昌吉回族自治州是新疆维吾尔自治区的下辖行政区之一。地处天山北麓、准噶尔盆地东南缘，东邻哈密市，西接石河子市，南与吐鲁番市、巴音郭楞蒙古自治州毗连，北与塔城、阿勒泰地区接壤，东北与蒙古国交界，边境线227.3公里，是古代“丝绸之路”新北道通往中亚、欧洲诸国的必经之路。
全州东西长541千米，南北宽285千米。昌吉回族自治州下辖5县2市。
州域内驻有新疆生产建设兵团24个团场以及乌鲁木齐石化总厂、准东石油基地、玛纳斯电厂等一批中央、自治区所属企事业单位。
，本境属西域36国之一的车师国，后车师国分前部和后部，本境即属车师后部。
公元前102年，汉在西域设“使者校尉”时，汉军队便统治了这一地区。汉宣帝元康四年（公元前62年）在北庭（今吉木萨尔县）设戊己校尉，前后行政400余年。
公元3世纪初至6世纪中叶，境内先后为高车、柔然、突厥、西突厥铁勒部等部族游牧驻地。唐贞观十四年（公元640年），设庭州，辖金满、轮台、蒲类、西海四县，相当于今昌吉州的大部分地区。
武后长安二年（公元702年）设北庭大都护府，辖天山以北，巴尔喀什湖以南的广大地区，谱写出古西域史上最辉煌的篇章。
宋时，本境先后属吐蕃、回鹘汗国。
元宪宗初年（公元1229年），在本境设“尚书省”，后元国势颓败，西域各自为政，本境属察合台汗国。
明朝和清朝前期属准噶尔汗国。1697年，清康熙灭噶尔丹部，本境随归清朝。乾隆二十七年（公元1762年），本境属伊犁将军管辖，后乾隆在迪化设镇迪道，辖本境大部，光绪十年（公元1884年），新疆建省，昌吉州大部归迪化府。本境还属“乌噜木齐”地区（是噜非鲁，当时乌鲁木齐市属于乌噜木齐地区）。
1954年7月8日成立昌吉回族自治区，辖昌吉、乌鲁木齐、米泉三县。
1955年3月11日改名为昌吉回族自治州，1958年将玛纳斯、呼图壁、奇台、吉木萨尔、阜康、木垒等县划入本州管辖。
1959年将乌鲁木齐县划归乌鲁木齐。
1983年后，昌吉市、阜康县、米泉县相继建市。
2007年，《自治区人民政府关于调整昌吉回族自治州与乌鲁木齐市行政区划的通知》：根据《国务院关于同意新疆维吾尔自治区调整昌吉回族自治州与乌鲁木齐市行政区划的批复》精神，将昌吉回族自治州米泉市并入乌鲁木齐市，撤销米泉市和乌鲁木齐市东山区，设立乌鲁木齐市米东区。行政区划调整以后，乌鲁木齐市行政区域面积由10900.77平方千米增加到14216.3平方千米，昌吉回族自治州行政区域面积由76975.94平方千米减至73660.41平方千米。8月1日，米东区正式挂牌成立。
截至2005年，昌吉州辖2个县级市、4个县、1个自治县：昌吉市、阜康市和玛纳斯县、呼图壁县、吉木萨尔县、奇台县、木垒哈萨克自治县。境内还有新疆生产建设兵团的24个团场。
昌吉回族自治州州域图
面积73660平方千米，人口1428587人。
昌吉市 面积 7981平方千米，人口426253人。邮编831100。
阜康市 面积 8545平方千米，人口165006人。邮编831500。
呼图壁县 面积 9518平方千米，人口210201人。邮编831200。县人民政府驻呼图壁镇。
玛纳斯县 面积 9154平方千米，人口237558人。邮编832200。县人民政府驻玛纳斯镇。
奇台县 面积16709平方千米，人口210566人。邮编831800。县人民政府驻奇台镇。
吉木萨尔县 面积 8170平方千米，人口113284万人。邮编831700。县人民政府驻吉木萨尔镇。
木垒哈萨克自治县 面积13582平方千米，人口65719人。邮编831900。自治县人民政府驻木垒镇。
* 此处区划地名资料截至2005年12月；面积数据根据《中华人民共和国行政区划简册（2006）》，人口数据根据第六次人口普查，人口截至2010年底。
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