東漢以後，因為社會環境的變化，軍功集團的產生和作用與兩漢有了很大的不同。
東漢是豪族壯大的關鍵時期，豪族藉助宗族血緣關係營建了龐大的關係網，為了擴充實力和籠絡人才，他們還使用擬製宗族的辦法，把沒有血緣關係的人吸收進宗族，當成同族看待，而被吸收進來的人也自我認同為該宗族的一分子，為該宗族的利益奮戰。在宗族和擬製宗族之外，豪族還與依附自己的賓客、奴僕、部曲建立了廣泛的恩義關係，隨時可以號召起巨大的人力，應對社會的各種挑戰。
所以到了東漢末年，全國各地都遍佈著這樣的地頭蛇，一旦中央秩序崩潰，各地的地頭蛇乘勢而起，在群雄爭霸的浪潮中經過一輪又一輪的淘洗，最終建立了三國。可以說三國的君主都是自帶部眾的豪族，這與白手起家的劉邦非常不同，與劉秀相比也是各有千秋。
最典型的就是曹操。曹操不管是不是宦官曹騰的親孫子，至少從擬製宗族角度來說是曹家的一員，其父曹嵩做到過三公，可以說曹操出自三公的高官家族。雖然其祖、父不屬於“清流士人”，但曹騰在宦官中名聲算比較好的， 所以曹操還不至於名聲狼藉，能跟出身大士族的袁紹等人談笑風生。曹操的家族在地方上也很強大，曹仁、曹純等人都能養上千人的私兵，加上曹家通過擬製宗族體制吸納的同郡（沛國譙縣）夏侯氏、丁氏等大家族，當曹操決定爭霸一方時，立即就可以拉起幾千兵馬。劉秀和他哥哥劉縯雖然振臂一呼也能拉起幾千人，但其部眾有許多是因為漢朝的聲威來投，對劉秀兄弟的依附程度並不高，劉秀在奪天下的過程中也無法把權力集中在劉姓宗室和南陽鄧氏、南陽李氏等外戚手中，這與曹操始終將大權集中在曹氏、夏侯氏宗族手中是非常不同的。
孫堅雖然出身孤微，但憑藉為漢朝打平各種叛亂的功勞做到了二千石的高官，不但家族也進化成武力豪族，而且還利用徵辟、舉薦的權力，在江東地區擁有了朱治等門生故吏。後來孫策攻打江東，大大的藉助了孫氏宗族孫靜、孫賁、孫輔、孫河，母系宗族吳景，門生故吏朱治等人的力量。在孫策、孫權的統治下，孫氏宗族孫奐、孫皎、孫韶、孫瑜、孫桓等人都擔任要職，雖然沒有曹氏、夏侯氏風光，也是東吳軍政實力的重要組成部分，比之劉秀的宗族也要更強。
即便是實力最弱的劉備，也是大族涿郡劉氏的一員（該家族出過曹魏重臣劉放），也能糾合逃犯關羽和猛男張飛等一批徒眾，並且後來也試圖用擬製宗族的辦法來擴大宗族力量，收養了寇氏之子寇封，改名劉封。當然，相比於劉秀，劉備勢力的組織形式與劉邦更相似，因此，宗族勢力不強的蜀漢也就對體現宗族勢力的九品中正制沒有興趣，國家體制上保留了較多的秦制。
不過三國的軍功集團不論強弱，都因為在士族社會缺乏家族底蘊而迅速凋零，絕大部分在子輩、孫輩已經敗落。西晉的開國功臣大多是曹魏功臣的子弟，本身與士族重合。在滅吳之戰中軍功最大的杜預、王濬等人不是頂級士族，一向受到士族的歧視，並且都死在晉武帝司馬炎之前，沒能作為一個集團發揮作用。東晉則開國之初實際上依靠的是周玘、周訪、甘卓、陶侃等吳地豪強（陶侃不算豪族），但在吳人幫東晉打平長江以南的廣大地區後，北方南下的僑姓士族就將吳人排擠出政治中心，獨佔政權，吳人軍功集團同樣沒能作為一個集團發揮作用。可見在兩晉的貴族政治下，單靠打天下的事功已經不能佔據最高層，軍功集團的存在感也就下降了不少。
到了南朝，皇帝在防範士族的同時更防範軍功集團，如宋之檀道濟、裴方明、吳喜，齊之垣崇祖、荀伯玉、張敬兒，陳之侯安都等，都被皇帝所殺，士族與軍功集團一起沒落，一切大權掌握在皇帝的家族手中。
可以說從三國時代開始，中國已經進入豪族社會。豪族社會催生的帝王，家國同構的傾向比布衣天子更強，最高層的權力通常由自家人掌握，所以既出不了豐沛集團，也出不了雲臺二十八將。但也因此，其家族內鬥對國政的影響更大，而且，其他豪族的實力也與當權者一樣在日益增加，勢不能容一家一姓獨佔政權，於是當權者家族的內鬥、其他家族與當權者家族的爭鬥，就成了魏晉南北朝的主旋律。
曹魏的司馬懿與夏侯氏是兒女親家，算是曹氏外戚，屬於曹氏宗族的邊緣人物，同時又具有士族的身份，通過政變血洗了獨斷朝廷的曹氏宗族，謀朝篡位。東吳則從孫權晚年打壓江東大族，加強集權以後，政治演變為孫氏宗親的宮鬥，孫和、孫霸、孫峻、孫綝、孫大虎、孫亮、孫休之間的勾心鬥角成了東吳後期歷史的主要內容。西晉為了壓制士族，把地方軍政權力掌握在司馬氏宗親手裡，結果爆發了宗室之間自相殘殺的“八王之亂”。東晉的歷史實際上是幾家士族家族輪流當政，把皇帝家族趕到二線的過程。南朝宋齊梁陳又把權力回收到皇家宗族手中，結果重演了類似於“八王之亂”的一輪又一輪的自相殘殺。
十六國北朝也與東晉南朝相似，只不過他們的軍功集團往往同時是部族首領，十六國和北朝政權為了壓制他們，同樣將大權集中在同姓宗室手中，而宗室之間的自相殘殺比之南朝也不遑多讓。直到隋唐，隋煬帝、唐太宗還在殺兄屠弟，爭奪皇位。
這樣的政治生態，帶來了災難也帶來了機遇。皇權不穩確實時不時的造成天下震盪，但同時也讓皇權難以形成鐵板一塊，覆蓋社會的各個角落。西晉的八王之亂造成北中國的人口銳減，是天大的災難，但是極端專制的秦漢體制也隨著八王之亂而成為歷史，中國開始邁向唐宋第二帝國的輝煌。
到唐朝滅亡時，士族的力量已經被唐朝三百年的統治瓦解，五代十國的建立者們如朱溫之流，多數出身低微，宗族不強且缺少人才，通過擬製宗族收義子，也因為宗族本身的弱小而難以得到義子們的效忠。在這種情況下，異姓軍功集團再度成為歷史舞臺的主角。
只不過，經過魏晉南北朝皇權起伏的教訓，朱溫也好，朱元璋也好，都不會再有劉邦那種與老兄弟共享政權的俠義情懷，對這些老兄弟是必欲除之而後快，即便是宅心仁厚的趙匡胤，也要老兄弟完全放棄兵權和地位，才肯加以善待。而皇權最重要的制約力量從此也不再有力，皇權重新向極端專制狂飆突進。
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