东汉以后，因为社会环境的变化，军功集团的产生和作用与两汉有了很大的不同。
东汉是豪族壮大的关键时期，豪族借助宗族血缘关系营建了庞大的关系网，为了扩充实力和笼络人才，他们还使用拟制宗族的办法，把没有血缘关系的人吸收进宗族，当成同族看待，而被吸收进来的人也自我认同为该宗族的一分子，为该宗族的利益奋战。在宗族和拟制宗族之外，豪族还与依附自己的宾客、奴仆、部曲建立了广泛的恩义关系，随时可以号召起巨大的人力，应对社会的各种挑战。
所以到了东汉末年，全国各地都遍布着这样的地头蛇，一旦中央秩序崩溃，各地的地头蛇乘势而起，在群雄争霸的浪潮中经过一轮又一轮的淘洗，最终建立了三国。可以说三国的君主都是自带部众的豪族，这与白手起家的刘邦非常不同，与刘秀相比也是各有千秋。
最典型的就是曹操。曹操不管是不是宦官曹腾的亲孙子，至少从拟制宗族角度来说是曹家的一员，其父曹嵩做到过三公，可以说曹操出自三公的高官家族。虽然其祖、父不属于“清流士人”，但曹腾在宦官中名声算比较好的， 所以曹操还不至于名声狼藉，能跟出身大士族的袁绍等人谈笑风生。曹操的家族在地方上也很强大，曹仁、曹纯等人都能养上千人的私兵，加上曹家通过拟制宗族体制吸纳的同郡（沛国谯县）夏侯氏、丁氏等大家族，当曹操决定争霸一方时，立即就可以拉起几千兵马。刘秀和他哥哥刘縯虽然振臂一呼也能拉起几千人，但其部众有许多是因为汉朝的声威来投，对刘秀兄弟的依附程度并不高，刘秀在夺天下的过程中也无法把权力集中在刘姓宗室和南阳邓氏、南阳李氏等外戚手中，这与曹操始终将大权集中在曹氏、夏侯氏宗族手中是非常不同的。
孙坚虽然出身孤微，但凭借为汉朝打平各种叛乱的功劳做到了二千石的高官，不但家族也进化成武力豪族，而且还利用征辟、举荐的权力，在江东地区拥有了朱治等门生故吏。后来孙策攻打江东，大大的借助了孙氏宗族孙静、孙贲、孙辅、孙河，母系宗族吴景，门生故吏朱治等人的力量。在孙策、孙权的统治下，孙氏宗族孙奂、孙皎、孙韶、孙瑜、孙桓等人都担任要职，虽然没有曹氏、夏侯氏风光，也是东吴军政实力的重要组成部分，比之刘秀的宗族也要更强。
即便是实力最弱的刘备，也是大族涿郡刘氏的一员（该家族出过曹魏重臣刘放），也能纠合逃犯关羽和猛男张飞等一批徒众，并且后来也试图用拟制宗族的办法来扩大宗族力量，收养了寇氏之子寇封，改名刘封。当然，相比于刘秀，刘备势力的组织形式与刘邦更相似，因此，宗族势力不强的蜀汉也就对体现宗族势力的九品中正制没有兴趣，国家体制上保留了较多的秦制。
不过三国的军功集团不论强弱，都因为在士族社会缺乏家族底蕴而迅速凋零，绝大部分在子辈、孙辈已经败落。西晋的开国功臣大多是曹魏功臣的子弟，本身与士族重合。在灭吴之战中军功最大的杜预、王濬等人不是顶级士族，一向受到士族的歧视，并且都死在晋武帝司马炎之前，没能作为一个集团发挥作用。东晋则开国之初实际上依靠的是周玘、周访、甘卓、陶侃等吴地豪强（陶侃不算豪族），但在吴人帮东晋打平长江以南的广大地区后，北方南下的侨姓士族就将吴人排挤出政治中心，独占政权，吴人军功集团同样没能作为一个集团发挥作用。可见在两晋的贵族政治下，单靠打天下的事功已经不能占据最高层，军功集团的存在感也就下降了不少。
到了南朝，皇帝在防范士族的同时更防范军功集团，如宋之檀道济、裴方明、吴喜，齐之垣崇祖、荀伯玉、张敬儿，陈之侯安都等，都被皇帝所杀，士族与军功集团一起没落，一切大权掌握在皇帝的家族手中。
可以说从三国时代开始，中国已经进入豪族社会。豪族社会催生的帝王，家国同构的倾向比布衣天子更强，最高层的权力通常由自家人掌握，所以既出不了丰沛集团，也出不了云台二十八将。但也因此，其家族内斗对国政的影响更大，而且，其他豪族的实力也与当权者一样在日益增加，势不能容一家一姓独占政权，于是当权者家族的内斗、其他家族与当权者家族的争斗，就成了魏晋南北朝的主旋律。
曹魏的司马懿与夏侯氏是儿女亲家，算是曹氏外戚，属于曹氏宗族的边缘人物，同时又具有士族的身份，通过政变血洗了独断朝廷的曹氏宗族，谋朝篡位。东吴则从孙权晚年打压江东大族，加强集权以后，政治演变为孙氏宗亲的宫斗，孙和、孙霸、孙峻、孙綝、孙大虎、孙亮、孙休之间的勾心斗角成了东吴后期历史的主要内容。西晋为了压制士族，把地方军政权力掌握在司马氏宗亲手里，结果爆发了宗室之间自相残杀的“八王之乱”。东晋的历史实际上是几家士族家族轮流当政，把皇帝家族赶到二线的过程。南朝宋齐梁陈又把权力回收到皇家宗族手中，结果重演了类似于“八王之乱”的一轮又一轮的自相残杀。
十六国北朝也与东晋南朝相似，只不过他们的军功集团往往同时是部族首领，十六国和北朝政权为了压制他们，同样将大权集中在同姓宗室手中，而宗室之间的自相残杀比之南朝也不遑多让。直到隋唐，隋炀帝、唐太宗还在杀兄屠弟，争夺皇位。
这样的政治生态，带来了灾难也带来了机遇。皇权不稳确实时不时的造成天下震荡，但同时也让皇权难以形成铁板一块，覆盖社会的各个角落。西晋的八王之乱造成北中国的人口锐减，是天大的灾难，但是极端专制的秦汉体制也随着八王之乱而成为历史，中国开始迈向唐宋第二帝国的辉煌。
到唐朝灭亡时，士族的力量已经被唐朝三百年的统治瓦解，五代十国的建立者们如朱温之流，多数出身低微，宗族不强且缺少人才，通过拟制宗族收义子，也因为宗族本身的弱小而难以得到义子们的效忠。在这种情况下，异姓军功集团再度成为历史舞台的主角。
只不过，经过魏晋南北朝皇权起伏的教训，朱温也好，朱元璋也好，都不会再有刘邦那种与老兄弟共享政权的侠义情怀，对这些老兄弟是必欲除之而后快，即便是宅心仁厚的赵匡胤，也要老兄弟完全放弃兵权和地位，才肯加以善待。而皇权最重要的制约力量从此也不再有力，皇权重新向极端专制狂飙突进。
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