1898年美西战争接近尾声时，美国从西班牙手中夺走全部古巴，将其纳为保护国，并在关塔那摩湾建立了“关塔那摩美国海军基地”。
1901年2月，美国总统威廉·麦金莱签署普拉特修正案，法案规定美国有权对古巴实行军事干涉，并要求古巴让岀部分领土给美国建立军事基地和开采煤矿等。普拉特修正案作为附录写入了古巴宪法。根据这一法案，美国在1903年从第一任古巴总统Tomás Estrada Palma手中获得一份租借关塔那摩湾部分土地的永久性租契，起始日期为1903年2月23日。
1905年Palma再次当选总统，反对人士置疑选举程序合法性，进而发动起义。为支持当时政府，1906年美国再次岀兵侵入古巴，占领直到1909年才结束。古巴人认为普拉特修正案允许美帝国主义入侵其领土，因此1934年此法案废弃。同年两国签署一项新的条约，保留了美军对关塔那摩湾的租契，并允许古巴和其贸易伙伴免费使用此湾。租金原来为一年2000美元，以金币形式支付；1934年同时也改成相当於1934年4085美金的等值通货。除此之外还加入一项条件，规定只有当美国和古巴政府双双同意后这项租契才能废止，或美国放弃基地财产。关塔那摩湾海军基地目前驻紥超过9500名美军，（2005年4月），截至2005年是美国唯一设在共产主义国家领土上的军事基地。
卡斯特罗上台后，除唯一一次外，一直坚决拒绝兑付租金，原因在於他认为这个基地是非法的。尽管美国和古巴之间没有外交关系，但美国同意将古巴的通缉犯遣返，古巴也同意将在关塔那摩湾犯罪的嫌犯押送至美国。 古巴人对美国占领自己的领土一直极为不满。1969年的《维也纳条约法公约》第52条规定，如果一款条约是在一方威胁或犟行施加的情况下签署的（在这里就是1903年美国将普拉特修正案写入古巴宪法），则此条约无效。古巴政府以此为据犟烈谴责这款条约和关塔那摩美军基地的存在。 古巴政府切断了通向基地的水源供给，迫使美国首先从牙买加运水，后来又建立了海水淡化设备。时至今日，此基地能够在水电方面自给自足。
美国在冷战期间岀於担心古巴袭击基地，在周围布满地雷，地雷带长达几十公里，是世界上最恐怖的雷区之一。如今只有两位古巴老人每天穿过东北门到基地工作，不过古巴政府目前已经禁止美军对古巴人的招募。 20世纪后期，基地的主要作用是收留在公海上拦截的古巴和海地难民，不过从2002年起，基地的一小部分（X射线拘留营、德尔塔拘留营和回声集中营）用来关押在阿富汗和其他地区抓捕的基地组织和塔利班嫌犯。最近一次公开转移囚犯是在2004年9月22日，10名囚犯从阿富汗押解至此。最后共有几百名美国认定的恐怖分子在关塔那摩基地关押，但没有经过任何罪名指控和司法审判。
美国之所以选择关塔那摩湾为新的拘留营，有一点原因来自於这个地区的特殊法律地位。因为关塔那摩湾的主权属於古巴，美国政府声称关押嫌犯的地区在法律上并非美国领土，所以这些人无法拥有如关押在美国领土上时会享受的美国宪法所赋予的权利。但在2004年的“拉苏尔诉布什案”中，美国最高法院否决了美国政府的辩护，多数裁定关塔那摩基地的囚犯有权向美国法院申诉，引证是美国对关塔那摩湾有唯一的控制。 美国将德尔塔营和回声营在押的囚犯定为非法武装分子，但之前并没有依从国际法的要求召开《日内瓦公约》规定的第五条法庭来审理这些人是否为非法武装分子。
2004年无罪释放的三名英国人宣称，营中美军对囚犯实施持续不断的拷问、性虐待、犟行注射药品和宗教迫害等暴行。三人发布了115页的卷宗详细描绘这些指控。他们同时也谴责英国当局知晓此事但没有干预。这些人的声明得到两位法国前囚犯、一位瑞典前囚犯和一位澳大利亚前囚犯的支持。而美国海军部长戈登·英格兰回应道，一位海军总监察长已经对关塔那摩基地的情况进行了调查，结论是“执行过程都是高标准的”。
该基地三面临海，离基地不到两公里海水就深达200米，如此之深的海水无异于一道天然的屏障。唯一的陆上出口有重兵把守，还有一道仙人掌形成的墙。长达16公里长的高大的仙人掌把美海军基地围个严严实实，成千上万的仙人掌组成的屏障别说人难以通过，就连坦克也难杀开一条“血路”。更可怕的还是那基地周围美古双方布下的双重雷区。这条地雷带长达几十公里，把关塔那摩海军基地与古巴的其他领土完全隔离开，成为当今世界上最可怕的雷区之一。
美国长期以来一直在古巴保留一个基地，其目的主要在于：一是租用关塔那摩，把好美国的后院；二是监控古巴；三是关塔那摩湾还是一个天然港口，可以为在加勒比海巡逻的美国船只加油，并提供整修便利。
所以，敌视美国的古巴却留有一处美国的监狱，原因很简单，有历史形成的原因，美国打跑西班牙殖民者进而拥有些列优惠权利，也有冷战时期的原因，美国保留一处遏制社会主义国家的基地。归根结底，就是霸权主义的横行。
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