北京淪陷後，史可法等人在南京擁立福王朱由崧，建立弘光政權，魯王朱以海於浙江紹興監國；而唐王在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，而兩個南明政權為爭奪正統地位互相攻伐。1651年在舟山群島淪陷後，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門。隆武帝屢議出師北伐，因得不到鄭芝龍的支持而無疾而終。1646年，清軍攻佔浙江與福建，魯王逃亡海外，隆武帝於汀州逃往江西時被俘，鄭芝龍向清軍投降，然而由於其子鄭成功反清而被清廷囚禁。朱聿鍵之弟朱聿鐭在廣州受蘇觀生及顧元鏡擁立，即紹武帝，於同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔 肇慶稱帝，即永曆帝。
1646年永曆政權獲得瞿式耜、張獻忠等勢力以及福建鄭成功勢力的支持下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領先後反正，如1648年江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而於同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先後佔領湖南、廣東等地。兩年後，李定國、孫可望與鄭成功發動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京，但最後因內部孫可望叛變及反清勢力鞭長莫及與之間的貌合神離最終導致節節敗退。1661年清軍三路攻入雲南，永曆帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達收留。後吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發動政變，殺死其兄後於8月12日發動咒水之難，殺盡朱由榔侍從近衛，朱由榔最後被吳三桂所殺，南明亡。
李自成在湖南抗清失敗後，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，稱為夔東十三家軍。1662年清軍開始攻打，到1664年首領李來亨被殺而亡。鄭成功在南京之戰失敗後退回金廈，於1661年率軍攻佔荷蘭佔據的臺灣，定都東寧。其子鄭經曾參與三藩之亂，率軍參與反攻失利。1683年，康熙帝命施琅進攻明鄭。施琅大敗攻克澎湖，給臺灣造成戰略威脅，明朱術桂攜五妃自殺殉國，最後一股抗清勢力覆滅。
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