一、綠熟期番茄耐儲藏
番茄成熟的過程可分為綠熟期、初熟期、半熟期、硬熟期、完熟期五個階段。綠熟期番茄果實已充分長大，果硬，果皮變成淺綠色，果肉變成淺黃色；初熟期番茄表面開始轉色，果面約有四分之一已著色，大多在果頂部分先呈紅色；半熟期番茄果身已經半紅；硬熟期番茄果面基本變紅，但仍有一定的硬度；完熟期番茄果身全部變紅，變軟。
番茄可以採收紅熟果，也可以採收綠熟果後人工催熟。考慮到商品品質，應採收初熟期果，這樣採收時易判斷，不至於採收過生果。
番茄在儲藏過程中會緩慢成熟，降低溫度可以延長成熟的時間，延長保鮮時間。綠熟期番茄耐儲藏，條件適合時可以儲藏30-40天，而紅熟番茄在條件適合時也一般只能儲藏1-2周。
綠熟番茄比紅熟番茄怕冷，綠熟番茄適宜的儲藏溫度是11-13℃，低於10℃容易受冷害。紅熟番茄能忍受7-10℃的低溫，綠熟番茄在儲藏後期果身轉紅時可以再降低溫度來延慢成熟並抑制病害的發展，減輕腐爛損失。
番茄果皮的保水能力比較強，儲藏期環境相對溼度可以維持在90%左右。如果有條件控制氣體成分，將氧氣與二氧化碳的含量都保持在2-5%，可以明顯地延長保鮮壽命。
二、冬儲番茄重在保溫
溫度較高時，選陰涼通風、地勢高燥的地方儲藏。採下的果實需先預冷，儲藏前剔除病果和機械損傷果。先鋪一層厚10釐米、寬100-150釐米的麥秸，長度根據儲藏量而定。在麥秸上擺放一層果實，果柄朝下，果與果之間留2釐米空隙，上鋪一層麥秸，厚度以蓋住果實為宜，如此一層果實一層麥秸擺放6-10層，注意下寬上窄，最後外部鋪一層麥秸，厚度為10釐米。此法可儲藏1個月左右，好果率可達90%以上。分批出售時可從一頭扒開，拿出部分番茄後仍用麥秸蓋嚴。
塑料大中棚內秋延後栽培的番茄，在綠熟期採收後儲藏，採收前、採收時和儲藏期時刻都有低溫影響，重點應做好保溫工作。已進入硬熟期和完熟期的番茄應立即上市或食用，也可以放在5-7℃條件下短期儲藏，一般能存放15-20天。綠熟期果實怕低溫，在8℃以下較長時間存放果實會受冷害，表面出現水浸狀斑點，下陷、褐變，果蒂周圍變成淺褐色，嚴重時產生白黴、青黴或黑黴，甚至引起水分外滲，整個果實呈半透明水浸狀腐敗。綠熟期果實應先在10-14℃溫度條件下緩慢紅熟，然後在5-7℃條件下儲存。儲藏期適宜的空氣相對溼度為85-90%，溼度過低易引起過度失水，果皮變皺，香味變淡。
此外，據有關資料報道，用1%蠅蛆殼聚糖水溶液與1‰阿米西達水溶液以1:1的體積比配製成混合液（澱粉濃度1%）浸泡番茄，晾乾後裝入保鮮膜中，置於25-30℃溫度條件下可保存12天。
三，番茄進入成熟收穫期後，進行番茄催紅時，應注意以下事項。
1、催紅不宜過早。果實生長不足，幼果浸乙烯利後，上色不好，容易導致番茄外表呈米黃色，有時外皮微紅，但內部仍為綠色，果漿少、僵硬、品質下降。一般要求番茄果實充分長大，由白變成米色時，催紅效果好。
2、催紅使用藥劑濃度不宜過高。番茄催紅主要使用40%乙烯利，每50毫升乙烯利加水4公斤，充分混合均勻後使用。藥液濃度過高，藥害症狀為植株基部葉片受損，發黃，症狀明顯。
3、單株果實催紅數量不宜太多。以每次1―2個為好，因單株一次性催紅果實太多，受藥量過大，易產生藥害。
4、催紅藥液不宜沾染葉片。藥液沾染葉片，易導致發黃凋落。正確做法是：切取小塊海綿，浸沾藥液，塗抹果實表面。
5、催紅溫溼度要要嚴格控制。低溫不利於番茄上色，溼度過大果實易發病腐爛，一般空氣相對溼度在保持80―85%。
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