第二次世界大战中，作为德国空军建造数量最多，作战用途最广泛的双引擎飞机，容克Ju88素有“万能轰炸机”之称，它可以承担除了近距离空中格斗之外的各种作战任务！
这款轰炸机无论是水平轰炸、俯冲轰炸、远程护航、侦察巡逻，还是夜间截击、滑翔机拖曳、空投空运、反潜反舰，几乎样样得心应手，被公认为德国空军最成功的多功能空中作战平台，改型众多，性能优异。
1940年到1942年德军的容克88中型轰炸机一直安分守己，充当中程俯冲轰炸机使用，其机载装备只有航空机枪，在驾驶舱前后、机鼻及机腹吊舱内设有4挺MG15型7.92毫米机枪，使用75发弹鼓供弹。
而那段时期苏联的在东线空军力量还没有完全恢复。因此就算有战机前来拦截容克88机群，容克88轰炸机都能靠着它优秀的460公里每小时的航速与苏联的伊16战斗机进行周旋。
在战争期间容克Ju 88后来不断强化火力，产生了不下40种武器配置方案，主要混装弹链供弹的MG81Z 型7.92 毫米双管机枪和MG131 型13 毫米机枪，数量4至6挺，部分改型甚至装有20、30 毫米甚至75毫米的大口径武器。
另外容克88的机腹弹舱内可以挂载1400公斤炸弹，在机翼内段还设有四处挂点，可以携带4 枚500公斤炸弹，不过通常情况下只挂载100公斤炸弹，总载弹量为1800至 2400公斤。
最值得一提的是：容克Ju88P型，它是专门的反坦克攻击机改型，以Ju88A-4 为基础，加强了装甲防护，在机腹下挂载大型武器吊舱，配置多种型号的机载反坦克炮，具有强大的反装甲能力。
由容克Ju 88A-4改装而来的容克88P VI原型机装上了一门75毫米Kwk 39火炮。火炮吊挂在机腹下巨大的整流罩内，1943年在雷吉林用缴获的T-34坦克进行了测试，结果令人惊喜。
随后小批量生产了容克Ju 88P-1，它有着巨大的机鼻，为发动机提供了装甲防护，换装更好的半自动PAK 40L型75毫米反坦克炮，共生产了大约40架。该机进行了大范围的实战测试，专门制订了“火车杀手”战术，因为这一需求在东线越来越迫切。
于是容克Ju 88P-2又改进登场，它机身下有一大型偏置整流罩，内装双联37毫米BK 3.7加农炮。该炮炮口初速高，对付苏军坦克十分有效，成为专用的反坦克型。但也正因为如此该机丧失了空战能力。
而容克Ju 88P-3装甲更厚，大量装备于东线的德军攻击机大队。到了P-4型则换装了更小的机炮整流罩，内装一门BK5型50毫米机炮，在紧急情况下，容克P型可以抛弃武器吊舱。
德国人甚至还尝试装备固体燃料火箭发射架，可吊挂22枚火箭弹。并计划为容克P-4型机换装一门88-mm Düka 8.8型U艇用火炮和各种型号的火焰发射器，但都没能投入实战。
随着东线的战斗越来越残酷，对专用对地攻击机的需求和要求也越来越高。但到了1943年东线战局直转之下，苏联空军也大规模服役了雅克战斗机，因此德军的容克88中型轰炸机的好日子也到头了。
1943年德军也再无可能对苏联发动大规模的空袭行动了，1943年列宁格勒战役后期，容克88轰炸机大规模集机群最后出现在东线战场上空。而到了1944年东线的制空权基本上已经牢牢掌握在苏联人手里了。
到了1944年德国空军的战略俯冲轰炸机变成一种鸡肋产物，因为在防御战中，容克轰炸机几乎已经一无是处。但精明的德国人还是把手里的装备资源发挥到极致，容克轰炸机开始夜战了！德国也成了最早掌握夜间空战技术的国家之一。
1944年8月时，容克88轰炸机开始摇身一变，成了最重的战术夜间攻击机，其机载装备简直五花八门，拥有4挺MG 151/20毫米机炮，一挺MG131型13毫米重型机枪，一门37毫米倾斜式机炮，这架战机成为了二战中名副其实的空中要塞。
因为容克88型夜间战斗机的时速高达460公里左右，能够追赶截击盟军使用大多数轰炸机型号。东线战场不得志，在西线的防御战中又成了盟军飞机的噩梦，任何盟军的轰炸机与德军88中型轰炸机在空中遭遇都是致命的。
整个1945年，容克88型夜间战斗机成为盟军轰炸机群最害怕遭遇的空中杀手，而容克88型夜间战斗机不仅可以当战斗机用，还能充当对敌军地面目标打击的角色，其37毫米机炮，能够轻易贯穿当时大多数盟军坦克的车顶装甲。
而丧心病狂的希特勒，他还想让容克88轰炸机装备上更加强大的航空火炮，把容克88型轰炸机变成名副其实的“飞行坦克”，可惜当时计划最终是以试验失败而告终，不然那更会让盟军深感恐惧了！
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