1868年，就在蒲安臣使团岀访西方时，国内的教会及传教士与中国人的矛盾冲突却日益加剧起来，最终在1870年酿成了震惊中外的天津教案，最后虽然平息，但传教士和中国人的矛盾并没有解决，最后还引发了义和团运动，导致八国联军占领北京，成为压垮大清王朝的最后一根稻草。
晚清时期进入中国的外国人主要有三种：商人、外交人员和传教士。其中商人和外交人员的态度是强势的，目的是明确的，就是为了赚钱。而传教士们的态度是温和的，但目的是不明确的，他们的活动是隐秘的，而且他们深入民众之间，他们的行为无法掌控。在当时清朝人看来，这帮人不为名、不为利，自掏腰包，还倒贴钱给民众，天底下那有这种好事，看来其中必有不可告人的目的，这个阴谋论就来了。
天津教案
在官员们看来，随着中国教徒越来越多，传教士在民众中的号召力越来越强，而且还分化朝廷在民众心目的权威，都信上帝去了，谁还信皇上？看来外国人是要鼓动民众造反。那个洪秀全不是搞了土洋结合的“拜上帝会”，才搞定，这正宗的上帝是不是又要来闹事？
在乡村的士绅们看来，圣人孔子基本上就是传教士心中的耶稣，尽管孔子和上帝没有一点关系，传说就是一个私生子。而孔子和耶稣的思想根本就是排斥对立的，如孔子说君为臣纲，夫为妻纲，父为子纲，那是不可逾越的等级社会，耶稣说上帝面前人人平等；孔子是君要臣死，臣不得不死，父要子亡，子不得不亡。耶稣说人的生命神圣不可侵犯。这就是大逆不道。
在底层老百姓看来，一是对西方的文化是陌生的，同时又充满恐惧和排斥。比如西方的医学是建立在人体解剖学基础上的，解剖尸体做成标本，供医生研究。治病时，外科医生开膛剖肚，满身是血，这就是传说中的妖怪。二是中国的百姓和中国教徒之间的矛盾冲突日益加剧，而西方的教会在冲突中往往庇护教民，中国地方政府又不敢惹教会。同时，教民中鱼龙混杂、良莠不齐，其中不良分子自恃教会的庇护，犯罪不服官府判决，逃避赋税和劳役，引起百姓的不满。
1870年，天津民众与法国传教士之间发生了一次大规模的冲突，这就是著名的“天津教案”。事情的起因是这样的，当时天津境内，时常发生幼童失踪的事件，而当地教堂从慈善的角度出发，经常收留弃婴和孤儿，当地民众一联想，认为教会拐骗婴儿。于是谣言满天飞，认为修女们收养儿童，是为了害死他们，并挖出幼儿的眼睛和心脏制作迷魂药和其他怪药。恰好在当年的6月，一种传染病导致教会育婴堂三四十名婴儿死亡，当婴儿的尸体被当地民众发现后，教会拐骗并残害儿童的说法得到了表面的印证。民众的怒火被点燃，一场大规模的冲突爆发了。
6月21日，天津民众打死法国驻天津领事丰大业及随从3人，打死传教士17人，烧毁了法国领事馆和两处法国教堂，四处美英教堂。教案发生后，法国向中国沿海增派军舰，战争一触即发。朝廷命直隶总督曾国藩处理，曾国藩陷入两难境地，如果法方要求得不到满足，中外可能重新开战；如果天津民众的意愿得不到满足，“愚民一旦愤激，致成大变”，搞不定又来一场太平天国暴乱。无奈只有硬着头皮上，曾国藩经过多方调查，仔细了解了事件的经过，认定洋人挖眼剖心之说是诬告，于是张贴告示：“查拿凶犯，修葺教堂，严禁滋事，并将天津知府、知县撤职。”
时任直隶总督曾国藩
曾国藩的处置决定，在朝野引起轩然大波，朝中士大夫口诛笔伐，大骂他“媚外卖国”，当然，这既有朝廷中的保守力量对曾国藩的攻击，也有慈禧太后担心曾国藩功高盖主，尾大不掉而背后的推动。朝廷随后将其调离，由李鸿章接任。一代中兴名臣，竟落得个汉奸卖国贼的称号，实在是令人叹息。这对视名誉为生命的曾国藩深受刺激，自称“没想到老来遭此大祸，心胆俱裂”。这件事对曾国藩打击太大，1872年3月，曾国藩病逝，死后追封为“太傅”头衔，谥号“文正”。
李鸿章经过调查后，仍维持曾国藩的结论，这件事在今天看来，婴儿眼睛和心脏怎么能制作药品，但在当时老百姓的态度是，信不信由你，反正俺信了，所以说群众运动往往有着愚昧、盲从和非理性。最后，“天津教案”的处理结果是：知府张光藻、知县刘杰流放黑龙江。18名杀死洋人的中国人被处斩，另外25个参与者充军；赔偿外方损失费46万两白银；并派三口通商大臣崇厚前往法国，专程致歉。
这个判决今天看来还是基本正确。当时，全国除天津外，扬州、台湾、南京等地教案时有发生，民众的排外情绪如同干柴，极易被点燃。“天津教案”的处理，使全国的局势得以控制，避免了更大规模的类似“义和团运动”盲目排外事件的发生。
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