1868年，就在蒲安臣使團岀訪西方時，國內的教會及傳教士與中國人的矛盾衝突卻日益加劇起來，最終在1870年釀成了震驚中外的天津教案，最後雖然平息，但傳教士和中國人的矛盾並沒有解決，最後還引發了義和團運動，導致八國聯軍佔領北京，成為壓垮大清王朝的最後一根稻草。
晚清時期進入中國的外國人主要有三種：商人、外交人員和傳教士。其中商人和外交人員的態度是強勢的，目的是明確的，就是為了賺錢。而傳教士們的態度是溫和的，但目的是不明確的，他們的活動是隱秘的，而且他們深入民眾之間，他們的行為無法掌控。在當時清朝人看來，這幫人不為名、不為利，自掏腰包，還倒貼錢給民眾，天底下那有這種好事，看來其中必有不可告人的目的，這個陰謀論就來了。
天津教案
在官員們看來，隨著中國教徒越來越多，傳教士在民眾中的號召力越來越強，而且還分化朝廷在民眾心目的權威，都信上帝去了，誰還信皇上？看來外國人是要鼓動民眾造反。那個洪秀全不是搞了土洋結合的“拜上帝會”，才搞定，這正宗的上帝是不是又要來鬧事？
在鄉村的士紳們看來，聖人孔子基本上就是傳教士心中的耶穌，儘管孔子和上帝沒有一點關係，傳說就是一個私生子。而孔子和耶穌的思想根本就是排斥對立的，如孔子說君為臣綱，夫為妻綱，父為子綱，那是不可逾越的等級社會，耶穌說上帝面前人人平等；孔子是君要臣死，臣不得不死，父要子亡，子不得不亡。耶穌說人的生命神聖不可侵犯。這就是大逆不道。
在底層老百姓看來，一是對西方的文化是陌生的，同時又充滿恐懼和排斥。比如西方的醫學是建立在人體解剖學基礎上的，解剖屍體做成標本，供醫生研究。治病時，外科醫生開膛剖肚，滿身是血，這就是傳說中的妖怪。二是中國的百姓和中國教徒之間的矛盾衝突日益加劇，而西方的教會在衝突中往往庇護教民，中國地方政府又不敢惹教會。同時，教民中魚龍混雜、良莠不齊，其中不良分子自恃教會的庇護，犯罪不服官府判決，逃避賦稅和勞役，引起百姓的不滿。
1870年，天津民眾與法國傳教士之間發生了一次大規模的衝突，這就是著名的“天津教案”。事情的起因是這樣的，當時天津境內，時常發生幼童失蹤的事件，而當地教堂從慈善的角度出發，經常收留棄嬰和孤兒，當地民眾一聯想，認為教會拐騙嬰兒。於是謠言滿天飛，認為修女們收養兒童，是為了害死他們，並挖出幼兒的眼睛和心臟製作迷魂藥和其他怪藥。恰好在當年的6月，一種傳染病導致教會育嬰堂三四十名嬰兒死亡，當嬰兒的屍體被當地民眾發現後，教會拐騙並殘害兒童的說法得到了表面的印證。民眾的怒火被點燃，一場大規模的衝突爆發了。
6月21日，天津民眾打死法國駐天津領事豐大業及隨從3人，打死傳教士17人，燒燬了法國領事館和兩處法國教堂，四處美英教堂。教案發生後，法國向中國沿海增派軍艦，戰爭一觸即發。朝廷命直隸總督曾國藩處理，曾國藩陷入兩難境地，如果法方要求得不到滿足，中外可能重新開戰；如果天津民眾的意願得不到滿足，“愚民一旦憤激，致成大變”，搞不定又來一場太平天國暴亂。無奈只有硬著頭皮上，曾國藩經過多方調查，仔細瞭解了事件的經過，認定洋人挖眼剖心之說是誣告，於是張貼告示：“查拿兇犯，修葺教堂，嚴禁滋事，並將天津知府、知縣撤職。”
時任直隸總督曾國藩
曾國藩的處置決定，在朝野引起軒然大波，朝中士大夫口誅筆伐，大罵他“媚外賣國”，當然，這既有朝廷中的保守力量對曾國藩的攻擊，也有慈禧太后擔心曾國藩功高蓋主，尾大不掉而背後的推動。朝廷隨後將其調離，由李鴻章接任。一代中興名臣，竟落得個漢奸賣國賊的稱號，實在是令人嘆息。這對視名譽為生命的曾國藩深受刺激，自稱“沒想到老來遭此大禍，心膽俱裂”。這件事對曾國藩打擊太大，1872年3月，曾國藩病逝，死後追封為“太傅”頭銜，諡號“文正”。
李鴻章經過調查後，仍維持曾國藩的結論，這件事在今天看來，嬰兒眼睛和心臟怎麼能製作藥品，但在當時老百姓的態度是，信不信由你，反正俺信了，所以說群眾運動往往有著愚昧、盲從和非理性。最後，“天津教案”的處理結果是：知府張光藻、知縣劉傑流放黑龍江。18名殺死洋人的中國人被處斬，另外25個參與者充軍；賠償外方損失費46萬兩白銀；並派三口通商大臣崇厚前往法國，專程致歉。
這個判決今天看來還是基本正確。當時，全國除天津外，揚州、臺灣、南京等地教案時有發生，民眾的排外情緒如同乾柴，極易被點燃。“天津教案”的處理，使全國的局勢得以控制，避免了更大規模的類似“義和團運動”盲目排外事件的發生。
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