公元388年十月，前秦苻登大軍將後秦姚萇團團圍住，雙方將士，在進行了一波驚天地泣鬼神的“哭戰”之後，紛紛撤軍，由進攻轉為對峙模式。
苻登想到祖父苻堅死於姚萇之手，夜不能寐，夙夜興嘆。
公元389年正月，苻登毅然再次起兵，直指姚萇。前秦將士視死如生，一往無前，後秦軍不能阻擋，連戰皆敗。
苻堅對姚萇，可以說比對慕容垂還要好，尤其是封他為龍驤將軍。龍驤將軍本是苻堅先祖苻洪曾經做過的官職，後來賜予了苻堅，寄予厚望！苻堅代苻生之後，“龍驤之號未曾假人”，直到姚萇的出現。苻堅此舉，雖有籠絡羌族勢力的原因，但更是對姚萇的信任，事實上，姚萇日後病死，也正因苻堅的禮遇有加，而心生愧疚。
姚萇心中十分害怕，不禁懷疑是不是苻堅在暗中相助苻登，正所謂“平生不做虧心事，半夜不怕鬼敲門”，姚萇趕忙在軍中設苻堅靈位及雕像，日日禱告。
“陛下啊，當初我的兄長姚襄北渡黃河，不過是狐死首丘，想回老家而已，可陛下您卻將他在半道截殺。亡兄心中有怨，故託夢命我替他報仇，所以說殺害您，這根本不是我的本意；陛下您說說看，苻登與您，不過是要出五服的遠親，還日夜叨唸報仇，臣給臣的親哥哥報仇這事兒於情理何負！再者說了，往日您封我龍驤將軍的時候怎麼說的？‘卿其勉之！’這不就是叫我效法你以龍驤建功立業麼！現在臣就是按照您的英明指示。陛下雖過世為神，又豈能保佑苻登來害我？難道您都忘了您賜我龍驤將軍鼓勵我的話了嗎？現在我給你立了神像，您魂靈有歸，早晚供奉不缺，請不要計較我的過錯！”
這番操作。。。。。。大家也不好說什麼，可是苻登惱了！他登上樓車痛罵姚萇：“自古至今，哪有弒君又為君立神像求福者？這能有用？弒君之賊姚萇速出，我要和你決一死戰，以免枉害無辜之人！”
姚萇大氣不敢出，高掛免戰，閉營不出。
可是這又有什麼用？自打立了神像，作戰並沒有得利，軍中每夕數驚，姚萇只好趕緊把苻堅神像的頭斬了下來。。。。。。
這番操作，大家懵了，“大哥，你也是一國之君，怎能這麼膽小。”
公元389年三月，苻登親率萬餘騎兵攻克安定（今甘肅涇川北涇河北），五月，苻登發兵進攻後秦，後秦屢戰屢敗。姚萇為挽回敗局，遣姚崇偷襲大界，結果苻登將計就計，在安丘（今甘肅靈臺境）以伏兵攔擊，大敗姚崇，俘獲及斬首兩萬餘人。
七月，苻登乘勝攻克平涼（今甘肅華亭西）。八月，苻登又據苟頭原（今甘肅涇州西北）進逼安定，諸將勸姚萇與其決戰，姚萇搖頭，思量許久，說：“與窮寇競勝，兵家之下。吾將以計取之”。留姚旻守安定，自率三萬輕騎夜襲前秦輜重地，攻克大界，殺前秦毛後及南安王苻尚，擒名將數十人，驅掠男女五萬餘人而還。
毛皇后，年有二十有一，將門之後，英勇善戰，遭襲之後，以弓箭射死甚多後秦士兵之後，被擒，死前大罵姚萇“姚萇無道，前害天子（指苻堅），今辱皇后（就是她），皇天后土，寧不鑑照！”
後親諸將還欲乘亂而擊，姚萇認為：“登眾雖亂，怒氣猶盛，未可輕也”。遂止。姚萇見安定地狹，且離苻登很近，便使姚碩德鎮安定，遷安定千餘家於陰密，遣其弟徵南將軍姚靖鎮之。
九月，苻堅之婿，重振仇池的前秦驍將楊定攻克後秦隴城、冀城，斬姚常，捉邢奴。嚇得略陽姚詳立刻棄城而逃往陰密（今甘肅靈臺西南）。楊定遂自稱秦州牧、隴西王。前秦王苻登依楊定自稱而封之，史稱後仇池。（此不在十六國中）
之後，前後秦互有勝負。
公元391年十二月，姚萇於安定擊退苻登，於是設置酒會，群臣眼見這幾年連四分五裂的弱小前秦都打不過，自覺恥辱，連連感嘆，“這事要擱在魏武王姚襄（被姚萇追諡，跟曹操相同）身上，斷不會讓苻登囂張到如此地步，陛下太過膽小謹慎了。”
姚萇十分坦然，也不生氣，向眾將解釋說：“吾不如亡兄有四，身長八尺五寸，臂垂過膝，人望而畏之，一也；當十萬之眾，與天下爭衡，望麾而進，前無橫陣，二也；溫古知今，講論道藝，駕馭英雄，收羅雋異，三也；董率大眾，履險若夷，上下鹹允，人盡死力，四也。所以得建立功業，策任群賢者，正望算略中一片耳”。
姚萇這話十分在理，雖然勇猛不及姚襄，但是謀略可謂首屈一指，精於算計的他，該上就上，打不過就跑，即便是縮頭烏龜也無妨。正因有如此謀略，所以在與苻登的耗戰中，漸漸顯出了優勢，畢竟關中之地，十之七八都是姚萇的，而苻登所佔，多為貧苦偏遠之地，這也是為什麼苻登軍糧不夠，人肉來填的原因。
不過，姚萇想的雖好，可是人有旦夕禍福。
公元392年二月，姚萇突發重病，七月，苻登得知這個消息，厲兵秣馬，摩拳擦掌，同時向苻堅神位禱告：“曾孫苻登自從受任執戈以來，將近十二年，上天賜福，皇帝降憐，所以可逢戰必勝，賊軍如冰雪消融般被摧垮。如今太皇帝之靈降下災病到逆羌身上，醜虜必將不能復原。苻登當趁他斃命之機，順行上天的誅罰，拯拔恢復皇帝的棺槨，向太廟謝罪。”
然後苻登大赦境內，起兵進逼安定。
安定於後秦意義非凡，姚萇強支病體，領兵出戰。
苻登不敢含糊，設重兵列陣，然而，姚萇卻派了一支偏師繞到了苻登後方。苻登驚懼，只得回撤，姚萇趁夜引軍越過苻登營寨，跟蹤在苻登後面。
苻登毫不知情，夜不能寐。
第二天，負責守望的士兵來報，姚萇軍已不知所蹤。這把苻登嚇一跳：“姚羌到底是個什麼人？走了我不能察，來了我不能知，大家都說他快死了，忽然又出現了，朕和這個狡羌活在同一個世上，何其不幸！”於是退還雍城（今陝西鳳翔縣南）。
公元393年十月，姚萇病重，回到長安。
某天，他睡夢中看見大秦天王苻堅率天官鬼兵數百人殺入宮中，前來捉他。姚萇驚懼萬分，頭皮發麻，不顧病體，從床上跳起，在宮中奔跑，高呼。負責保護的兵士聞言有鬼，立刻持兵器刺鬼，結果竟然誤中姚萇陰部。
他睡夢中見到了苻堅率領天官使者、鬼兵數百突殺入宮中，姚萇寒毛倒豎，從床上跳起，在宮中狂呼奔走，宮中衛士聽說有鬼，揮戟虛擊，悲劇發生了，大戟竟然擊中了姚萇的下陰！
眾鬼兵哈哈大笑，紛紛高呼“正中死處。”然後拔掉兵器，姚萇一看，襠部出血石餘！
這時候姚萇突然驚醒，不知是夢是真，他低頭，掀開貼身內衣，驚訝的發現襠部陰腫。急忙喊來大夫，以針刺之，出血如夢！
姚萇連連高呼：“殺陛下者臣兄耳，非臣萇罪。願不賜枉。”後三日，姚萇身死。
雖然羌人，氐人本就世仇，可是這姚萇真不要臉，在跟前秦對戰期間，把苻堅的屍體還挖出來，“鞭撻無數，裸剝衣裳，薦之以棘，掘坎埋之。”當年苻堅對姚萇那是真的好啊。
姚萇死後，其子姚興即位，苻登只當後秦無人，“姚興小兒，我將折杖而笞之！”不曾想，姚興才能更甚其父，於公元394年四月，將從甘泉進關中的前秦軍隊擊敗，苻登單人獨騎逃亡雍州，後無家可歸，收集殘部進入馬毛山，同時向西秦祈求援兵，得兩萬眾。
六月，姚興兵發馬毛山，于山南擊殺苻登，年五十二歲。
苻登之子苻崇逃奔湟中即位，改元延初，十月，苻崇遭西秦武元王乞伏乾歸驅逐，不得已只好投奔隴西王楊定。
楊定，前仇池國國君楊國之孫，前秦將領楊安之子。後前仇池被前秦所滅，楊定被苻堅召女婿，而楊安曾隨王猛消滅前燕。苻堅死後，楊定趁機逃到隴右，收集舊部，重振仇池，自稱仇池公，後改稱隴西王，其國後世稱為後仇池國。
苻崇與楊定聯合對抗西秦。不久遭西秦軍擊敗，與楊定一同遇害，前秦政權滅亡，不過後仇池並未滅亡，他一直存在到公元442年。
至此，強大的前秦帝國消失在歷史的長河中，這是十六國中第六個被滅亡的國家。
公元394年中國北方四個實力最強的國家，慕容垂的後燕，姚興的後秦，乞伏乾歸的西秦，呂光的後涼，每一個國家都似乎有著重新統一北方的能力，但是任誰也沒有想到，於公元386年牛川自稱代王的拓跋珪重建的代國竟然會結束百餘年的五胡亂華時代，甚至重新統一北方。
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