事業單位主要是為社會公眾的生產經營活動提供一些便利。長期以來，事業單位存在著效率不高、人員膨脹、負擔重等不足，因此就需要深化事業單位的市場化改革，來真正發揮出市場化的作用。
但在改革過程中，出現了以下問題：
１、事業單位的機構設置較為混亂
在市場化改革的過程中，事業單位因為其經濟職能增加後，就需要更多的人員來負責有關的工作，或者是因為自身的特殊需要，就會增設大量的機構，其中就有可能會存在著重複機構的現象，往往會將政府機關、事業單位以及國有企業等主體交織在一起。
一方面，機構增設數量的增加，使得人員的編制量也不斷的擴大，在一定程度上加劇了人員管理的難度。另一方面，在國有企業、國家機關改革的過程中，事業單位常常會是國有企業等裁減人員的一個轉移陣地，在一定程度上會加大財政撥款量，也會加劇財政的支出負擔。
２、公共服務質量有待提高
在經濟發展新時期下，事業單位預算撥款的數量與每年的收入都出現了增長，但是卻沒有降低其教育、衛生等公共服務的收費金額，事業單位的收費水漲船高，特別是在教育、衛生這兩方面的服務上。
而從整個社會福利的層面上來說，在公共服務覆蓋面下降後，伴隨而來的問題就是其公共服務質量下降的問題，一些事業單位的人員在辦事過程中，態度不高，服務水平不高，是普遍存在的問題。
３、運作機制效率不高
很多的事業單位在開展工作過程中，會重視滿足上級單位的需要，在單位的管理中消耗各種的人、物、財等資源，很少有事業單位真正的將其轉化成社會所提供的公共物品，這在一定程度上會降低事業單位的投入與產出的比率。
事業單位市場化改革將繼續，相信這些問題會被克服。
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