昌吉回族自治州是新疆維吾爾自治區的下轄行政區之一。地處天山北麓、準噶爾盆地東南緣，東鄰哈密市，西接石河子市，南與吐魯番市、巴音郭楞蒙古自治州毗連，北與塔城、阿勒泰地區接壤，東北與蒙古國交界，邊境線227.3公里，是古代“絲綢之路”新北道通往中亞、歐洲諸國的必經之路。
全州東西長541千米，南北寬285千米。昌吉回族自治州下轄5縣2市。
州域內駐有新疆生產建設兵團24個團場以及烏魯木齊石化總廠、準東石油基地、瑪納斯電廠等一批中央、自治區所屬企事業單位。
，本境屬西域36國之一的車師國，後車師國分前部和後部，本境即屬車師後部。
公元前102年，漢在西域設“使者校尉”時，漢軍隊便統治了這一地區。漢宣帝元康四年（公元前62年）在北庭（今吉木薩爾縣）設戊己校尉，前後行政400餘年。
公元3世紀初至6世紀中葉，境內先後為高車、柔然、突厥、西突厥鐵勒部等部族遊牧駐地。唐貞觀十四年（公元640年），設庭州，轄金滿、輪臺、蒲類、西海四縣，相當於今昌吉州的大部分地區。
武后長安二年（公元702年）設北庭大都護府，轄天山以北，巴爾喀什湖以南的廣大地區，譜寫出古西域史上最輝煌的篇章。
宋時，本境先後屬吐蕃、回鶻汗國。
元憲宗初年（公元1229年），在本境設“尚書省”，後元國勢頹敗，西域各自為政，本境屬察合臺汗國。
明朝和清朝前期屬準噶爾汗國。1697年，清康熙滅噶爾丹部，本境隨歸清朝。乾隆二十七年（公元1762年），本境屬伊犁將軍管轄，後乾隆在迪化設鎮迪道，轄本境大部，光緒十年（公元1884年），新疆建省，昌吉州大部歸迪化府。本境還屬“烏嚕木齊”地區（是嚕非魯，當時烏魯木齊市屬於烏嚕木齊地區）。
1954年7月8日成立昌吉回族自治區，轄昌吉、烏魯木齊、米泉三縣。
1955年3月11日改名為昌吉回族自治州，1958年將瑪納斯、呼圖壁、奇台、吉木薩爾、阜康、木壘等縣劃入本州管轄。
1959年將烏魯木齊縣劃歸烏魯木齊。
1983年後，昌吉市、阜康縣、米泉縣相繼建市。
2007年，《自治區人民政府關於調整昌吉回族自治州與烏魯木齊市行政區劃的通知》：根據《國務院關於同意新疆維吾爾自治區調整昌吉回族自治州與烏魯木齊市行政區劃的批覆》精神，將昌吉回族自治州米泉市併入烏魯木齊市，撤銷米泉市和烏魯木齊市東山區，設立烏魯木齊市米東區。行政區劃調整以後，烏魯木齊市行政區域面積由10900.77平方千米增加到14216.3平方千米，昌吉回族自治州行政區域面積由76975.94平方千米減至73660.41平方千米。8月1日，米東區正式掛牌成立。
截至2005年，昌吉州轄2個縣級市、4個縣、1個自治縣：昌吉市、阜康市和瑪納斯縣、呼圖壁縣、吉木薩爾縣、奇臺縣、木壘哈薩克自治縣。境內還有新疆生產建設兵團的24個團場。
昌吉回族自治州州域圖
面積73660平方千米，人口1428587人。
昌吉市 面積 7981平方千米，人口426253人。郵編831100。
阜康市 面積 8545平方千米，人口165006人。郵編831500。
呼圖壁縣 面積 9518平方千米，人口210201人。郵編831200。縣人民政府駐呼圖壁鎮。
瑪納斯縣 面積 9154平方千米，人口237558人。郵編832200。縣人民政府駐瑪納斯鎮。
奇臺縣 面積16709平方千米，人口210566人。郵編831800。縣人民政府駐奇台鎮。
吉木薩爾縣 面積 8170平方千米，人口113284萬人。郵編831700。縣人民政府駐吉木薩爾鎮。
木壘哈薩克自治縣 面積13582平方千米，人口65719人。郵編831900。自治縣人民政府駐木壘鎮。
* 此處區劃地名資料截至2005年12月；面積數據根據《中華人民共和國行政區劃簡冊（2006）》，人口數據根據第六次人口普查，人口截至2010年底。
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