儘管不太贊同山本力主的中途島作戰，但本次戰役畢竟事關國家的生死存亡，此刻在東京軍令部的作戰室裡，總長永野、次長伊藤、作戰部長福留、作戰課長富岡等一眾大腕正襟危坐，神情肅穆。前方接連傳來的壞消息令現場氣氛幾近窒息。在收到“飛龍”號起火的噩耗之後，大家普遍認為本次作戰失敗已成定局。南雲損失了全部4艘最好的航空母艦，而美軍中途島陸基航空兵並未被完全殲滅，且至少還有1-2艘完好無損的航母。這種情況下，東京的戰略家們認為，繼續戰鬥下去無疑是愚蠢的。
永野最擔心的還不是眼下的損失，他擔心山本為挽回敗局，用全部兵力孤注一擲去跟美軍佔壓倒優勢的航空兵死拼。鑑於山本的倔強個性和巨大威望，永野並未貿然對前線作出干預。後來富岡回憶說，“雖然當時大家都非常擔心，但一直沉默地注視著戰局的發展，沒有發出任何命令或建議，完全聽任山本大將自行指揮作戰。”當前方傳來聯合艦隊全線撤退的消息後，永野等人終於鬆了一口氣。
此時最傷心的莫過三代。為反對中途島作戰他曾經痛哭流涕，現在那可怕的預言終於成了現實。從這時起，三代知道日本已經輸掉了整個戰爭。飛行員出身的他明白，損失那麼多航母、飛機和飛行員最終意味著什麼。
5日0時30分，青木已經在“赤城”號上自綁了快兩個小時。增田對此非常擔心，他讓“嵐”號放下1艘小艇，自己與航海長三浦義四郎海軍中佐一同再次登艦，敦勸青木放棄與艦共存亡的決心。三浦勸誡艦長：航母最終將由自己的魚雷擊沉，而不是被敵人擊沉，艦長無需為此做出不必要的犧牲。青木不予認可。隨後資歷比青木深的有賀大佐登艦，嚴令青木必須即刻離艦。青木這才半推半就，同意撤離。隨後眾人都安全轉移到驅逐艦上。對青木來說，還不如這時死了好。作為唯一生還的艦長，青木回國不久就被打入預備役，恥辱、愧疚和自責將陪伴他度過餘生。
5日4時50分，有賀接到了南雲轉來的擊沉“赤城”號的命令。拂曉前的海面上，大霧中的“赤城”號隱約可見。有賀率領“嵐”號、“野分”號、“萩風”號、“舞風”號以12節航速從船尾向前繞過“赤城”號，像一隊執槍行刑的士兵一樣。4艦各自向航母發射了一條魚雷，之後在艦首處集合。劇烈爆炸在右舷激起了沖天水柱。驅逐艦的欄杆處，擠滿了淚流滿面的倖存水兵，他們親眼目睹“赤城”號低下高傲的頭，向大海屈服。5時20分，航母艦尾高高豎起，指向空中，“舞風”號艦長中杉回憶說，它的沉沒“就像是被一隻巨大的手拉入海中似的”。眾人一起高呼“萬歲！‘赤城’號萬歲！”開戰以來橫行霸道的南雲旗艦終於緩緩消失在北緯30度30分、西經179度08分的海面上，267名水兵隨艦陪葬。海面上泛起的無數泡沫，證明了它的逝去。
“野分”號艦長古閒孫太郎海軍中佐曾回憶起當時的一幕，當他用強大的氧氣魚雷射擊自己的航母時，有多麼痛心！“赤城”號竟成了他戰爭中射擊的第一個目標。三大祥瑞之一的“野分”號從此一發而不可收，繼續“發揚傳統”擊沉友艦無數，最終榮膺“補槍王”的光榮稱號。
從截獲的往來電文中，細萱已經知曉南雲第一機動部隊遭遇了重大挫折的不幸消息。在與參謀長中澤佑商議之後，細萱於5日上午8時致電“大和”號：“從全局出發，建議暫時終止阿留申作戰，將全部力量集中於中途島方向。”最後細萱指出，截至目前，只有角田部隊暴露了行蹤，他和高須均未被美軍發現。
中途島之戰註定已經失敗，北方部隊再空手而歸，歸國後如何向天皇和民眾交代？宇垣適時提出建議，適當增強北方的實力，阿留申作戰按原計劃進行，務求必勝，以挽回最後的一點面子。山本對此表示贊同。中午前後，細萱收到宇垣的電報，要給北方部隊再增加部分艦隻，同時詢問作戰能否按計劃進行。細萱立即心領神會，這正是他求之不得的事情。原來的主戰場從中途島移到了阿留申，這是之前撈不到仗打的第五艦隊建功立業的絕佳機會。在和中澤簡單溝通後，細萱迅疾回電：“在得到部分增援後，攻略作戰可順利進行。”
細萱將之前的計劃作了一個微小的變動，取消了在阿達克島登陸的計劃。因為新發現的美軍沃特角機場距那裡只有650公里，處於美軍陸基戰機的打擊範圍之內。他電令在阿達克島西南415公里處的大森仙太朗海軍少將，率攻略部隊回師攻佔阿圖島。
既然主戰場已經北移，第二機動部隊南下已經毫無意義。山本於6日12時59分同時電令角田、細萱和高須：“第二機動部隊交還北方部隊。”
山本預料由於取消中途島作戰，美國人會變本加厲誓死保衛阿留申。當晚23時20分，他向北方部隊調去了“金剛”號、“比叡”號快速戰列艦，“利根”號和“築摩”號重巡洋艦，輕型航母“瑞鳳”號也受命前往北方，補充角田的攻擊力量。同時前往阿留申的還有“神川丸”號水上飛機母艦及第二潛艇戰隊、第十三潛艇分隊的14艘潛艇。山本希望，北方作戰能夠創造殲敵機會。用宇垣的話就是，“聯合艦隊希望有機會能報中途島的一箭之仇”。
在華盛頓，美國海軍部已經被謹慎地守衛起來了。6月5日上午發佈的最新消息表明，太平洋上正在進行一場事關國家命運的大海戰，形勢對美國人似乎有利。金上將始終關注著戰局的進展。儘管日軍在中途島遭遇挫折，但他們的戰略意圖依然不明。金猜測，日軍的第二個航母打擊群可能已經離開阿留申群島，“我認為，該部隊的一部分或者全部極有可能在4日夜或5日晨離開了北方區域，去西南與中途島撤退的部隊——可能還包含聯合艦隊其它部分——匯合”。金的意見遭到西北海疆司令查爾斯·弗里曼海軍少將的反對，他認為北方戰局在持續惡化，日本人採取了令人頭疼的“貓戲老鼠”戰術，“在發動全面進攻前就已使我軍疲於本命”。既然中途島大局已定，金當然應該迅速增援“即將陷入絕境的阿拉斯加”。
隨後金果真改變了主意，要求尼米茲考慮派“薩拉託加”號或一支強大的特混艦隊前往北方，應對那裡即將出現的威脅。
日本投降儀式上的富岡定俊（重光葵右手邊）
美國海軍總司令、作戰部長金上將
日本海軍軍令部總長永野修身
細萱戊子郎
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