由於沒有判罪的緣故,許多前731部隊的成員都加入了日本醫療組織。北野政次領導了日本最大的製藥公司:綠十字。其他成員或進入醫學院校的領導層,或為日本厚生省工作。
1997年,180名731部隊的死者或其家屬,對日本政府提出訴訟,要求全面披露731部隊事實,道歉並賠償。
2002年8月,東京地方法院承認731部隊的存在以及所進行的生物戰的行為。
2017年8月13日,日本放送協會(NHK)播放紀錄片《731部隊的真相——精英醫者與人體實驗》,首次公佈了731部隊認罪的錄音資料,並指責多名日本醫學界權威專家涉入了731部隊人體實驗。
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