥越來越殘酷，對專用對地攻擊機的需求和要求也越來越高。但到了1943年東線戰局直轉之下，蘇聯空軍也大規模服役了雅克戰鬥機，因此德軍的容克88中型轟炸機的好日子也到頭了。
1943年德軍也再無可能對蘇聯發動大規模的空襲行動了，1943年列寧格勒戰役後期，容克88轟炸機大規模集機群最後出現在東線戰場上空。而到了1944年東線的制空權基本上已經牢牢掌握在蘇聯人手裡了。
到了1944年德國空軍的戰略俯衝轟炸機變成一種雞肋產物，因為在防禦戰中，容克轟炸機幾乎已經一無是處。但精明的德國人還是把手裡的裝備資源發揮到極致，容克轟炸機開始夜戰了！德國也成了最早掌握夜間空戰技術的國家之一。
1944年8月時，容克88轟炸機開始搖身一變，成了最重的戰術夜間攻擊機，其機載裝備簡直五花八門，擁有4挺MG 151/20毫米機炮，一挺MG131型13毫米重型機槍，一門37毫米傾斜式機炮，這架戰機成為了二戰中名副其實的空中要塞。
因為容克88型夜間戰鬥機的時速高達460公里左右，能夠追趕截擊盟軍使用大多數轟炸機型號。東線戰場不得志，在西線的防禦戰中又成了盟軍飛機的噩夢，任何盟軍的轟炸機與德軍88中型轟炸機在空中遭遇都是致命的。
整個1945年，容克88型夜間戰鬥機成為盟軍轟炸機群最害怕遭遇的空中殺手，而容克88型夜間戰鬥機不僅可以當戰鬥機用，還能充當對敵軍地面目標打擊的角色，其37毫米機炮，能夠輕易貫穿當時大多數盟軍坦克的車頂裝甲。
而喪心病狂的希特勒，他還想讓容克88轟炸機裝備上更加強大的航空火炮，把容克88型轟炸機變成名副其實的“飛行坦克”，可惜當時計劃最終是以試驗失敗而告終，不然那更會讓盟軍深感恐懼了！
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